Visualization Techniques for Static and Dynamic Protein Molecules and Their Channels
KOZLÍKOVÁ, Barbora. Visualization Techniques for Static and Dynamic Protein Molecules and Their Channels. 2011. |
Další formáty:
BibTeX
LaTeX
RIS
|
Základní údaje | |
---|---|
Originální název | Visualization Techniques for Static and Dynamic Protein Molecules and Their Channels |
Název česky | Vizualizační techniky pro statické a dynamické molekuly proteinů a jejich tunelů |
Název anglicky | Visualization Techniques for Static and Dynamic Protein Molecules and Their Channels |
Autoři | KOZLÍKOVÁ, Barbora. |
Vydání | 2011. |
Další údaje | |
---|---|
Typ výsledku | Přehledové a vzdělávací texty |
Utajení | není předmětem státního či obchodního tajemství |
Organizační jednotka | Fakulta informatiky |
Klíčová slova česky | Protein; vizualizace; tunel; povrch, dutina, sekundární struktury; dynamika; CAVER Viewer |
Klíčová slova anglicky | Protein; visualization; channel; surface; cavity; secondary structures; dynamics; CAVER Viewer |
Příznaky | Mezinárodní význam |
Změnil | Změnila: doc. RNDr. Barbora Kozlíková, Ph.D., učo 60850. Změněno: 22. 11. 2011 13:32. |
Anotace |
---|
Analysis of protein structures according to various demands of biochemists has been in the scope of researchers for decades. During this period plenty of applications for molecular analysis and visualization appeared but just some of them remained favorite and usable. Our research in this area is dedicated to the protein analysis leading to detection of so called channels inside the molecule. This area gave us ample scope for new ideas in the phase of channel computation as well as their visualization. In this thesis we familiarize the reader with the overall overview of visualization techniques used for displaying of molecules as well as the methods for visualization of various important structures inside molecules, including the channels. Afterwards our novel visualization techniques will be proposed and described. All the methods which are mentioned were implemented into the CAVER Viewer application. |
Anotace česky |
---|
Analýza proteinových struktur na základě různých kritérií definovaných biochemiky je v centru zájmu vědců již po celá desetiletí. Během této doby vznikla řada programů věnovaných analýze molekul a jejich vizualizaci, pouze několik z nich se však ukázalo být udržitelnými a použitelnými i v budoucnu. Náš výzkum v této oblasti je zaměřen na analýzu proteinů vedoucí k detekci takzvaných tunelů uvnitř molekul. Tato oblast nám poskytla dostatek prostoru pro vývoj nových metod ve fázi počítání tunelů i při jejich vizualizaci. Tato práce seznamuje čtenáře s obecným přehledem technik používaných pro zobrazování molekul a zároveň se věnuje metodám určeným pro vizualizaci řady význačných struktur uvnitř proteinů, jako jsou například výše zmíněné tunely. Dále práce prezentuje nově navržené a implementované metody, které byly zaintegrovány do aplikace CAVER Viewer. |
Anotace anglicky |
---|
Analysis of protein structures according to various demands of biochemists has been in the scope of researchers for decades. During this period plenty of applications for molecular analysis and visualization appeared but just some of them remained favorite and usable. Our research in this area is dedicated to the protein analysis leading to detection of so called channels inside the molecule. This area gave us ample scope for new ideas in the phase of channel computation as well as their visualization. In this thesis we familiarize the reader with the overall overview of visualization techniques used for displaying of molecules as well as the methods for visualization of various important structures inside molecules, including the channels. Afterwards our novel visualization techniques will be proposed and described. All the methods which are mentioned were implemented into the CAVER Viewer application. |
Návaznosti | |
---|---|
GAP202/10/1435, projekt VaV | Název: Analýza a vizualizace proteinových struktur |
Investor: Grantová agentura ČR, Analýza a vizualizace proteinových struktur | |
LC06010, projekt VaV | Název: Centrum biokatalýzy a biotransformací |
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Centrum biokatalýzy a biotransformací |
VytisknoutZobrazeno: 12. 10. 2024 01:16