Komparativní analýza genomů Treponema pallidum subspecies pertenue a Treponema pallidum subspecies pallidum.

ZOBANÍKOVÁ, Marie, Petra MATĚJKOVÁ POSPÍŠILOVÁ, Michal STROUHAL, Darina ČEJKOVÁ, David ŠMAJS a George M. WEINSTOCK. Komparativní analýza genomů Treponema pallidum subspecies pertenue a Treponema pallidum subspecies pallidum. In XVIII. Tomáškovy dny. 2009.

Základní údaje

• Originální název: Komparativní analýza genomů Treponema pallidum subspecies pertenue a Treponema pallidum subspecies pallidum.
• Název anglicky: Comparative genome analysis of Treponema pallidum subspecies pertenue and Treponema pallidum subspecies pallidum.
• Autoři: ZOBANÍKOVÁ, Marie, Petra MATĚJKOVÁ POSPÍŠILOVÁ, Michal STROUHAL, Darina ČEJKOVÁ, David ŠMAJS a George M. WEINSTOCK.
• Vydání: XVIII. Tomáškovy dny, 2009.

Další údaje

• Originální jazyk: čeština
• Typ výsledku: Konferenční abstrakt
• Obor: Genetika a molekulární biologie
• Stát vydavatele: Česká republika
• Utajení: není předmětem státního či obchodního tajemství
• Organizační jednotka: Lékařská fakulta
• Klíčová slova česky: Treponema pallidum subspecies pertenue; Treponema pallidum subspecies pallidum; syfilis; yaws; komparativní genomika
• Klíčová slova anglicky: Treponema pallidum subspecies pertenue; Treponema pallidum subspecies pallidum; syphilis; yaws; comparative genomics

Anotace

Byl sekvencován genom T. pallidum ssp. pertenue (původce yaws) u kmenů Samoa D (1 139 330 bp), CDC-2 (1 139 744 bp) a Gauthier (1 139 441 bp) pomocí 3 celogenomových sekvenačních metod a Sangerova sekvencování, pro srovnání 1 138 011 bp je délka genomu u kmene Nichols (T. pallidum ssp. pertenue, původce syfilis). Oba poddruhy nelze morfologicky, sérologicky ani imunologicky odlišit. Navržené geny kmene Samoa D byly porovnány s geny kmene Nichols. Pro 90 genů (u kmene Nichols hypotetických) byla nově předpovězena funkce. Bylo zjištěno, že 56 % kóduje proteiny identické u obou kmenů a jen 3 % genů mají více než 10 aa změn nebo inzerce a delece. U nich bylo provedeno srovnání s ortologními geny dalších ssp. pertenue kmenů. Bylo nalezeno 9 identických genů na úrovni ssp. pertenue oproti výrazným rozdílům vůči ssp. pallidum. Většina těchto genů kóduje konzervované hypotetické proteiny.

Anotace anglicky

Three whole genome sequencing methods and dideoxynucleotide terminator method were used for genome sequencing of T. pallidum ssp. pertenue (the causative agent of yaws) of strains Samoa D( 1 139 330), CDC-2 (1 139 744 bp) and Gauthier (1 139 441 bp). The previously reported size of the Nichols (T. pallidum ssp. pallidum) genome was 1 138 011 bp. Both subspecies cannot be distinguished based on serology or imunology. Genes annotated in the Samoa D genome were compared to the genes annotated in the Nichols genome. Possible function was predicted for 90 genes with previously unknown function (in the Nichols genome). It was discovered that more than a half (56%) of the genes code for identical proteins in both strains and just 3% of genes code for proteins with more than 10 aa differences. In this group, 9 genes in 3 ssp. pertenue strains were identified as identical in the ssp. pertenue level. Most of these genes encoded conserved hypothetical proteins.

Návaznosti

• GA310/07/0321, projekt VaV: Název: Komparativní genomové sekvencování patogenních treponem a transkriptomová analýza T. pallidum ssp. pallidum

Investor: Grantová agentura ČR, Komparativní genomové sekvencování patogenních treponem a transkriptomová analýza T. pallidum ssp. pallidum

• MSM0021622415, záměr: Název: Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací

• NR8967, projekt VaV: Název: Molekulární typizace kmenů a izolátů Treponema pallidum subsp. pallidum: základ pro epidemiologickou a klinickou identifikaci jednotlivých kmenů

Investor: Ministerstvo zdravotnictví ČR, Molekulární typizace kmenů a izolátů Treponema pallidum subsp. Pallidum: základ pro epidemiologickou a klinickou identifikaci jednotlivých kmenů