a 2009

Prediction of C-13 chemical shifts in nucleic acids

NOVÁK, Petr, Vladimír SKLENÁŘ a Radovan FIALA

Základní údaje

Originální název

Prediction of C-13 chemical shifts in nucleic acids

Název česky

Predikce chemických posunů C-13 v nukleových kyselinách

Autoři

NOVÁK, Petr, Vladimír SKLENÁŘ a Radovan FIALA

Vydání

7th Discussions in Structural Molecular Biology and Bioinformatics, 2009

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Konferenční abstrakt

Obor

10600 1.6 Biological sciences

Stát vydavatele

Česká republika

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Odkazy

Organizační jednotka

Přírodovědecká fakulta

Klíčová slova česky

NMR spektroskopie, nukleové kyseliny, struktura, chemický posun

Klíčová slova anglicky

NMR spectroscopy, nucleic acids, structure, chemical shift

Příznaky

Mezinárodní význam
Změněno: 7. 1. 2010 10:13, doc. RNDr. Radovan Fiala, CSc.

Anotace

ORIG CZ

V originále

Chemical shifts are sensitive probes of biomolecular structure. A necessary first step in the studies of chemical shifts in relation to the biomolecular structure is establishing a reliable procedure of calculating the chemical shifts for known structural elements. Chemical shifts were calculated for 13C in nucleic acid bases. The structural dependent part of the 13C chemical shifts was calculated as a sum of the following contributions: ring current shift and magnetic anisotropy (calculated by program NUCHEMICS), and electric field effect (calculated by program MOLMOL). The calculated shifts were added to the experimental shift values of free dNTP which are assumed to be devoid of the effects of stacking and base-pairing interactions. Tight correlation with the experimental shift data were observed for well defined regions of the molecules, especially for double helices. Larger errors in less regular regions can be ascribed partially to inaccurate structural information and in part to deficiencies in the method used to calculate the chemical shifts.

Česky

Byly počítány chemické posuny uhlíku C-13 v bázích nukleových kyselin a výslekdky korelovány s experimentálními daty.

Návaznosti

LC06030, projekt VaV
Název: Biomolekulární centrum
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Biomolekulární centrum
MSM0021622413, záměr
Název: Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím