2009
Celogenomové restrikční mapování u zástupců rodu Treponema.
MIKALOVÁ, Lenka a David ŠMAJSZákladní údaje
Originální název
Celogenomové restrikční mapování u zástupců rodu Treponema.
Název anglicky
Whole genome fingerprinting in strains of genus Treponema.
Autoři
Vydání
2009
Další údaje
Jazyk
čeština
Typ výsledku
Konferenční abstrakt
Obor
Genetika a molekulární biologie
Stát vydavatele
Česká republika
Utajení
není předmětem státního či obchodního tajemství
Organizační jednotka
Lékařská fakulta
Klíčová slova česky
celogenomové restrikční mapování; tpr geny; Treponema pallidum
Klíčová slova anglicky
whole genome fingerprinting; tpr genes; Treponema pallidum
Změněno: 23. 2. 2010 14:40, Mgr. Marie Zobaníková, Ph.D.
V originále
Porovnání genomů 6 různých kmenů Treponema pallidum (T. p.) prostřednictvím techniky whole genome fingerprinting (WGF) s referenčním genomem kmene Nichols (T. p. ssp. pallidum), hledání faktorů virulence a sekvenčních rozdílů v rámci jednotlivých kmenů, které lze použít v klinické diagnostice. Studované kmeny: T. p. ssp. pallidum kmeny DAL-1 a Mexico A, T. p. pertenue kmeny Gauthier a CDC-2, T. p. endemicum kmen Bosnia A a opičí izolát Fribourg-Blanc. U všech studovaných kmenů byly nalezeny 2 oblasti s repetitivní sekvencí (TP0433-434 a TP0470), počet repetic byl specifický pro každý treponemální kmen. Byly zjištěny 4 specifické indely společné pouze pro kmeny poddruhu pertenue a pro opičí izolát Fribourg-Blanc. Existují také unikátní sekvenční změny v např. podobě inzerce 58 bp v genu TP0136 u kmene DAL-1, delece 48 bp (TP0548) a inzerce 0,5 kb (TP0695-697) u kmene Fribourg-Blanc. Příbuznost treponemálních genomů dosahuje až 99% shody. Rozdíly se nachází především v oblasti tpr genů.
Anglicky
Genome comparison of 6 treponemal strains including Mexico A, DAL-1 (T. pallidum subsp. pallidum), Gauthier, CDC-2 (T. pallidum subsp. pertenue), Bosnia A (T. pallidum subsp. endemicum) and Fribourg-Blanc (unclassified simian isolate) with the sequenced genome of the syphilis spirochete TPA strain Nichols. The whole genome fingerprinting technique was used for identification of heterologous regions in the chromosomal DNA of analyzed strains. All analyzed strains contained two regions of repetitive sequences (TP0433-434, TP0470) with strain specific repeat numbers. In the yaws and simian strain genomes, three specific indels were observed. Strain specific changes comprised e.g. insertion of 58 bp (TP0136) in DAL-1, deletion of 48 bp (TP0548) and insertion of 0.5 kb (TP0695-697) in Fribourg-Blanc. Genomes of T. p. pallidum, T. p. pertenue, T. p. endemicum and unclassified simian isolate are closely related and most of the observed sequence differences are localized in tpr genes and in their vinicity.
Návaznosti
| GA310/07/0321, projekt VaV |
| ||
| MSM0021622415, záměr |
| ||
| NR8967, projekt VaV |
|