Compression of Vector Field Changing in Time

D 2011

Compression of Vector Field Changing in Time

GOLEMBIOVSKÝ, Tomáš a Aleš KŘENEK

Základní údaje

Originální název

Compression of Vector Field Changing in Time

Název česky

Komprese v čase proměnného vektorového pole

Autoři

GOLEMBIOVSKÝ, Tomáš (203 Česká republika, domácí) a Aleš KŘENEK (203 Česká republika, garant, domácí)

Vydání

Dagstuhl, Sixth Doctoral Workshop on Mathematical and Engineering Methods in Computer Science, od s. 40-46, 7 s. 2011

Nakladatel

Schloss Dagstuhl--Leibniz-Zentrum fuer Informatik

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Stať ve sborníku

Obor

10201 Computer sciences, information science, bioinformatics

Stát vydavatele

Česká republika

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Forma vydání

elektronická verze "online"

Odkazy

URL

Kód RIV

RIV/00216224:14610/11:00052110

Organizační jednotka

Ústav výpočetní techniky

ISBN

978-3-939897-22-4

ISSN

Klíčová slova česky

haptika; molekulární docking; ztrátová komprese

Klíčová slova anglicky

haptics; molecular docking; lossy compression

Štítky

rivok

Příznaky

Mezinárodní význam, Recenzováno

Změněno: 9. 4. 2013 15:57, Mgr. Aleš Křenek, Ph.D.

Anotace

ORIG CZ

V originále

One of the problems connected with a real-time protein-ligand docking simulation is the need to store series of precomputed electrostatic force fields of a molecule changing in time. A single frame of the force field is a 3D array of floating point vectors and it constitutes approximately 180 MB of data. Therefore requirements on storage grow rapidly if several hundreds of such frames need to be stored. We propose a lossy compression method of such force field, based on audio and video coding, and we evaluate its properties and performance.

Česky

Jeden z problémů spojených se simulací molekulárního dockingu v reálném čase jsou požadavky na uložení předpočítaného v čase se měnícího silového pole. Jeden snímek je představován třírozměrným polem třírozměrných vektorů o celkové velikosti cca. 180 MB. Požadavky na uložení stovek takových snímků jsou tedy enormní. V článku navrhujeme ztrátovou kompresi takového silového pole, je založena na známých algoritmech komprese audia a videa. Dále vyhodnocujeme vlastnosti a výkon navržené metody.

Návaznosti

MSM0021622419, záměr

Název: Vysoce paralelní a distribuované výpočetní systémy

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Vysoce paralelní a distribuované výpočetní systémy

Citovat

GOLEMBIOVSKÝ, Tomáš a Aleš KŘENEK. Compression of Vector Field Changing in Time. Online. In Ludek Matyska, Michal Kozubek, Tomas Vojnar and Pavel Zemcik, David Antos. Sixth Doctoral Workshop on Mathematical and Engineering Methods in Computer Science. Dagstuhl: Schloss Dagstuhl--Leibniz-Zentrum fuer Informatik, 2011, s. 40-46. ISBN 978-3-939897-22-4.

@inproceedings{934118,
   author = {Golembiovský, Tomáš and Křenek, Aleš},
   address = {Dagstuhl},
   booktitle = {Sixth Doctoral Workshop on Mathematical and Engineering Methods in Computer Science},
   editor = {Ludek Matyska, Michal Kozubek, Tomas Vojnar and Pavel Zemcik, David Antos},
   keywords = {haptics; molecular docking; lossy compression},
   howpublished = {elektronická verze "online"},
   language = {eng},
   location = {Dagstuhl},
   isbn = {978-3-939897-22-4},
   pages = {40-46},
   publisher = {Schloss Dagstuhl--Leibniz-Zentrum fuer Informatik},
   title = {Compression of Vector Field Changing in Time},
   url = {http://drops.dagstuhl.de/portals/oasics/index.php?semnr=11002},
   year = {2011}
}

TY  - JOUR
ID  - 934118
AU  - Golembiovský, Tomáš - Křenek, Aleš
PY  - 2011
TI  - Compression of Vector Field Changing in Time
PB  - Schloss Dagstuhl--Leibniz-Zentrum fuer Informatik
CY  - Dagstuhl
SN  - 9783939897224
KW  - haptics
KW  - molecular docking
KW  - lossy compression
UR  - http://drops.dagstuhl.de/portals/oasics/index.php?semnr=11002
N2  - One of the problems connected with a real-time protein-ligand docking simulation is the need to store series of precomputed electrostatic force fields of a molecule changing in time. A single frame of the force field is a 3D array of floating point vectors and it constitutes approximately 180 MB of data. Therefore requirements on storage grow rapidly if several hundreds of such frames need to be stored. We propose a lossy compression method of such force field, based on audio and video coding, and we evaluate its properties and performance.
ER  -

GOLEMBIOVSKÝ, Tomáš a Aleš KŘENEK. Compression of Vector Field Changing in Time. Online. In Ludek Matyska, Michal Kozubek, Tomas Vojnar and Pavel Zemcik, David Antos. \textit{Sixth Doctoral Workshop on Mathematical and Engineering Methods in Computer Science}. Dagstuhl: Schloss Dagstuhl--Leibniz-Zentrum fuer Informatik, 2011, s.~40-46. ISBN~978-3-939897-22-4.

Podrobný výpis o publikaci