On Parameter Synthesis by Parallel Model Checking

J 2012

On Parameter Synthesis by Parallel Model Checking

BARNAT, Jiří, Luboš BRIM, Adam KREJČÍ, Adam STRECK, David ŠAFRÁNEK et. al.

Základní údaje

Originální název

On Parameter Synthesis by Parallel Model Checking

Autoři

BARNAT, Jiří (203 Česká republika, domácí), Luboš BRIM (203 Česká republika, domácí), Adam KREJČÍ (203 Česká republika, domácí), Adam STRECK (203 Česká republika, domácí), David ŠAFRÁNEK (203 Česká republika, garant, domácí), Martin VEJNÁR (203 Česká republika, domácí) a Tomáš VEJPUSTEK (203 Česká republika, domácí)

Vydání

IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, Los Alamitos, IEEE Computer Society, 2012, 1545-5963

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Článek v odborném periodiku

Obor

10201 Computer sciences, information science, bioinformatics

Stát vydavatele

Česká republika

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Odkazy

URL

Impakt faktor

Impact factor: 1.616

Kód RIV

RIV/00216224:14330/12:00057196

Organizační jednotka

Fakulta informatiky

DOI

http://dx.doi.org/10.1109/TCBB.2011.110

UT WoS

000301293900006

Klíčová slova anglicky

biological networks; parallel model checking; dynamical systems; parameter synthesis; systems biology

Příznaky

Mezinárodní význam, Recenzováno

Změněno: 11. 4. 2013 17:34, doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D.

Anotace

V originále

An important problem in current computational systems biology is to analyse models of biological systems dynamics under parameter uncertainty. This paper presents a novel algorithm for parameter synthesis based on parallel model checking. The algorithm is conceptually universal with respect to the modelling approach employed. We introduce the algorithm, show its scalability, and examine its applicability on several biological models.

Návaznosti

GA201/09/1389, projekt VaV

Název: Verifikace a analýza velmi velkých počítačových systémů

Investor: Grantová agentura ČR, Verifikace a analýza velmi velkých počítačových systémů

MSM0021622419, záměr

Název: Vysoce paralelní a distribuované výpočetní systémy

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Vysoce paralelní a distribuované výpočetní systémy

MUNI/A/0914/2009, interní kód MU

Název: Rozsáhlé výpočetní systémy: modely, aplikace a verifikace (Akronym: SV-FI MAV)

Investor: Masarykova univerzita, Rozsáhlé výpočetní systémy: modely, aplikace a verifikace, DO R. 2020_Kategorie A - Specifický výzkum - Studentské výzkumné projekty

Citovat

BARNAT, Jiří, Luboš BRIM, Adam KREJČÍ, Adam STRECK, David ŠAFRÁNEK, Martin VEJNÁR a Tomáš VEJPUSTEK. On Parameter Synthesis by Parallel Model Checking. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. Los Alamitos: IEEE Computer Society, 2012, roč. 9, č. 3, s. 693-705. ISSN 1545-5963. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/TCBB.2011.110.

@article{947077,
   author = {Barnat, Jiří and Brim, Luboš and Krejčí, Adam and Streck, Adam and Šafránek, David and Vejnár, Martin and Vejpustek, Tomáš},
   article_location = {Los Alamitos},
   article_number = {3},
   doi = {http://dx.doi.org/10.1109/TCBB.2011.110},
   keywords = {biological networks; parallel model checking; dynamical systems; parameter synthesis; systems biology},
   language = {eng},
   issn = {1545-5963},
   journal = {IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics},
   title = {On Parameter Synthesis by Parallel Model Checking},
   url = {http://ieeexplore.ieee.org/xpl/articleDetails.jsp?arnumber=5963639},
   volume = {9},
   year = {2012}
}

TY  - JOUR
ID  - 947077
AU  - Barnat, Jiří - Brim, Luboš - Krejčí, Adam - Streck, Adam - Šafránek, David - Vejnár, Martin - Vejpustek, Tomáš
PY  - 2012
TI  - On Parameter Synthesis by Parallel Model Checking
JF  - IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics
VL  - 9
IS  - 3
SP  - 693-705
EP  - 693-705
PB  - IEEE Computer Society
SN  - 15455963
KW  - biological networks
KW  - parallel model checking
KW  - dynamical systems
KW  - parameter synthesis
KW  - systems biology
UR  - http://ieeexplore.ieee.org/xpl/articleDetails.jsp?arnumber=5963639
L2  - http://ieeexplore.ieee.org/xpl/articleDetails.jsp?arnumber=5963639
N2  - An important problem in current computational systems biology is to analyse models of biological systems dynamics under parameter uncertainty. This paper presents a novel algorithm for parameter synthesis based on parallel model checking. The algorithm is conceptually universal with respect to the modelling approach employed. We introduce the algorithm, show its scalability, and examine its applicability on several biological models.
ER  -

BARNAT, Jiří, Luboš BRIM, Adam KREJČÍ, Adam STRECK, David ŠAFRÁNEK, Martin VEJNÁR a Tomáš VEJPUSTEK. On Parameter Synthesis by Parallel Model Checking. \textit{IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics}. Los Alamitos: IEEE Computer Society, 2012, roč.~9, č.~3, s.~693-705. ISSN~1545-5963. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/TCBB.2011.110.

Podrobný výpis o publikaci