Local changes of higher-order chromatin structure during DSB-repair

FALK, Martin, Emilie LUKÁŠOVÁ, Barbora GABRIELOVÁ, Vladan ONDŘEJ and Stanislav KOZUBEK. Local changes of higher-order chromatin structure during DSB-repair. JOURNAL OF PHYSICS CONFERENCE SERIES. BRISTOL: IOP PUBLISHING LTD, England, 2008, -, No 101, p. 12018-12035. ISSN 1742-6588.

Basic information

Original name

Local changes of higher-order chromatin structure during DSB-repair

Name in Czech

Lokální změny struktury chromatinu vyššího řádu během reparace DSB

Authors

FALK, Martin (203 Czech Republic, guarantor), Emilie LUKÁŠOVÁ (203 Czech Republic), Barbora GABRIELOVÁ (203 Czech Republic), Vladan ONDŘEJ (203 Czech Republic) and Stanislav KOZUBEK (203 Czech Republic, belonging to the institution)

Edition

JOURNAL OF PHYSICS CONFERENCE SERIES, BRISTOL, IOP PUBLISHING LTD, England, 2008, 1742-6588

---

Other information

Language

English

Type of outcome

Článek v odborném periodiku

Field of Study

10610 Biophysics

Country of publisher

Czech Republic

Confidentiality degree

není předmětem státního či obchodního tajemství

RIV identification code

RIV/00216224:14310/08:00028599

Organization unit

Faculty of Science

UT WoS

000257063400018

Keywords in English

DOUBLE-STRAND BREAKS; HIGH-RESOLUTION CYTOMETRY; DNA-DAMAGE; CHROMOSOME DOMAINS; ACTIVE GENES; NUCLEI; SITES; PROTEINS; CELLS; TRANSCRIPTION

Tags

impacted journals+books

---

Abstract

V originále

We show that double-strand breaks (DSBs) induced in DNA of human cells by gamma-radiation arise mainly in active, gene-rich, decondensed chromatin. We demonstrate that DSBs show limited movement in living cells, occasionally resulting in their permanent clustering, which poses a risk of incorrect DNA rejoining. In addition, some DSBs remain unrepaired for several days after irradiation, forming lesions repairable only with difficulty which are hazardous for genome stability. These late DSBs colocalize with heterochromatin markers (dimethylated histone H3 at lysine 9, HP1 and CENP-A proteins), despite the low density of the surrounding chromatin. This indicates that there is epigenetic silencing of loci close to unrepaired DSBs and/or stabilization of damaged decondensed chromatin loops during repair and post-repair reconstitution of chromatin structure.

In Czech

Dvouřetězcové zlomy DNA (DSB) indukované v lidských buňkách zářením gama vznikají zejména v aktivním, na geny bohatém chromatinu. Ukazujeme, že DSB vykazují v živých buňkách limitovaný pohyb, který příležitostně vede k tvorbě permanentních klastrů DSB, které představují místa se zvýšeným rizikem výměnných aberací. Dále, některé DSB zůstávají neopravené několik dní po ozáření a představují tak pouze obtížně opravitelné léze, které jsou nebezpečné pro stabilitu genomu. Tyto pozdní DSB kolokalizují s heterochromatinickými markery, přestože hustota chromatinu je v těchto místech nízká. To může ukazovat na utlumení genů v blízkosti neopravených DSB a/nebo na stabilizaci poškozeného chromatinu, dekondenzovaného v rámci reparačního procesu, a post-reparační rekonstituci původní struktury chromatinu.