2009
Komparativní analýza genomů Treponema pallidum subspecies pertenue a Treponema pallidum subspecies pallidum.
ZOBANÍKOVÁ, Marie, Petra MATĚJKOVÁ POSPÍŠILOVÁ, Michal STROUHAL, Darina ČEJKOVÁ, David ŠMAJS et. al.Základní údaje
Originální název
Komparativní analýza genomů Treponema pallidum subspecies pertenue a Treponema pallidum subspecies pallidum.
Název anglicky
Comparative genome analysis of Treponema pallidum subspecies pertenue and Treponema pallidum subspecies pallidum.
Autoři
ZOBANÍKOVÁ, Marie, Petra MATĚJKOVÁ POSPÍŠILOVÁ, Michal STROUHAL, Darina ČEJKOVÁ, David ŠMAJS a George M. WEINSTOCK
Vydání
XVIII. Tomáškovy dny, 2009
Další údaje
Jazyk
čeština
Typ výsledku
Konferenční abstrakt
Obor
Genetika a molekulární biologie
Stát vydavatele
Česká republika
Utajení
není předmětem státního či obchodního tajemství
Organizační jednotka
Lékařská fakulta
Klíčová slova česky
Treponema pallidum subspecies pertenue; Treponema pallidum subspecies pallidum; syfilis; yaws; komparativní genomika
Klíčová slova anglicky
Treponema pallidum subspecies pertenue; Treponema pallidum subspecies pallidum; syphilis; yaws; comparative genomics
Změněno: 25. 2. 2010 13:32, Mgr. Marie Zobaníková, Ph.D.
V originále
Byl sekvencován genom T. pallidum ssp. pertenue (původce yaws) u kmenů Samoa D (1 139 330 bp), CDC-2 (1 139 744 bp) a Gauthier (1 139 441 bp) pomocí 3 celogenomových sekvenačních metod a Sangerova sekvencování, pro srovnání 1 138 011 bp je délka genomu u kmene Nichols (T. pallidum ssp. pertenue, původce syfilis). Oba poddruhy nelze morfologicky, sérologicky ani imunologicky odlišit. Navržené geny kmene Samoa D byly porovnány s geny kmene Nichols. Pro 90 genů (u kmene Nichols hypotetických) byla nově předpovězena funkce. Bylo zjištěno, že 56 % kóduje proteiny identické u obou kmenů a jen 3 % genů mají více než 10 aa změn nebo inzerce a delece. U nich bylo provedeno srovnání s ortologními geny dalších ssp. pertenue kmenů. Bylo nalezeno 9 identických genů na úrovni ssp. pertenue oproti výrazným rozdílům vůči ssp. pallidum. Většina těchto genů kóduje konzervované hypotetické proteiny.
Anglicky
Three whole genome sequencing methods and dideoxynucleotide terminator method were used for genome sequencing of T. pallidum ssp. pertenue (the causative agent of yaws) of strains Samoa D( 1 139 330), CDC-2 (1 139 744 bp) and Gauthier (1 139 441 bp). The previously reported size of the Nichols (T. pallidum ssp. pallidum) genome was 1 138 011 bp. Both subspecies cannot be distinguished based on serology or imunology. Genes annotated in the Samoa D genome were compared to the genes annotated in the Nichols genome. Possible function was predicted for 90 genes with previously unknown function (in the Nichols genome). It was discovered that more than a half (56%) of the genes code for identical proteins in both strains and just 3% of genes code for proteins with more than 10 aa differences. In this group, 9 genes in 3 ssp. pertenue strains were identified as identical in the ssp. pertenue level. Most of these genes encoded conserved hypothetical proteins.
Návaznosti
GA310/07/0321, projekt VaV |
| ||
MSM0021622415, záměr |
| ||
NR8967, projekt VaV |
|