Large-Scale Free Energy Calculations as Showcase of Worldwide Grid Usability

STŘELCOVÁ, Zora, Petr KULHÁNEK, Jan KMUNÍČEK, Jaroslav KOČA a Luděk MATYSKA. Large-Scale Free Energy Calculations as Showcase of Worldwide Grid Usability. In 4th EGEE User Forum/OGF 25 and OGF Europe's 2nd International Event. 2009.

Základní údaje

• Originální název: Large-Scale Free Energy Calculations as Showcase of Worldwide Grid Usability
• Název česky: Large-Scale Free Energy Calculations as Showcase of Worldwide Grid Usability
• Autoři: STŘELCOVÁ, Zora, Petr KULHÁNEK, Jan KMUNÍČEK, Jaroslav KOČA a Luděk MATYSKA.
• Vydání: 4th EGEE User Forum/OGF 25 and OGF Europe's 2nd International Event, 2009.

Další údaje

• Originální jazyk: angličtina
• Typ výsledku: Konferenční abstrakt
• Obor: 10600 1.6 Biological sciences
• Stát vydavatele: Česká republika
• Utajení: není předmětem státního či obchodního tajemství
• Organizační jednotka: Přírodovědecká fakulta
• Klíčová slova česky: voce;charon;volna energie; supramolekularni chemie; pseudorotaxany
• Klíčová slova anglicky: voce;charon;free energy;multiple walker approach;adaptive biasing force method;supramolecular chemistry;pseudorotaxanes
• Štítky: adaptive biasing force method, CHARON, free energy, multiple walker approach, pseudorotaxanes, supramolecular chemistry, VOCE
• Příznaky: Mezinárodní význam

Anotace

In biochemical or chemical disciplines, the free energy forms a basis for the assessment of theoretical models towards experimental data. Unfortunately, its calculation is still very time consuming task. Recently, we have implemented and tested the multiple walker approach, which significantly accelerates such kind of calculations, in a cluster environment. Since this approach requires only small communication overhead, we would like to extend and test it in a grid environment too.

Anotace česky

In biochemical or chemical disciplines, the free energy forms a basis for the assessment of theoretical models towards experimental data. Unfortunately, its calculation is still very time consuming task. Recently, we have implemented and tested the multiple walker approach, which significantly accelerates such kind of calculations, in a cluster environment. Since this approach requires only small communication overhead, we would like to extend and test it in a grid environment too.

Návaznosti

• LC06030, projekt VaV: Název: Biomolekulární centrum

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Biomolekulární centrum

• MSM0021622413, záměr: Název: Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím

• MSM6383917201, záměr: Název: Optická síť národního výzkumu a její nové aplikace