2010
Celogenomové restrikční mapování u vybraných zástupců rodu Treponema.
MIKALOVÁ, Lenka, Michal STROUHAL, Darina ČEJKOVÁ, Marie ZOBANÍKOVÁ, Petra POSPÍŠILOVÁ et. al.Základní údaje
Originální název
Celogenomové restrikční mapování u vybraných zástupců rodu Treponema.
Autoři
MIKALOVÁ, Lenka, Michal STROUHAL, Darina ČEJKOVÁ, Marie ZOBANÍKOVÁ, Petra POSPÍŠILOVÁ, S. J. NORRIS, E. SODERGREN a G. M. WEINSTOCK
Vydání
25. Kongres Československé společnosti mikrobiologické. 2010
Další údaje
Jazyk
čeština
Typ výsledku
Konferenční abstrakt
Obor
Genetika a molekulární biologie
Stát vydavatele
Slovensko
Utajení
není předmětem státního či obchodního tajemství
Organizační jednotka
Lékařská fakulta
Klíčová slova česky
Treponema pallidum subsp. pallidum; Treponema pallidum subsp. pertenue; Treponema pallidum subsp. endemicum; syfilis; yaws; endemická syfilis; Fribourg-Blanc
Změněno: 19. 1. 2011 15:07, Mgr. Marie Zobaníková, Ph.D.
Anotace
V originále
Treponema pallidum subsp. pallidum (TPA) je původce sexuálně přenosného onemocnění syfilis, T. pallidum subsp. pertenue (TPE) a T. pallidum subsp. endemicum (TEN) způsobují nevenerická onemocnění yaws a endemickou syfilis. Jmenované patogeny nelze kultivovat ani morfologicky či serologicky odlišit. Lze předpokládat, že různá míra invazivity a patogenity těchto spirochet se bude odrážet v rozdílech jejich genomů. Cílem této práce bylo tyto genomové rozdíly identifikovat. Technikou whole genome fingerprinting (WGF) bylo porovnáváno celkem 8 kmenů Treponema pallidum. Jednalo se o 4 TPA kmeny – Nichols, DAL-1, Mexico A, SS14; 3 TPE kmeny – Samoa D, CDC-2, Gauthier a jeden taxonomicky nezařazený kmen Fribourg-Blanc izolovaný z paviána. Metodou WGF byla stanovena příbuznost a délka genomů studovaných kmenů. Délka genomů je velmi podobná (1039,2 – 1040,9 kb), sekvenční shoda přesahuje 99,5 %. I přes vysokou sekvenční shodu lze TPA a TPE kmeny navzájem odlišit v 6 oblastech, kde byly nalezeny 4 delece (33 – 377 bp) a 2 inzerce (52 bp a 377 bp) oproti TPA kmenům. Opičí izolát Fribourg-Blanc se v těchto oblastech sekvenčně podobá TPE kmenům. Detegovaných změn lze využít v molekulární diagnostice onemocnění yaws a syfilis, především v oblastech, kde se tato onemocnění vyskytují současně. V genech TP0433-434 a TP0470 byla zjištěna přítomnost repetitivních sekvencí, přičemž počet repeticí je kmenově specifický. U kmenů Nichols, Samoa D, DAL-1, Gauthier, CDC-2 a Fribourg-Blanc byly identifikovány unikátní sekvenční změny, které lze použít v diagnostice a epidemiologii. Většina objevených sekvenčních změn se nachází v tpr genech, které pravděpodobně ovlivňují patogenezi treponemálních infekcí.
Návaznosti
| GA310/07/0321, projekt VaV |
| ||
| MSM0021622415, záměr |
| ||
| NR8967, projekt VaV |
|