2010
Parameter Scanning by Parallel Model Checking with Applications in Systems Biology
BARNAT, Jiří, Luboš BRIM, David ŠAFRÁNEK a Martin VEJNÁRZákladní údaje
Originální název
Parameter Scanning by Parallel Model Checking with Applications in Systems Biology
Název česky
Skenování parametrů prostřednictvím paralelního modelcheckingu s aplikacemi v systémové biologii
Autoři
BARNAT, Jiří (203 Česká republika, domácí), Luboš BRIM (203 Česká republika, domácí), David ŠAFRÁNEK (203 Česká republika, garant, domácí) a Martin VEJNÁR (203 Česká republika, domácí)
Vydání
Los Alamitos, Ninth International Workshop on Parallel and Distributed Methods in Verification, and Second International Workshop on High Performance Computational Systems Biology, od s. 95-104, 10 s. 2010
Nakladatel
IEEE Computer Society
Další údaje
Jazyk
angličtina
Typ výsledku
Stať ve sborníku
Obor
10201 Computer sciences, information science, bioinformatics
Stát vydavatele
Česká republika
Utajení
není předmětem státního či obchodního tajemství
Kód RIV
RIV/00216224:14330/10:00045419
Organizační jednotka
Fakulta informatiky
ISBN
978-0-7695-4265-2
Klíčová slova anglicky
biological networks; parallel model checking; dy namic systems; parameter scanning; systems biology
Příznaky
Mezinárodní význam, Recenzováno
Změněno: 23. 1. 2012 12:18, prof. RNDr. Jiří Barnat, Ph.D.
V originále
In this paper, a novel scalable method for scanning of kinetic parameter values in continuous (ODE) models of biological networks is provided. The presented method is property-driven, in particular, parameter values are scanned in order to satisfy a given dynamic property. The key result -- the parameter scanning method -- is based on an innovative adaptation of parallel LTL model checking for the framework of parameterized Kripke structures (PKS). First, we introduce the notion of PKS and we identify the parameter scanning and robustness analysis problems in this framework. Second, we present the algorithms for parallel LTL model checking on PKSs. Finally, the evaluation is provided on case studies of mammalian cell-cycle genetic regulatory network model and \emph{E. Coli} ammonium transport model.
Česky
Článek se zabývá škálovatelnou výpočetní metodou pro estimaci parametrů v biologických modelech vzhledem ke sledované dynamické vlastnosti. Presentovaná metoda využívá enumerativního algoritmu ověřování modelů v prostředí logiky lineárního času. Metoda je experimentálně ověřena na několika případových studiích.
Návaznosti
| GA201/09/1389, projekt VaV |
| ||
| GP201/09/P497, projekt VaV |
| ||
| MSM0021622419, záměr |
|