Informační systém Masarykovy univerzity 

Parameter Scanning by Parallel Model Checking with Applications in Systems Biology

česky | in English

BARNAT, Jiří, Luboš BRIM, David ŠAFRÁNEK a Martin VEJNÁR. Parameter Scanning by Parallel Model Checking with Applications in Systems Biology. In Ninth International Workshop on Parallel and Distributed Methods in Verification, and Second International Workshop on High Performance Computational Systems Biology. Los Alamitos: IEEE Computer Society, 2010. s. 95-104, 10 s. ISBN 978-0-7695-4265-2.
Další formáty:   BibTeX LaTeX RIS
Základní údaje
Originální název Parameter Scanning by Parallel Model Checking with Applications in Systems Biology
Název česky Skenování parametrů prostřednictvím paralelního modelcheckingu s aplikacemi v systémové biologii
Autoři BARNAT, Jiří (203 Česká republika, domácí), Luboš BRIM (203 Česká republika, domácí), David ŠAFRÁNEK (203 Česká republika, garant, domácí) a Martin VEJNÁR (203 Česká republika, domácí).
Vydání Los Alamitos, Ninth International Workshop on Parallel and Distributed Methods in Verification, and Second International Workshop on High Performance Computational Systems Biology, od s. 95-104, 10 s. 2010.
Nakladatel IEEE Computer Society
Další údaje
Originální jazyk angličtina
Typ výsledku Článek ve sborníku
Obor Informatika
Stát vydavatele Česká republika
Utajení není předmětem státního či obchodního tajemství
Kód RIV RIV/00216224:14330/10:00045419
Organizační jednotka Fakulta informatiky
ISBN 978-0-7695-4265-2
Klíčová slova anglicky biological networks; parallel model checking; dy namic systems; parameter scanning; systems biology
Příznaky Mezinárodní význam, Recenzováno
Změnil Změnil: prof. RNDr. Jiří Barnat, Ph.D., učo 3496. Změněno: 23. 1. 2012 12:18.
Anotace
In this paper, a novel scalable method for scanning of kinetic parameter values in continuous (ODE) models of biological networks is provided. The presented method is property-driven, in particular, parameter values are scanned in order to satisfy a given dynamic property. The key result -- the parameter scanning method -- is based on an innovative adaptation of parallel LTL model checking for the framework of parameterized Kripke structures (PKS). First, we introduce the notion of PKS and we identify the parameter scanning and robustness analysis problems in this framework. Second, we present the algorithms for parallel LTL model checking on PKSs. Finally, the evaluation is provided on case studies of mammalian cell-cycle genetic regulatory network model and \emph{E. Coli} ammonium transport model.
Anotace česky
Článek se zabývá škálovatelnou výpočetní metodou pro estimaci parametrů v biologických modelech vzhledem ke sledované dynamické vlastnosti. Presentovaná metoda využívá enumerativního algoritmu ověřování modelů v prostředí logiky lineárního času. Metoda je experimentálně ověřena na několika případových studiích.
Návaznosti
GA201/09/1389, projekt VaVNázev: Verifikace a analýza velmi velkých počítačových systémů
Investor: Grantová agentura ČR, Standardní projekty
GP201/09/P497, projekt VaVNázev: Automatizovaná formální verifikace s využitím soudobého hardware
Investor: Grantová agentura ČR, Postdoktorské projekty
MSM0021622419, záměrNázev: Vysoce paralelní a distribuované výpočetní systémy
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Výzkumné záměry
VytisknoutZobrazeno: 19. 11. 2017 06:02

Relevantní odkazy 


Nahoru | Aktuální datum a čas: 19. 11. 2017 06:02, 46. (sudý) týden

Kontakty: istech(zavináč/atsign)fi(tečka/dot)muni(tečka/dot)cz, studijní odd., správci práv, is-technici, e-technici, IT podpora | Použití cookies | Více o Informačním systému