a 2009

The complete genome sequence of T. paraluiscuniculi strain Cuniculi A and its comparison with syphilis spirochete genome.

ŠMAJS, David, Michal STROUHAL, Marie ZOBANÍKOVÁ, Darina ČEJKOVÁ, Petra POSPÍŠILOVÁ MATĚJKOVÁ et. al.

Základní údaje

Originální název

The complete genome sequence of T. paraluiscuniculi strain Cuniculi A and its comparison with syphilis spirochete genome.

Název česky

Kompletní genomová sekvence T. paraluiscuniculi kmene Cuniculi A

Autoři

Vydání

3rd FEMS Congress of European Microbiologists. Abstract CD, 2132. 2009

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Konferenční abstrakt

Obor

Genetika a molekulární biologie

Stát vydavatele

Švédsko

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Organizační jednotka

Lékařská fakulta

Klíčová slova česky

Treponema paraluiscuniculi; Treponema pallidum subsp. pallidum; syfilis: komparativní genomika

Klíčová slova anglicky

Treponema paraluiscuniculi; Treponema pallidum subsp. pallidum; syphilis; comparative genomics
Změněno: 26. 2. 2010 13:31, Mgr. Marie Zobaníková, Ph.D.

Anotace

ORIG CZ

V originále

Treponema paraluiscuniculi is noncultivable species not infectious to humans but causing venereal spirochetosis in rabbits. The genome structure and sequence of T. paraluiscuniculi is closely related to the genome of Treponema pallidum subspecies pallidum, the syphilis causing spirochete. The genome sequence of the bacterium Treponema paraluiscuniculi strain Cuniculi A was determined by pyrosequencing, Solexa sequencing and by Comparative Genome Sequencing strategy. The assembly of the complete genome sequence was verified by whole genome fingerprinting analysis. Most conserved genes in the Cuniculi A and Nichols genomes encoded enzymes involved in general metabolic pathways and genes involved in DNA replication and maintenance and in transcription and translation processes. More than 16% of the Cuniculi A and Nichols genes encoded sequentially identical proteins, 74% genes encoded proteins with minor sequence changes and 10% of genes contained major sequence changes including frameshifts, internal stop codons and indels. The genes in the latter group encoded several Tpr proteins, recombinase proteins, components of cell envelope, antigens and regulatory and chemotactic proteins.

Česky

V této práci popisujeme kompletní genomovou sekvenci T. paraluiscuniculi kmene Cuniculi A a její srovnání s dalsimi sekvenovanými kmeny patogenních treponem.

Návaznosti

GA310/07/0321, projekt VaV
Název: Komparativní genomové sekvencování patogenních treponem a transkriptomová analýza T. pallidum ssp. pallidum
Investor: Grantová agentura ČR, Komparativní genomové sekvencování patogenních treponem a transkriptomová analýza T. pallidum ssp. pallidum
MSM0021622415, záměr
Název: Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací
NR8967, projekt VaV
Název: Molekulární typizace kmenů a izolátů Treponema pallidum subsp. pallidum: základ pro epidemiologickou a klinickou identifikaci jednotlivých kmenů
Investor: Ministerstvo zdravotnictví ČR, Molekulární typizace kmenů a izolátů Treponema pallidum subsp. Pallidum: základ pro epidemiologickou a klinickou identifikaci jednotlivých kmenů