D 2011

Computation of Dynamic Channels in Proteins

BENEŠ, Petr, Petr MEDEK, Ondřej STRNAD a Jiří SOCHOR

Základní údaje

Originální název

Computation of Dynamic Channels in Proteins

Autoři

BENEŠ, Petr (203 Česká republika, garant, domácí), Petr MEDEK (203 Česká republika, domácí), Ondřej STRNAD (203 Česká republika, domácí) a Jiří SOCHOR (203 Česká republika, domácí)

Vydání

Venice/Mestre, Italy, Proceedings of Biotechno, od s. 78-83, 6 s. 2011

Nakladatel

Neuveden

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Stať ve sborníku

Obor

10201 Computer sciences, information science, bioinformatics

Stát vydavatele

Itálie

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Kód RIV

RIV/00216224:14330/11:00049804

Organizační jednotka

Fakulta informatiky

ISBN

978-1-61208-137-3

Klíčová slova anglicky

protein; dynamic channel; molecule; trajectory; computational geometry

Příznaky

Recenzováno
Změněno: 4. 6. 2012 22:39, RNDr. Ondřej Strnad, Ph.D.

Anotace

ORIG CZ

V originále

In this paper, we propose a new method which considers the movement of a protein molecule as a whole for the computation of so called dynamic channels in a molecular dynamics trajectory. The method is based on maximizing the information about the empty space over time and is built on basic computational geometry principles. The dynamic channels highlight pulsing and flexible parts of the molecule. It is believed that such parts allow a ligand to pass into or out from the active site. The method was tested on real protein data and the results indicate that it presents new information about the molecule.

Česky

Prezentujeme novou metodu pro detekci tzv. dynamických tunelů v trajektorii molekulární dynamiky. Metoda využívá základních principů výpočetní geometrie a je založena na maximalizaci volného prostoru uvnitř molekuly. Dynamické tunely zvýrazňují pulsující a flexibilní části molekuly a umožňují ligandu vstoupit do aktivního místa molekuly. Metoda byla testována na skutečných datech a výsledky přináší dosud nepoznané informace o molekule.

Návaznosti

GAP202/10/1435, projekt VaV
Název: Analýza a vizualizace proteinových struktur
Investor: Grantová agentura ČR, Analýza a vizualizace proteinových struktur
GA201/09/0097, projekt VaV
Název: Triangularizované modely pro haptiku a virtuální realitu
Investor: Grantová agentura ČR, Triangularizované modely pro haptiku a virtuální realitu
LC06008, projekt VaV
Název: Centrum počítačové grafiky (Akronym: CPG)
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, CPG - Centrum počítačové grafiky