2009
Implementation of Parallel Analyzes of Molecular Dynamics Simulation Trajectories
ŠTĚPÁN, Jakub, Petr KULHÁNEK, Jaroslav KOČA a Navnit Kumar MISHRAZákladní údaje
Originální název
Implementation of Parallel Analyzes of Molecular Dynamics Simulation Trajectories
Autoři
ŠTĚPÁN, Jakub (203 Česká republika, garant, domácí), Petr KULHÁNEK (203 Česká republika, domácí), Jaroslav KOČA (203 Česká republika, domácí) a Navnit Kumar MISHRA (356 Indie, domácí)
Vydání
2009
Další údaje
Jazyk
angličtina
Typ výsledku
Konferenční abstrakt
Obor
10403 Physical chemistry
Stát vydavatele
Česká republika
Utajení
není předmětem státního či obchodního tajemství
Kód RIV
RIV/00216224:14310/09:00051200
Organizační jednotka
Přírodovědecká fakulta
Klíčová slova anglicky
parallel analysis; molecular dynamics analysis; MMPB/SA
Změněno: 4. 4. 2012 13:28, Iva Klímová
Anotace
V originále
Molecular dynamics is widely used method of computational chemistry. With growing size of simulated systems and length of simulations, sequential analyzes of resulting trajectories become time demanding. Thus there is a need to speed up trajectory analyzes. Recently, we have designed, implemented and tested tools for fast analyzes of long molecular simulation trajectories. Our implementation uses parallel processing of trajectories with arbitrary number of processors focused on binding free energy calculations. Moreover this approach can be easily extended to other analyzes, e.g. radius of gyration, solute/solvent contacts, etc. Developed tools were applied on the calculation of binding free energies using MM/PBSA method. Two test cases were selected: a) LgtC galactosyltransferase from Niesseria meningitidis and b) lectin PA-IIL from Pseudomonas aeruginosa complexed. The 28-times acceleration on 32 processors was achieved, which shows 90 % parallel efficiency proving suitability of used approach.
Návaznosti
| LC06030, projekt VaV |
| ||
| MSM0021622413, záměr |
|