D 2009

Acquiarium: Free Software for the Acquisition and Analysis of 3D Images of Cells in Fluorescence Microscopy

MATULA, Pavel, Martin MAŠKA, Ondřej DANĚK, Petr MATULA, Michal KOZUBEK et. al.

Basic information

Original name

Acquiarium: Free Software for the Acquisition and Analysis of 3D Images of Cells in Fluorescence Microscopy

Name in Czech

Acquiarium: Volný software na snímání a analýzy 3D obrazů buněk ve fluorescenční mikroskopii

Authors

MATULA, Pavel (203 Czech Republic, guarantor, belonging to the institution), Martin MAŠKA (203 Czech Republic, belonging to the institution), Ondřej DANĚK (203 Czech Republic, belonging to the institution), Petr MATULA (203 Czech Republic, belonging to the institution) and Michal KOZUBEK (203 Czech Republic, belonging to the institution)

Edition

Boston, IEEE International Symposium on Biomedical Imaging, p. 1138-1141, 4 pp. 2009

Publisher

IEEE

Other information

Language

English

Type of outcome

Stať ve sborníku

Field of Study

20206 Computer hardware and architecture

Country of publisher

United States of America

Confidentiality degree

není předmětem státního či obchodního tajemství

Publication form

electronic version available online

References:

RIV identification code

RIV/00216224:14330/09:00035583

Organization unit

Faculty of Informatics

ISBN

978-1-4244-3932-4

ISSN

UT WoS

000270678400290

Keywords (in Czech)

volný software; fluorescenční mikroskopie; pořizování obrazu; 3D obrazová analýza; obrazová cytometrie

Keywords in English

free software; fluorescence microscopy; image acqusition; 3D image analysis; image cytometry

Tags

Tags

International impact, Reviewed
Změněno: 13/12/2015 02:07, doc. RNDr. Martin Maška, Ph.D.

Abstract

ORIG CZ

V originále

This paper describes free software (called Acquiarium, http://cbia.fi.muni.cz/acquiarium.html) for carrying out the common pipeline of many spatial cell studies using fluorescence microscopy. It addresses image capture, raw image correction, image segmentation, the quantification and spatial arrangement of segmented objects, volume rendering, and statistical evaluation. The software is designed for the easy processing of a collection of many 3D images. It can be used for the analysis of a collection of 2D images or time lapse series of 2D or 3D images as well. It has a modular design and is extensible via plug-ins. The paper gives an overview of the software and its key design ideas.

In Czech

Článek popisuje volný software (nazývaný Acquiarium, http://cbia.fi.muni.cz/acquiarium.html) k provádění sledu kroků, který se objevuje v mnoha studiích buněk pomocí fluorescenční mikroskopie. Software pojímá zachycení obrazu, korekci surových dat, segmentaci obrazu, kvantifikaci a prostorová měření segmentovaných objektů, objemové vizualizace, a statistické vyhodnocení. Software je navržen pro snadné zpracování kolekce mnoha 3D obrazů. Může však být použitý i pro analýzu kolekce 2D obrazu nebo časové série 2D nebo 3D obrazů. Má modulární návrh a je rozšiřitelný pomocí zásuvných modulů. Článek podává základní přehled o softwarů a jeho klíčových myšlenkách.

Links

2B06052, research and development project
Name: Vytipování markerů, screening a časná diagnostika nádorových onemocnění pomocí vysoce automatizovaného zpracování multidimenzionálních biomedicínských obrazů (Acronym: Biomarker)
Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR, Determination of markers, screening and early diagnostics of cancer diseases using highly automated processing of multidimensional biomedical images