Srovnání genomů původců yaws s genomem kmene Nichols, původcem syfilis.

ZOBANÍKOVÁ, Marie, Darina ČEJKOVÁ, Michal STROUHAL, Petra MATĚJKOVÁ POSPÍŠILOVÁ, David ŠMAJS a Weinstock GEORGE M. Srovnání genomů původců yaws s genomem kmene Nichols, původcem syfilis. In XIII. Setkání biochemiků a molekulárních biologů. Sborník příspěvků. 1. vyd. Brno: Masarykova univerzita, 2009, s. 105. ISBN 978-80-210-4830-0.

Základní údaje

• Originální název: Srovnání genomů původců yaws s genomem kmene Nichols, původcem syfilis.
• Název anglicky: Comparison of genomes of strains causing yaws with the genome of strain Nichols, the causative agent of syphilis.
• Autoři: ZOBANÍKOVÁ, Marie, Darina ČEJKOVÁ, Michal STROUHAL, Petra MATĚJKOVÁ POSPÍŠILOVÁ, David ŠMAJS a Weinstock GEORGE M.
• Vydání: 1. vyd. Brno, XIII. Setkání biochemiků a molekulárních biologů. Sborník příspěvků. s. 105-105, 2009.
• Nakladatel: Masarykova univerzita

Další údaje

• Originální jazyk: čeština
• Typ výsledku: Stať ve sborníku
• Obor: Genetika a molekulární biologie
• Stát vydavatele: Česká republika
• Utajení: není předmětem státního či obchodního tajemství
• Organizační jednotka: Lékařská fakulta
• ISBN: 978-80-210-4830-0
• Klíčová slova česky: syfilis; yaws; Treponema pallidum subsp. pertenue; Treponema pallidum subsp. pallidum
• Klíčová slova anglicky: syphilis; yaws; Treponema pallidum subsp. pertenue; Treponema pallidum subsp. pallidum

Anotace

Tři celogenomové sekvenační techniky byly použity pro sekvencování genomů kmenů Samoa D (1 139 330 bp), Gauthier (1 139 441 bp) a CDC-2 (1 139 744 bp) bakterie Treponema pallidum subsp. pertenue, původce yaws. Délka publikovaného genomu původce syfilis kmene Nichols je 1 138 011 bp. U kmene Samoa D byly navrženy otevřené čtecí rámce a anotovány geny s minimálním počtem 49 aminokyselin. Navržené ORFs (1088) byly porovnány s ORFs kmene Nichols (1039), pro 90 ORFs (hypotetických genů kmene Nichols) byla předpovězena funkce. Byly identifikovány 3 % ORFs s více než 10 aminokyselinovými (aa) změnami nebo indely, které by mohly mít vliv na rozdílnou klinickou manifestaci yaws a syfilis, např. geny TP0133, TP0304, TP0462-463, TP0544, TP0577, TP0619, TP0651, TP0668, TP0968 lišící se mezi kmeny SamoaD a Nichols, ale identické na úrovni pertenue kmenů. Dále bylo identifikováno: 56 % ORFs identických u obou kmenů, 15 % lišících se délkou, 1 % ORFs má změnu čtecího rámce a 24 % ORFs má méně než 10 rozdílných aa.

Anotace anglicky

Three whole genome sequencing methods were used for genome sequencing of strains Samoa D (1 139 330 bp), CDC-2 (1 139 744 bp) and Gauthier (1 139 441 bp ) of T. pallidum ssp. pertenue, the causative agent of yaws. The previously reported size of the Nichols genome was 1 138 011 bp (1039 ORFs). The minimal gene length of genes predicted in SamoaD genome was set to 49 aminoacids of correspondnig proteins (altogether, 1088 ORFs were predicted). Possible function was predicted for 90 genes with previously unknown function (in the Nichols genome). It was discovered that more than 3% of the ORFs have significant differences, e. g. genes TP0133, TP0304, TP0462-463, TP0544, TP0577, TP0619, TP0651, TP0668, TP0968. These genes are likely to be involved in different pathogenicity of ssp. pallidum and ssp. pertenue strains. Next more than a half (56%) of the genes code for identical proteins in both strains, 15% of ORFs differ in length, 1% of ORFs have frameshift mutations.

Návaznosti

• GA310/07/0321, projekt VaV: Název: Komparativní genomové sekvencování patogenních treponem a transkriptomová analýza T. pallidum ssp. pallidum

Investor: Grantová agentura ČR, Komparativní genomové sekvencování patogenních treponem a transkriptomová analýza T. pallidum ssp. pallidum

• MSM0021622415, záměr: Název: Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací

• NR8967, projekt VaV: Název: Molekulární typizace kmenů a izolátů Treponema pallidum subsp. pallidum: základ pro epidemiologickou a klinickou identifikaci jednotlivých kmenů

Investor: Ministerstvo zdravotnictví ČR, Molekulární typizace kmenů a izolátů Treponema pallidum subsp. Pallidum: základ pro epidemiologickou a klinickou identifikaci jednotlivých kmenů