Detailed Information on Publication Record
2009
MicroRNA isolation and stability in stored RNA samples
MRÁZ, Marek, Karla PLEVOVÁ, Jiří MAYER and Šárka POSPÍŠILOVÁBasic information
Original name
MicroRNA isolation and stability in stored RNA samples
Name in Czech
Izolace microRNA a vliv dlouhodobého skladování na jejich stabilitu
Authors
MRÁZ, Marek (203 Czech Republic, guarantor), Karla PLEVOVÁ (203 Czech Republic), Jiří MAYER (203 Czech Republic) and Šárka POSPÍŠILOVÁ (203 Czech Republic)
Edition
Biochemical and Biophysical Research Communications, San Diego (USA), Elsevier, 2009, 0006-291X
Other information
Language
English
Type of outcome
Článek v odborném periodiku
Field of Study
30200 3.2 Clinical medicine
Country of publisher
Czech Republic
Confidentiality degree
není předmětem státního či obchodního tajemství
Impact factor
Impact factor: 2.548
RIV identification code
RIV/00216224:14110/09:00037045
Organization unit
Faculty of Medicine
UT WoS
000271295500001
Keywords (in Czech)
miRNA izolace; miRNA stabilita; miRNA cDNA stabilita
Keywords in English
miRNA isolation; miRNA stability; miRNA cDNA stability
Tags
International impact, Reviewed
Změněno: 22/7/2010 11:02, Mgr. Karla Plevová, Ph.D.
V originále
MicroRNAs (miRNAs) are small RNA molecules, which act as post-transcriptional regulators of a gene expression, with important functions within the cell physiology. Whilst many authors have focused on the study of miRNA expression in physiological and pathological processes, various technical variables related to miRNA isolation have simultaneously emerged and the stability of the stored miRNA samples has been questioned. A robust method for RNA isolation is essential for reproducible results and miRNAs instability in the stored samples would make for an alarming situation for most expression studies. Here these issues are discussed and we investigate the stability of miRNAs isolated from clinical samples of B lymphocytes (chronic lymphocytic leukemia) by the most commonly utilized method based on a Trizol/TRI Reagent solution (RNAs stored at minus 80 C). To assess the stability of miRNAs, a Real Time PCR analysis was performed for a panel of 29 miRNAs from a freshly isolated RNA sample and after 14 days storage at minus 80 C. Furthermore, a Real Time PCR analysis was repeatedly performed for a stored RNA sample over a period of 10 months. We observed high stability of isolated miRNAs and respective cDNAs. The reproducibility and efficiency of the Trizol/TRI Reagent isolation method was also tested and compared to the mirVana Isolation kit (Ambion) and RNeasy kit (Qiagen). In conclusion, Trizol/TRI Reagent based isolation is a robust reproducible method, and obtained miRNA samples do not show any tendency to degradation when properly stored and handled.
In Czech
MicroRNA (miRNA) jsou krátké molekuly RNA, které plní funkci post-transkripčních regulátorů genové exprese a ovlivňují tak významným způsobem buněčnou fyziologii. Mnoho autorů se zaměřilo na analýzu exprese miRNA ve fyziologických i patologických procesech, ale zároveň se objevilo množství technických problémů a stabilita miRNA ve vzorcích byla diskutována. Použití robustní metody pro izolaci RNA má zásadní vliv na reprodukovatelnost výsledků a nestabilita miRNA v dlouhodobě skladovaných vzorcích by velmi komplikovala expresní studie. Studovali jsme stabilitu miRNA (RNA na minus 80 C) izolovaných z B lymfocytů (klinické vzorky chronické lymfocytární leukémie) běžně užívanou metodou založenou na extrakci Trizolem/TRI Reagentem. Za účelem stanovení stability miRNA jsme pomocí Real Time PCR provedli analýzu exprese 29 miRNA z čerstvě izolovaných vzorků a vzorků po 14denním skladování při minus 80 C. Analýzu exprese miRNA jsme opakovaně prováděli po dobu 10 měsícu. Pozorovali jsme vysokou stabilitu miRNA, stejně jako cDNA. Reprodukovatelnost a účinnost izolace založené na Trizolu/TRI Reagentu byly srovnány s dalšími postupy mirVana Isolation kitem (Ambion) a RNeasy kitem (Qiagen). Naše výsledky ukazují, že izolace založená na Trizolu/TRI Reagentu je robustní reprodukovatelná metoda a vzorky izolované tímto postupem nevykazují při vhodném skladování a manipulaci tendenci k degradaci.
Links
| MSM0021622430, plan (intention) |
| ||
| NR9293, research and development project |
|