Reachability in Biochemical Dynamical Systems by Quantitative
Discrete Approximation

J 2011

Reachability in Biochemical Dynamical Systems by Quantitative Discrete Approximation

BRIM, Luboš, Jana FABRIKOVÁ, Sven DRAŽAN a David ŠAFRÁNEK

Základní údaje

Originální název

Reachability in Biochemical Dynamical Systems by Quantitative Discrete Approximation

Autoři

BRIM, Luboš (203 Česká republika, domácí), Jana FABRIKOVÁ (203 Česká republika, domácí), Sven DRAŽAN (203 Česká republika, domácí) a David ŠAFRÁNEK (203 Česká republika, garant, domácí)

Vydání

Electronic Proceedings in Theoretical Computer Science, 2011, 2075-2180

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Článek v odborném periodiku

Obor

10201 Computer sciences, information science, bioinformatics

Stát vydavatele

Česká republika

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Odkazy

URL

Kód RIV

RIV/00216224:14330/11:00049903

Organizační jednotka

Fakulta informatiky

DOI

http://dx.doi.org/10.4204/EPTCS.67.9

UT WoS

000219670900010

Klíčová slova anglicky

abstraction; differential equations; reachability; systems biology

Příznaky

Mezinárodní význam, Recenzováno

Změněno: 11. 4. 2012 10:22, doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D.

Anotace

V originále

In this paper a novel computational technique for finite discrete approximation of continuous dynamical systems suitable for a significant class of biochemical dynamical systems is introduced. The method is parameterized in order to affect the imposed level of approximation provided that with increasing parameter value the approximation converges to the original continuous system. By employing this approximation technique, we present algorithms solving the reachability problem for biochemical dynamical systems. The presented method and algorithms are evaluated on several exemplary biological models and on a real case study.

Návaznosti

GA201/09/1389, projekt VaV

Název: Verifikace a analýza velmi velkých počítačových systémů

Investor: Grantová agentura ČR, Verifikace a analýza velmi velkých počítačových systémů

MSM0021622419, záměr

Název: Vysoce paralelní a distribuované výpočetní systémy

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Vysoce paralelní a distribuované výpočetní systémy

MUNI/A/0914/2009, interní kód MU

Název: Rozsáhlé výpočetní systémy: modely, aplikace a verifikace (Akronym: SV-FI MAV)

Investor: Masarykova univerzita, Rozsáhlé výpočetní systémy: modely, aplikace a verifikace, DO R. 2020_Kategorie A - Specifický výzkum - Studentské výzkumné projekty

Citovat

BRIM, Luboš, Jana FABRIKOVÁ, Sven DRAŽAN a David ŠAFRÁNEK. Reachability in Biochemical Dynamical Systems by Quantitative Discrete Approximation. Electronic Proceedings in Theoretical Computer Science. 2011, Neuveden, č. 67, s. 97-112, 15 s. ISSN 2075-2180. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.4204/EPTCS.67.9.

@article{947015,
   author = {Brim, Luboš and Fabriková, Jana and Dražan, Sven and Šafránek, David},
   article_number = {67},
   doi = {http://dx.doi.org/10.4204/EPTCS.67.9},
   keywords = {abstraction; differential equations; reachability; systems biology},
   language = {eng},
   issn = {2075-2180},
   journal = {Electronic Proceedings in Theoretical Computer Science},
   title = {Reachability in Biochemical Dynamical Systems by Quantitative Discrete Approximation},
   url = {http://eptcs.org/content.cgi?CompMod2011},
   volume = {Neuveden},
   year = {2011}
}

TY  - JOUR
ID  - 947015
AU  - Brim, Luboš - Fabriková, Jana - Dražan, Sven - Šafránek, David
PY  - 2011
TI  - Reachability in Biochemical Dynamical Systems by Quantitative Discrete Approximation
JF  - Electronic Proceedings in Theoretical Computer Science
VL  - Neuveden
IS  - 67
SP  - 97-112
EP  - 97-112
SN  - 20752180
KW  - abstraction
KW  - differential equations
KW  - reachability
KW  - systems biology
UR  - http://eptcs.org/content.cgi?CompMod2011
N2  - In this paper a novel computational technique for finite discrete approximation of continuous dynamical systems suitable for a significant class of biochemical dynamical systems is introduced. The method is parameterized in order to affect the imposed level of approximation provided that with increasing parameter value the approximation converges to the original continuous system. By employing this approximation technique, we present algorithms solving the reachability problem for biochemical dynamical systems. The presented method and algorithms are evaluated on several exemplary biological models and on a real case study.
ER  -

BRIM, Luboš, Jana FABRIKOVÁ, Sven DRAŽAN a David ŠAFRÁNEK. Reachability in Biochemical Dynamical Systems by Quantitative Discrete Approximation. \textit{Electronic Proceedings in Theoretical Computer Science}. 2011, Neuveden, č.~67, s.~97-112, 15 s. ISSN~2075-2180. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.4204/EPTCS.67.9.

Podrobný výpis o publikaci