a 2009

Application of fluorescence anisotropy to monitor protein binding to telomeric DNA

ZIMMERMANN, Michal, Ctirad HOFR, Pavla ŠULTESOVÁ, Iva MOZGOVÁ, Petra PROCHÁZKOVÁ SCHRUMPFOVÁ et. al.

Basic information

Original name

Application of fluorescence anisotropy to monitor protein binding to telomeric DNA

Name in Czech

Sledování vazby proteinů a telomerické DNA pomocí měření anizotropie fluorescence

Authors

ZIMMERMANN, Michal (203 Czech Republic), Ctirad HOFR (203 Czech Republic), Pavla ŠULTESOVÁ (203 Czech Republic), Iva MOZGOVÁ (203 Czech Republic), Petra PROCHÁZKOVÁ SCHRUMPFOVÁ (203 Czech Republic) and Jiří FAJKUS (203 Czech Republic, guarantor)

Edition

FluoroFest Prague 2009, 2009

Other information

Language

English

Type of outcome

Konferenční abstrakt

Field of Study

Genetics and molecular biology

Country of publisher

United States of America

Confidentiality degree

není předmětem státního či obchodního tajemství

RIV identification code

RIV/00216224:14310/09:00029388

Organization unit

Faculty of Science

Keywords in English

Protein-DNA interaction; Arabidopsis thaliana; SMH protein; fluorescence anisotropy; electrophoretic mobility shift assay

Tags

Změněno: 9/4/2010 12:35, prof. RNDr. Jiří Fajkus, CSc.

Abstract

ORIG CZ

V originále

Using fluorescence anisotropy, we were able to compare the affinity of AtTRB proteins to fluorescently labeled DNA fragments harboring specific and nonspecific sequences and also to determine the optimal binding site by varying the size of the DNA fragments. Moreover, because fluorescence anisotropy enables the measurements to be performed in variety of experimental conditions, we managed to measure how the affinity depends on ionic strength. This allowed us to determine the electrostatic and nonelectrostatic contributions to the overall binding affinity of proteins to telomeric DNA. Based on these findings, a putative functional model of the complex between AtTRB proteins and telomeric DNA was constructed.

In Czech

Technikou měření anizotropie fluorescence byla určena afinita AtTRB proteinů k fluorescenčně značené DNA nesoucí specifické a nespecifické sekvence a zároveň byla zjištěna délka optimálního vazebného místa pro tyto proteiny. Protože anizotropie fluorescence umožňuje provádět experimenty v celé řadě podmínek, byla změřena závislost afinity na iontové síle. To umožnilo stanovit podíl elektrostatických a neelektrostatických sil na celkové afinitě. Na základě získaných výsledků byl nově navržen možný funkční model vytváření komplexu proteinů AtTRB a telomerové DNA.

Links

GD204/08/H054, research and development project
Name: Molekulární mechanismy proliferace a diferenciace buněk
Investor: Czech Science Foundation, Molecular mechanisms of the cell proliferation and differentiation
GP521/08/P452, research and development project
Name: Charakterizace a funkční diverzita proteinů rodiny SMH, která je specifická pro rostliny
Investor: Czech Science Foundation, Characterisation of functional diversity of the plant-specific SMH family of proteins
MSM0021622415, plan (intention)
Name: Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací
Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR, Molecular basis of cell and tissue regulations