J 2011

Image Division Technique in Pre-acquisition Analysis of Information Content for Automated Microscopy

BRÁZDILOVÁ, Silvie Luisa a Michal KOZUBEK

Základní údaje

Originální název

Image Division Technique in Pre-acquisition Analysis of Information Content for Automated Microscopy

Autoři

BRÁZDILOVÁ, Silvie Luisa (203 Česká republika, domácí) a Michal KOZUBEK (203 Česká republika, garant, domácí)

Vydání

Journal of Microscopy, Oxford, Blackwell Science, 2011, 0022-2720

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Článek v odborném periodiku

Obor

20200 2.2 Electrical engineering, Electronic engineering, Information engineering

Stát vydavatele

Velká Británie a Severní Irsko

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Impakt faktor

Impact factor: 1.631

Kód RIV

RIV/00216224:14330/11:00051479

Organizační jednotka

Fakulta informatiky

DOI

UT WoS

000290627600006

Klíčová slova anglicky

Automated microscopy; fluorescence microscopy; autofocusing; multimodal content function; image acquisition; information content analysis

Štítky

Příznaky

Mezinárodní význam, Recenzováno
Změněno: 10. 3. 2018 16:44, prof. RNDr. Michal Kozubek, Ph.D.

Anotace

V originále

This article presents a method that allows for reliable automated image acquisition of specimens with high information content in light microscopy with emphasis on fluorescence microscopy applications. Automated microscopy typically relies on autofocusing used for the analysis of information content behaviour along z-axis within each field of view. However, in the case of a field of view containing more objects that do not lie precisely in one z-plane, traditional autofocusing methods fail due to their principle of operation. We avoid this issue by reducing the original problem to a set of simple and performable tasks: we divide the field of view into a small number of tiles and process each of them individually. The obtained results enable discovering z-planes with rich information content that remain hidden during global analysis of the whole field of view. Our approach therefore outperforms other acquisition methods including the manual one. A large part of the contribution is oriented toward practical application.

Návaznosti

LC535, projekt VaV
Název: Dynamika a organizace chromosomů během buněčného cyklu v normě a patologii
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Dynamika a organizace chromosomů během buněčného cyklu v normě a patologii
MSM0021622419, záměr
Název: Vysoce paralelní a distribuované výpočetní systémy
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Vysoce paralelní a distribuované výpočetní systémy
MUNI/A/0914/2009, interní kód MU
Název: Rozsáhlé výpočetní systémy: modely, aplikace a verifikace (Akronym: SV-FI MAV)
Investor: Masarykova univerzita, Rozsáhlé výpočetní systémy: modely, aplikace a verifikace, DO R. 2020_Kategorie A - Specifický výzkum - Studentské výzkumné projekty
2B06052, projekt VaV
Název: Vytipování markerů, screening a časná diagnostika nádorových onemocnění pomocí vysoce automatizovaného zpracování multidimenzionálních biomedicínských obrazů (Akronym: Biomarker)
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Vytipování markerů, screening a časná diagnostika nádorových onemocnění pomocí vysoce automatizovaného zpracování multidimenzionálních biomedicínských obrazů