2010
CAVER Viewer-new tool enhancing computation and visualization of channels in proteins
KOZLÍKOVÁ, Barbora; Jiří SOCHOR; Tibor SZABÓ a Matúš ZAMBORSKÝZákladní údaje
Originální název
CAVER Viewer-new tool enhancing computation and visualization of channels in proteins
Autoři
KOZLÍKOVÁ, Barbora ORCID (203 Česká republika, garant); Jiří SOCHOR (203 Česká republika); Tibor SZABÓ (703 Slovensko) a Matúš ZAMBORSKÝ (703 Slovensko)
Vydání
Neuveden, The IADIS Computer Graphics, Visualization, Computer Vision and Image Processing (CGVCVIP) 2010, 8 s. 2010
Nakladatel
IADIS Press
Další údaje
Jazyk
angličtina
Typ výsledku
Stať ve sborníku
Obor
10201 Computer sciences, information science, bioinformatics
Stát vydavatele
Německo
Utajení
není předmětem státního či obchodního tajemství
Kód RIV
RIV/00216224:14330/10:00044485
Organizační jednotka
Fakulta informatiky
ISBN
978-972-8939-22-9
Klíčová slova česky
CAVER; CAVER Viewer; vizualizace; protein; tunel; molekulová dynamika
Klíčová slova anglicky
CAVER; CAVER Viewer; visualization; protein; channel; molecular dynamics
Příznaky
Mezinárodní význam, Recenzováno
Změněno: 18. 8. 2010 16:49, doc. RNDr. Barbora Kozlíková, Ph.D.
V originále
In this article, we describe the CAVER Viewer as the next tile in the mosaic of protein visualization programs. CAVER Viewer provides enhanced interface for channel analysis and a set of traditional and new techniques for visualization of the results. With the CAVER Viewer, users can explore specific paths in protein structure, which are called channels. Channels may be explored in the three-dimensional space of the molecule using the two-dimensional information and statistics, visualized as 2D graphs and connected with the 3D displaying window. In comparison to the existing applications, our program also enables working with large data sets obtained from dynamic simulations of protein behavior.
Česky
Tento článek popisuje možnosti aplikace CAVER Viewer, která se věnuje analýze a vizualizaci proteinových struktur. Právě díky specifické tvoří doplněk k již existujícím programům věnujícím se proteiovým strukturám. CAVER Viewer poskytuje rozhraní pro výpočet a analýzu tzv. tunelů v proteinech a zároveň obsahuje sadu tradičních i nových technik pro vizualizaci výsledků. Specifické struktury, které zkoumáme, jsou nazývany tunely. Jejich prozkoumání je umožněno spojením 3D zobrazení a dvoudimenzionální informace o tunelech v podobě grafových statistik. V porovnání s existujícími aplikacemi CAVER Viewer zpracovává rozsáhlé množiny dat reprezentující molekulovou dynamiku - pohyb a chování proteinu v čase.
Návaznosti
| GA201/07/0927, projekt VaV |
| ||
| LC06010, projekt VaV |
|