u 2011

Fast Anisotropic Filtering and Performance Evaluation Tool for Optical Flow in Biomedical Image Analysis

ULMAN, Vladimír

Základní údaje

Originální název

Fast Anisotropic Filtering and Performance Evaluation Tool for Optical Flow in Biomedical Image Analysis

Název česky

Rychlé anisotropní filtrování a nástroj na měření výkonnosti pro optický tok v~analýze biomedicínského obrazu

Autoři

ULMAN, Vladimír (203 Česká republika, garant, domácí)

Vydání

Brno, 210 s. 2011

Nakladatel

Masarykova Univerzita

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Účelové publikace

Obor

10201 Computer sciences, information science, bioinformatics

Stát vydavatele

Česká republika

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Kód RIV

RIV/00216224:14330/11:00052079

Organizační jednotka

Fakulta informatiky

Klíčová slova česky

anisotropní filtrování v obrazové doméně optický tok správný optický tok zpracování biomedicínského obrazu

Klíčová slova anglicky

anisotropic spatial filtering optical flow ground-truth optical flow biomedical image processing

Štítky

Změněno: 5. 12. 2011 11:07, RNDr. Vladimír Ulman, Ph.D.

Anotace

V originále

The thesis is focused on the analysis of time-lapse images acquired using a fluorescence light microscope. In particular, for the purpose of automated evaluation of motion of stained cell structures, e.g., proteins or cell nuclei, perceived over a time period, we aim towards an object tracking based on an optical flow field. An optical flow method estimates a flow field in which a vector is assigned to every pixel in an image. The vector represents the difference in position of the same pixel content between two images. To track the given position it is then enough to simply follow flow vectors provided good flow estimates are available. The thesis reviews the process from acquiring image data to methods for computing optical flow. The description starts with the limits of the imaging technology and characterization of the obtained image data. The survey part reviews and discusses methods that allow for conducting object tracking.

Česky

Tato práce se zaměřuje na analýzu časových obrazových sekvencí pořízených na fluorescenčním optickém mikroskopu. A~to konkrétně za účelem a utomatizovaného vyhodnocování pohybů obarvených buněčných struktur, například proteiny nebo buněčná jádra, se dále zaměřuje na sledování (trekování) objektů na základě polí optického toku. Metody optického toku vypočítávají právě taková pole. V~nich je ke každému obrazovému bodu přiřazen přesně jeden vektor. Tento vektor má ukazovat posun obsahu daného obrazového bodu mezi dvěma snímky. Chceme-li sledovat nějakou pozici, stačí ji potom pouze jednoduše posouvat podle obsahu vektorového pole. Ovšem za předpokladu, že máme k~dispozici dobře vypočítaná pole. Práce postupně probere celý proces od snímání obrazů až po metody počítající optický tok. Začne vysvětlením limitů snímací technologie a popisem charakteristických vlastností nasnímaných dat. Přehledová část práce popíše a bude diskutovat metody umožňující sledování objektů.

Návaznosti

LC535, projekt VaV
Název: Dynamika a organizace chromosomů během buněčného cyklu v normě a patologii
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Dynamika a organizace chromosomů během buněčného cyklu v normě a patologii
MSM0021622419, záměr
Název: Vysoce paralelní a distribuované výpočetní systémy
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Vysoce paralelní a distribuované výpočetní systémy
MUNI/A/0914/2009, interní kód MU
Název: Rozsáhlé výpočetní systémy: modely, aplikace a verifikace (Akronym: SV-FI MAV)
Investor: Masarykova univerzita, Rozsáhlé výpočetní systémy: modely, aplikace a verifikace, DO R. 2020_Kategorie A - Specifický výzkum - Studentské výzkumné projekty
2B06052, projekt VaV
Název: Vytipování markerů, screening a časná diagnostika nádorových onemocnění pomocí vysoce automatizovaného zpracování multidimenzionálních biomedicínských obrazů (Akronym: Biomarker)
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Vytipování markerů, screening a časná diagnostika nádorových onemocnění pomocí vysoce automatizovaného zpracování multidimenzionálních biomedicínských obrazů