2011
Diverse retrotransposon families and an AT-rich satellite DNA revealed in giant genomes of Fritillaria lilies
AMBROŽOVÁ, Kateřina, Terezie MANDÁKOVÁ, Petr BUREŠ, Pavel NEUMANN, Ilia J. LEITCH et. al.Základní údaje
Originální název
Diverse retrotransposon families and an AT-rich satellite DNA revealed in giant genomes of Fritillaria lilies
Název česky
Různé rodiny transpozonů a AT bohaté satelitní repetice zjištěny v obřích genome rodu Fritillaria
Autoři
AMBROŽOVÁ, Kateřina (203 Česká republika, garant, domácí), Terezie MANDÁKOVÁ (203 Česká republika, domácí), Petr BUREŠ (203 Česká republika, domácí), Pavel NEUMANN (203 Česká republika), Ilia J. LEITCH (826 Velká Británie a Severní Irsko), Andrea KOBLÍŽKOVÁ (203 Česká republika), Jiří MACAS (203 Česká republika) a Martin LYSÁK (203 Česká republika, domácí)
Vydání
Annals of Botany, Oxford, Oxford University Press, 2011, 0305-7364
Další údaje
Jazyk
angličtina
Typ výsledku
Článek v odborném periodiku
Obor
10600 1.6 Biological sciences
Stát vydavatele
Velká Británie a Severní Irsko
Utajení
není předmětem státního či obchodního tajemství
Odkazy
Impakt faktor
Impact factor: 4.030
Kód RIV
RIV/00216224:14740/11:00049704
Organizační jednotka
Středoevropský technologický institut
UT WoS
000286672500007
Klíčová slova česky
Liliaceae; repetitivní DNA; transposibilní elementy; retrotranspozony; heterochromatin; satellitní repetice; chromosomy; variabilita velikosti genomu
Klíčová slova anglicky
Liliaceae; repetitive DNA; transposable elements; retrotransposon; heterochromatin; satellite repeats; chromosomes; genome size variation
Změněno: 20. 4. 2012 13:38, Mgr. Eva Doležalová
V originále
Repeats corresponding to 6.7 and 4.7% of the F. affinis and F. imperialis genome, respectively, were identified. Chromoviruses and the Tat lineage of Ty3/gypsy group long terminal repeat retrotransposons were identified as the predominant components of the highly repeated fractions in the F. affinis and F. imperialis genomes, respectively. In addition, a heterogeneous, extremely AT-rich satellite repeat was isolated from F. affinis. The FriSAT1 repeat localized in heterochromatic bands makes up approx. 26% of the F. affinis genome and substantial genomic fractions in several other Liliorhiza species. However, no evidence of a relationship between heterochromatin content and genome size variation was observed. Also, this study was unable to reveal any predominant repeats which tracked the increasing/decreasing trends of genome size evolution in Fritillaria. Instead, the giant Fritillaria genomes seem to be composed of many diversified families of transposable elements.
Česky
Byl identifikován podíl repetic pokrývající 6,7 resp. 4,7% v rámci obřích genomů Fritillaria affinis resp. F. imperialis. Převládající frakcí LTR retrotranspozonů byly přitom Chromoviry a Tat podrodina v rámci Ty3/gypsy. Kromě toho, heterogenní, mimořádně AT bohaté repetice byly izolovány z genomů F. affinis a několika jiných druhů Liliorhiza. Nicméně žádný vztah mezi obsahem heterochromatinu a velikostí genomu variace byla prokázán. Oproti předpokladu, že za obří genomy v rámci genomů druhů rodu Fritillaria je zodpovědný jeden typ transpozonů se zdá být pravděpodobnější, že za tento nárůst je zodpovědné velké množství různých rodin. Předpokládáme proto, že za genomovou obezitu je zodpovědné selhání mechanizmů odstraňování transpozonů, které jinak balancuje jejich amplifikaci.
Návaznosti
| GA521/07/0284, projekt VaV |
| ||
| LC06073, projekt VaV |
| ||
| MSM0021622415, záměr |
| ||
| MSM0021622416, záměr |
|