MOLEonline 2.0: Interactive Web-based Analysis of
Biomacromolecular Channels

J 2012

MOLEonline 2.0: Interactive Web-based Analysis of Biomacromolecular Channels

BERKA, Karel, Ondřej HANÁK, David SEHNAL, Pavel BANÁŠ, Veronika NAVRÁTILOVÁ et. al.

Základní údaje

Originální název

MOLEonline 2.0: Interactive Web-based Analysis of Biomacromolecular Channels

Autoři

BERKA, Karel (203 Česká republika, garant), Ondřej HANÁK (203 Česká republika), David SEHNAL (203 Česká republika, domácí), Pavel BANÁŠ (203 Česká republika), Veronika NAVRÁTILOVÁ (203 Česká republika), Deepti JAISWAL (356 Indie, domácí), Crina-Maria IONESCU (642 Rumunsko, domácí), Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ (203 Česká republika, domácí), Jaroslav KOČA (203 Česká republika, domácí) a Michal OTYEPKA (203 Česká republika)

Vydání

Nucleic Acids Research, Oxford, UK, Oxford Press, 2012, 0305-1048

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Článek v odborném periodiku

Obor

10403 Physical chemistry

Stát vydavatele

Velká Británie a Severní Irsko

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Odkazy

URL

Impakt faktor

Impact factor: 8.278

Kód RIV

RIV/00216224:14740/12:00057571

Organizační jednotka

Středoevropský technologický institut

DOI

http://dx.doi.org/10.1093/nar/gks363

UT WoS

000306670900036

Klíčová slova anglicky

CYTOCHROMES P450; PROTEIN STRUCTURES; NUCLEIC-ACIDS; SUBSTRATE PREFERENCES; POTASSIUM CHANNEL; PHOTOSYSTEM-II; ACTIVE-SITES; IDENTIFICATION; TUNNELS; MACROMOLECULES

Štítky

best2, ok, rivok

Příznaky

Mezinárodní význam, Recenzováno

Změněno: 6. 4. 2013 21:14, Olga Křížová

Anotace

V originále

Biomolecular channels play important roles in many biological systems, e.g. enzymes, ribosomes and ion channels. This article introduces a web-based interactive MOLEonline 2.0 application for the analysis of access/egress paths to interior molecular voids. MOLEonline 2.0 enables platform-independent, easy-to-use and interactive analyses of (bio)macromolecular channels, tunnels and pores. Results are presented in a clear manner, making their interpretation easy. For each channel, MOLEonline displays a 3D graphical representation of the channel, its profile accompanied by a list of lining residues and also its basic physicochemical properties. The users can tune advanced parameters when performing a channel search to direct the search according to their needs. The MOLEonline 2.0 application is freely available via the Internet at http://ncbr.muni.cz/mole or http://mole.upol.cz.

Návaznosti

ED1.1.00/02.0068, projekt VaV

Název: CEITEC - central european institute of technology

GD301/09/H004, projekt VaV

Název: Molekulární a strukturní biologie vybraných cytostatik. Od mechanistických studií k chemoterapii rakoviny

Investor: Grantová agentura ČR, Molekulární a strukturní biologie vybraných cytostatik. Od mechanických studií k chemoterapii rakoviny

ME08008, projekt VaV

Název: Návrh antibakteriálních a antivirových léků na bázi cukrů a glykomimetik

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Návrh antibakteriálních a antivirových léků na bázi cukrů a glykomimetik, Program výzkumu a vývoje KONTAKT (ME)

MUNI/A/0914/2009, interní kód MU

Název: Rozsáhlé výpočetní systémy: modely, aplikace a verifikace (Akronym: SV-FI MAV)

Investor: Masarykova univerzita, Rozsáhlé výpočetní systémy: modely, aplikace a verifikace, DO R. 2020_Kategorie A - Specifický výzkum - Studentské výzkumné projekty

286154, interní kód MU

Název: SYLICA - Synergies of Life and Material Sciences to Create a New Future (Akronym: SYLICA)

Investor: Evropská unie, SYLICA - Synergies of Life and Material Sciences to Create a New Future, Kapacity

Citovat

BERKA, Karel, Ondřej HANÁK, David SEHNAL, Pavel BANÁŠ, Veronika NAVRÁTILOVÁ, Deepti JAISWAL, Crina-Maria IONESCU, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Jaroslav KOČA a Michal OTYEPKA. MOLEonline 2.0: Interactive Web-based Analysis of Biomacromolecular Channels. Nucleic Acids Research. Oxford, UK: Oxford Press, 2012, roč. 40, W1, s. "W222"–"W227", 6 s. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/nar/gks363.

@article{991130,
   author = {Berka, Karel and Hanák, Ondřej and Sehnal, David and Banáš, Pavel and Navrátilová, Veronika and Jaiswal, Deepti and Ionescu, CrinaandMaria and Svobodová Vařeková, Radka and Koča, Jaroslav and Otyepka, Michal},
   article_location = {Oxford, UK},
   article_number = {W1},
   doi = {http://dx.doi.org/10.1093/nar/gks363},
   keywords = {CYTOCHROMES P450; PROTEIN STRUCTURES; NUCLEIC-ACIDS; SUBSTRATE PREFERENCES; POTASSIUM CHANNEL; PHOTOSYSTEM-II; ACTIVE-SITES; IDENTIFICATION; TUNNELS; MACROMOLECULES},
   language = {eng},
   issn = {0305-1048},
   journal = {Nucleic Acids Research},
   title = {MOLEonline 2.0: Interactive Web-based Analysis of Biomacromolecular Channels},
   url = {http://nar.oxfordjournals.org/content/40/W1/W222.full},
   volume = {40},
   year = {2012}
}

TY  - JOUR
ID  - 991130
AU  - Berka, Karel - Hanák, Ondřej - Sehnal, David - Banáš, Pavel - Navrátilová, Veronika - Jaiswal, Deepti - Ionescu, Crina-Maria - Svobodová Vařeková, Radka - Koča, Jaroslav - Otyepka, Michal
PY  - 2012
TI  - MOLEonline 2.0: Interactive Web-based Analysis of Biomacromolecular Channels
JF  - Nucleic Acids Research
VL  - 40
IS  - W1
SP  - "W222"–"W227"
EP  - "W222"–"W227"
PB  - Oxford Press
SN  - 03051048
KW  - CYTOCHROMES P450
KW  - PROTEIN STRUCTURES
KW  - NUCLEIC-ACIDS
KW  - SUBSTRATE PREFERENCES
KW  - POTASSIUM CHANNEL
KW  - PHOTOSYSTEM-II
KW  - ACTIVE-SITES
KW  - IDENTIFICATION
KW  - TUNNELS
KW  - MACROMOLECULES
UR  - http://nar.oxfordjournals.org/content/40/W1/W222.full
L2  - http://nar.oxfordjournals.org/content/40/W1/W222.full
N2  - Biomolecular channels play important roles in many biological systems, e.g. enzymes, ribosomes and ion channels. This article introduces a web-based interactive MOLEonline 2.0 application for the analysis of access/egress paths to interior molecular voids. MOLEonline 2.0 enables platform-independent, easy-to-use and interactive analyses of (bio)macromolecular channels, tunnels and pores. Results are presented in a clear manner, making their interpretation easy. For each channel, MOLEonline displays a 3D graphical representation of the channel, its profile accompanied by a list of lining residues and also its basic physicochemical properties. The users can tune advanced parameters when performing a channel search to direct the search according to their needs. The MOLEonline 2.0 application is freely available via the Internet at http://ncbr.muni.cz/mole or http://mole.upol.cz.
ER  -

BERKA, Karel, Ondřej HANÁK, David SEHNAL, Pavel BANÁŠ, Veronika NAVRÁTILOVÁ, Deepti JAISWAL, Crina-Maria IONESCU, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Jaroslav KOČA a Michal OTYEPKA. MOLEonline 2.0: Interactive Web-based Analysis of Biomacromolecular Channels. \textit{Nucleic Acids Research}. Oxford, UK: Oxford Press, 2012, roč.~40, W1, s.~''W222''–''W227'', 6 s. ISSN~0305-1048. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/nar/gks363.

Podrobný výpis o publikaci