CAVER 2.1

BENEŠ, Petr, Barbora KOZLÍKOVÁ, Ondřej STRNAD, Vilém ŠUSTR, Eva CHOVANCOVÁ, Antonín PAVELKA, Jan BREZOVSKÝ, Tibor SZABÓ, Matúš ZAMBORSKÝ, Jiří SOCHOR, Jiří DAMBORSKÝ and Lada BIEDERMANNOVÁ. CAVER 2.1. 2010.

Basic information

• Original name: CAVER 2.1
• Name in Czech: CAVER 2.1
• Authors: BENEŠ, Petr (203 Czech Republic, belonging to the institution), Barbora KOZLÍKOVÁ (203 Czech Republic, belonging to the institution), Ondřej STRNAD (203 Czech Republic, belonging to the institution), Vilém ŠUSTR (203 Czech Republic, belonging to the institution), Eva CHOVANCOVÁ (203 Czech Republic, belonging to the institution), Antonín PAVELKA (203 Czech Republic, belonging to the institution), Jan BREZOVSKÝ (203 Czech Republic, belonging to the institution), Tibor SZABÓ (703 Slovakia), Matúš ZAMBORSKÝ (703 Slovakia), Jiří SOCHOR (203 Czech Republic, guarantor, belonging to the institution), Jiří DAMBORSKÝ (203 Czech Republic, belonging to the institution) and Lada BIEDERMANNOVÁ (203 Czech Republic).
• Edition: 2010.

Other information

• Original language: English
• Type of outcome: Software
• Field of Study: 10600 1.6 Biological sciences
• Country of publisher: Czech Republic
• Confidentiality degree: is not subject to a state or trade secret
• WWW: URL
• RIV identification code: RIV/00216224:14330/10:00040637
• Organization unit: Faculty of Informatics
• Keywords (in Czech): tunel analýza vizualizace
• Keywords in English: channel analysis visualization
• Technical parameters: computer program
• Tags: channel calculation
• Tags: International impact

Abstract

CAVER algorithm enables rapid and fully automated calculation of specific pathways called channels in protein molecules. It enables to compute channels in static molecules as well as in molecular dynamics. CAVER is distributed as standalone plugin for PyMOL and also as a part of CAVER Viewer visualization tool. It enables to display computed channels and to perform various subsequent analyses. CAVER Viewer is available as a standalone software or as a Java Web Start application.

Abstract (in Czech)

CAVER algoritmus umožňuje plně automatizovaný výpočet takzvaných tunelů v molekulách proteinů. Výpočet probíhá jak na statických datech, tak na sekvencích molekulové dynamiky, kdy dochází k automatické detekci daného tunelu v jednotlivých snímcích. CAVER je dostupný jako zásuvný modul pro program PyMOL nebo jako součást aplikace CAVER Viewer. Ta se věnujekromě jiného zejména vizualizaci spočtených tunelů a pomocí různých funkcí umožňuje následnou analýzu takovýchto tunelů. CAVER Viewer je možné získat jako samostatnou aplikaci nebo ve formě Java Web Start na stránkách projektu.

Links

• GA201/07/0927, research and development project: Name: Vizualizace proteinových struktur

Investor: Czech Science Foundation, Visualization of protein structures

• IAA100040602, research and development project: Name: Nové přístupy v elektrochemické analýze nukleových kyselin a oligonukleotidů zaměřené na ultrasensitivní mikrodetekci DNA a detekci DNA hybridizace.

Investor: Academy of Sciences of the Czech Republic, New approaches in electrochemical analysis of nucleic acids and oligonucleotides aimed at a ultrasensitive microdetection of DNA and DNA hybridization

• LC06010, research and development project: Name: Centrum biokatalýzy a biotransformací

Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR, Center of Biocatalysis and Biotransformation

• MSM0021622412, plan (intention): Name: Interakce mezi chemickými látkami, prostředím a biologickými systémy a jejich důsledky na globální, regionální a lokální úrovni (INCHEMBIOL) (Acronym: INCHEMBIOL)

Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR, Interactions among the chemicals, environment and biological systems and their consequences on the global, regional and local scales (INCHEMBIOL)

• MUNI/A/0057/2011, interní kód MU: Name: Posílení zapojení studentů Fakulty informatiky do mezinárodní vědecké komunity (Acronym: SKONF)

Investor: Masaryk University, Category A