BioDiVinE: A Framework for Parallel Analysis of Biological Models

BARNAT, Jiří, Luboš BRIM, Ivana ČERNÁ, Sven DRAŽAN, Jana FABRIKOVÁ, Jan LÁNÍK, David ŠAFRÁNEK a Ma HONGWU. BioDiVinE: A Framework for Parallel Analysis of Biological Models. In Proceedings of 2nd International Workshop on Computational Models for Cell Processes. Neuveden: EPTCS, 2009, s. 31-45. ISSN 2075-2180.

Základní údaje

Originální název

BioDiVinE: A Framework for Parallel Analysis of Biological Models

Název česky

BioDiVinE: Framework pro analýzu biologických modelů

Autoři

BARNAT, Jiří (203 Česká republika, domácí), Luboš BRIM (203 Česká republika, domácí), Ivana ČERNÁ (203 Česká republika, domácí), Sven DRAŽAN (203 Česká republika, domácí), Jana FABRIKOVÁ (203 Česká republika, domácí), Jan LÁNÍK (203 Česká republika, domácí), David ŠAFRÁNEK (203 Česká republika, garant, domácí) a Ma HONGWU (826 Velká Británie a Severní Irsko)

Vydání

Neuveden, Proceedings of 2nd International Workshop on Computational Models for Cell Processes, od s. 31-45, 15 s. 2009

Nakladatel

EPTCS

---

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Stať ve sborníku

Obor

10201 Computer sciences, information science, bioinformatics

Stát vydavatele

Česká republika

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Kód RIV

RIV/00216224:14330/09:00028618

Organizační jednotka

Fakulta informatiky

ISSN

Klíčová slova anglicky

model checking; multi-affine systems; dynamic systems; rectangular abstraction

Příznaky

Mezinárodní význam, Recenzováno

---

Anotace

V originále

In this paper a novel tool BioDiVinE for parallel analysis of biological models is presented. The tool allows analysis of biological models specified in terms of a set of chemical reactions. Chemical reactions are transformed into a system of multi-affine differential equations. BioDiVinE employs techniques for finite discrete abstraction of the continuous state space. At that level, parallel analysis algorithms based on model checking are provided. In the paper, the key tool features are described and their application is demonstrated by means of a case study.

Česky

V článku je představen nástroj BioDiVinE pro paralelní analýzu biologických modelů. Nástroj umožňuje analýzu kvalitativních temporálních vlastností dynamiky prostřednictvím obdélníkové abstrakce. Použití je demonstrováno prostřednictvím případové studie na reálném biologickém modelu bakterie E.Coli.

---

Návaznosti

GA201/09/1389, projekt VaV	Název: Verifikace a analýza velmi velkých počítačových systémů Investor: Grantová agentura ČR, Verifikace a analýza velmi velkých počítačových systémů
GP201/09/P497, projekt VaV	Název: Automatizovaná formální verifikace s využitím soudobého hardware Investor: Grantová agentura ČR, Automatizovaná formální verifikace s využitím soudobého hardware
MSM0021622419, záměr	Název: Vysoce paralelní a distribuované výpočetní systémy Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Vysoce paralelní a distribuované výpočetní systémy
1ET408050503, projekt VaV	Název: Techniky automatické verifikace a validace softwarových a hardwarových systémů Investor: Akademie věd ČR, Techniky automatické verifikace a validace softwarových a hardwarových systémů