Complementation of 3D structure of delta subunit of RNA polymerase from Bacillus subtilis with description of internal motions in terms of reduced spectral density mapping

KADEŘÁVEK, Pavel, Carl DIEHL, Veronika PAPOUŠKOVÁ, Hana ŠANDEROVÁ, Petr PADRTA, Lukáš ŽÍDEK, Libor KRÁSNÝ, Vladimír SKLENÁŘ a Mikael AKKE. Complementation of 3D structure of delta subunit of RNA polymerase from Bacillus subtilis with description of internal motions in terms of reduced spectral density mapping. MATERIALS STRUCTURE. 2011, roč. 18, č. 1, s. 3-5. ISSN 1211-5894.

Základní údaje

Originální název

Complementation of 3D structure of delta subunit of RNA polymerase from Bacillus subtilis with description of internal motions in terms of reduced spectral density mapping

Autoři

KADEŘÁVEK, Pavel (203 Česká republika, garant, domácí), Carl DIEHL (752 Švédsko), Veronika PAPOUŠKOVÁ (203 Česká republika, domácí), Hana ŠANDEROVÁ (203 Česká republika), Petr PADRTA (203 Česká republika, domácí), Lukáš ŽÍDEK (203 Česká republika, domácí), Libor KRÁSNÝ (203 Česká republika), Vladimír SKLENÁŘ (203 Česká republika, domácí) a Mikael AKKE (752 Švédsko)

Vydání

MATERIALS STRUCTURE, 2011, 1211-5894

---

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Článek v odborném periodiku

Obor

10600 1.6 Biological sciences

Stát vydavatele

Česká republika

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Odkazy

URL

Kód RIV

RIV/00216224:14740/11:00057189

Organizační jednotka

Středoevropský technologický institut

Klíčová slova anglicky

NMR; delta subunit; RNA polymerase; spectral density function

Štítky

ok, rivok

Příznaky

Recenzováno

---

Anotace

V originále

RNA polymerases of Gram positive and Gram negative bacteria differ. The subunit composition in Gram positive bacteria includes two additional subunits. One of them is denoted delta-subunit. The structure of delta-subunit from Bacillus subtilis has been solved recently using methods of solution NMR [1] (PDB ID = 2KRC). Here, we extend the information about the structure by the basic characterization of its dynamics studied at two temperatures. The standard relaxation experiments (R1, R2, ssNOE) were performed and data were analyzed using reduced spectral density mapping as the most straightforward approach. The analysis reveals flexible residues in the central part of the sequence. It confirms expected independent stochastic movements in the C-terminal part of the molecule. Results also yield an evidence of a slow conformational exchange of several residues in the well-structured region of the protein.

---

Návaznosti

FRVS/1851/2010, interní kód MU	Název: Využití nukleární magnetické rezonance pro studium vnitřních pohybů biomolekul (Akronym: frvs) Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Využití nukleární magnetické rezonance pro studium vnitřních pohybů biomolekul, G - Tvůrčí činnost studentů
GA204/09/0583, projekt VaV	Název: Delta podjednotka RNA polymerázy z Gram pozitivních bakterií (Akronym: DELTA) Investor: Grantová agentura ČR, Delta podjednotka RNA polymerázy z Gram pozitivních bakterií
GD301/09/H004, projekt VaV	Název: Molekulární a strukturní biologie vybraných cytostatik. Od mechanistických studií k chemoterapii rakoviny Investor: Grantová agentura ČR, Molekulární a strukturní biologie vybraných cytostatik. Od mechanických studií k chemoterapii rakoviny
LC06030, projekt VaV	Název: Biomolekulární centrum Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Biomolekulární centrum
MSM0021622413, záměr	Název: Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím