Detailed Information on Publication Record
2010
Genomic characterization of large rearrangements of the LDLR gene in Czech patiens with familial hypercholesterolemia.
GOLDMANN, Radan, Lukáš TICHÝ, Tomáš FREIBERGER, Petra ZAPLETALOVÁ, Ondřej LETOCHA et. al.Basic information
Original name
Genomic characterization of large rearrangements of the LDLR gene in Czech patiens with familial hypercholesterolemia.
Name in Czech
Genomová charakterizace rozsáhlých přestaveb LDLR genu u českých pacientů s familiární hypercholesterolémií.
Authors
GOLDMANN, Radan (203 Czech Republic, belonging to the institution), Lukáš TICHÝ (203 Czech Republic, belonging to the institution), Tomáš FREIBERGER (203 Czech Republic, belonging to the institution), Petra ZAPLETALOVÁ (203 Czech Republic, belonging to the institution), Ondřej LETOCHA (203 Czech Republic, belonging to the institution), Vladimír SOŠKA (203 Czech Republic, belonging to the institution), Jiří FAJKUS (203 Czech Republic, belonging to the institution) and Lenka FAJKUSOVÁ (203 Czech Republic, guarantor, belonging to the institution)
Edition
BMC Medical Genetics, ENGLAND, BIOMED CENTRAL LTD, 2010, 1471-2350
Other information
Language
English
Type of outcome
Článek v odborném periodiku
Field of Study
30200 3.2 Clinical medicine
Country of publisher
Czech Republic
Confidentiality degree
není předmětem státního či obchodního tajemství
Impact factor
Impact factor: 2.439
RIV identification code
RIV/00216224:14310/10:00046215
Organization unit
Faculty of Science
UT WoS
000283193200001
Keywords in English
LDLR; familial hypercholesterolemia
Tags
International impact, Reviewed
Změněno: 26/1/2012 14:51, doc. RNDr. Lenka Fajkusová, CSc.
V originále
BACKGROUND: Mutations in the LDLR gene are the most frequent cause of Familial hypercholesterolemia, an autosomal dominant disease characterised by elevated concentrations of LDL in blood plasma. In many populations, large genomic rearrangements account for approximately 10% of mutations in the LDLR gene. METHODS: DNA diagnostics of large genomic rearrangements was based on Multiple Ligation dependent Probe Amplification (MLPA). Subsequent analyses of deletion and duplication breakpoints were performed using long range PCR, PCR, and DNA sequencing. RESULTS: In set of 1441 unrelated FH patients, large genomic rearrangements were found in 37 probands. Eight different types of rearrangements were detected, from them 6 types were novel, not described so far. In all rearrangements, we characterized their exact extent and breakpoint sequences. CONCLUSIONS: Sequence analysis of deletion and duplication breakpoints indicates that intrachromatid non-allelic homologous recombination (NAHR) between Alu elements is involved in 6 events, while a non-homologous end joining (NHEJ) is implicated in 2 rearrangements. Our study thus describes for the first time NHEJ as a mechanism involved in genomic rearrangements in the LDLR gene.
In Czech
Úvod: Mutace i v genu pro LDL receptor jsou nejčastější příčinou familiární hypercholesterolémie autozomálně dominantního onemocnění charakterizovaného vzestupem koncentrace LDL v krevní plazmě. V mnoha populacích tvoří rozsáhlé přestavby přibližně 10% mutací v LDLR genu. Metody: DNA diagnostika rozsáhlých přestaveb byla založena na metodě MLPA. Další analýza bodů zlomů u delecí a duplikací byla provedena pomocí long range PCR, PCR a DNA sekvenování. Výsledky: V souboru 1441 nepříbuzných FH pacientů byly rozsáhlé genomové přestavby nalezeny u 37 probandů. Bylo detekováno 8 rozdílných typů přestaveb. Šest z nich bylo nových, dosud nepopsaných. U všech přestaveb jsme určili jejich délku a sekvenci bodů zlomu. Souhrn: Sekvenční analýza bodů zlomu u delecí a duplikací odhalila, že v šesti případech došlo k nealelické homologní rekombinaci (NAHR) mezi Alu elementy. U dvou případů bylo jako mechanizmus vzniku přestavby určeno nehomologní spojování konců (NHEJ). Tato studie jako první popisuje NHEJ jako mechanismus vzniku přestaveb u LDLR genu.
Links
| MSM0021622415, plan (intention) |
|