2010
Tracking single channel in protein dynamics
BENEŠ, Petr, Petr MEDEK a Jiří SOCHORZákladní údaje
Originální název
Tracking single channel in protein dynamics
Název česky
Sledování konkrétního tunelu v proteinové dynamice
Autoři
BENEŠ, Petr (203 Česká republika), Petr MEDEK (203 Česká republika) a Jiří SOCHOR (203 Česká republika, garant)
Vydání
Plzeň, WSCG Communication Papers proceedings, od s. 109-114, 5 s. 2010
Nakladatel
University of West Bohemia
Další údaje
Jazyk
angličtina
Typ výsledku
Stať ve sborníku
Obor
10201 Computer sciences, information science, bioinformatics
Stát vydavatele
Česká republika
Utajení
není předmětem státního či obchodního tajemství
Odkazy
Kód RIV
RIV/00216224:14330/10:00043248
Organizační jednotka
Fakulta informatiky
ISBN
978-80-86943-87-9
UT WoS
000309143400016
Klíčová slova česky
tunel, proteinová dynamika, sledování, Voroného diagram, Delaunayova triangulace
Klíčová slova anglicky
channel; protein dynamics; tracking; Voronoi diagram; Delaunay triangulation
Změněno: 29. 3. 2010 13:36, RNDr. Petr Beneš, Ph.D.
Anotace
V originále
In this paper we present a new approach to the processing of molecule dynamics. The method performs the tracking of a channel in a sequence of molecule snapshots which represent atom positions in the molecule in certain time intervals. The centerline of the tracked channel is refined using the Delaunay triangulation from the actual snapshot resulting in a new optimized centerline. This method allows us easily to animate the behaviour of the channel in the sequence. The method can also be used to detect the channel geometry in snapshots, where recent methods are not able to find this channel. In addition, the method yields information about channel parameters which vary over time. We can evaluate opening and closing of the input channel.
Návaznosti
| GA201/07/0927, projekt VaV |
| ||
| LC06008, projekt VaV |
|