a 2011

STUDY OF THE CARBOHYDRATE CH/pi INTERACTIONS FAVOURABLE REGIONS IN THE CARBOHYDRATE SURROUNDINGS

KOZMON, Stanislav, Radek MATUŠKA, Vojtěch SPIWOK a Jaroslav KOČA

Základní údaje

Originální název

STUDY OF THE CARBOHYDRATE CH/pi INTERACTIONS FAVOURABLE REGIONS IN THE CARBOHYDRATE SURROUNDINGS

Autoři

KOZMON, Stanislav (703 Slovensko, garant, domácí), Radek MATUŠKA (203 Česká republika, domácí), Vojtěch SPIWOK (203 Česká republika) a Jaroslav KOČA (203 Česká republika, domácí)

Vydání

Conformational Analysis of Carbohydrates & Protein/Carbohydrate Interactions (CAC-PCI), Naples, 2011

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Konferenční abstrakt

Obor

10403 Physical chemistry

Stát vydavatele

Itálie

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Kód RIV

RIV/00216224:14740/11:00049970

Organizační jednotka

Středoevropský technologický institut

Klíčová slova anglicky

CARBOHYDRATE; CH/pi INTERACTION; DFT-D

Štítky

Změněno: 4. 4. 2012 11:32, Mgr. Nikola Kostlánová, Ph.D.

Anotace

V originále

Molecular recognition of carbohydrates by proteins plays a key role in many biological processes including immune response, pathogen entry into a cell, cell-cell adhesion and so forth1-5. Recent studies show that key role in protein - saccharide recognition may play dispersive interactions, such as CH/pi interactions of aromatic amino acids with non polar faces of carbohydrates. In this study we present the first systematic computational three-dimensional scan of carbohydrate hydrophobic patches for the ability to interact via CH/pi dispersion interactions. The carbohydrates b-D-glucopyranose, b-D-mannopyranose and a-L-fucopyranose were studied in a complex with a benzene molecule, which served as a model of the CH/pi interaction in carbohydrate/protein complexes. The 3D relaxed scans were performed at the SCC-DFTB-D level with 3 757 grid points for both carbohydrate hydrophobic sides. The interaction energy of all grid points was recalculated at the DFT-D BP/def2-TZVPP level.

Návaznosti

GD301/09/H004, projekt VaV
Název: Molekulární a strukturní biologie vybraných cytostatik. Od mechanistických studií k chemoterapii rakoviny
Investor: Grantová agentura ČR, Molekulární a strukturní biologie vybraných cytostatik. Od mechanických studií k chemoterapii rakoviny
LC06030, projekt VaV
Název: Biomolekulární centrum
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Biomolekulární centrum
MSM0021622413, záměr
Název: Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím
205872, interní kód MU
Název: Program developing interdisciplinary research POtential for the STudies of BIOMolecular INteractions (Akronym: POSTBIOMIN)
Investor: Evropská unie, Program developing interdisciplinary research POtential for the STudies of BIOMolecular INteractions, Kapacity