Masarykova univerzita

Výpis publikací

česky | in English

Filtrování publikací

    2024

    1. Streamlining NMR Chemical Shift Predictions for Intrinsically Disordered Proteins: Design of Ensembles with Dimensionality Reduction and Clustering
      BAKKER, Michael J, Amina GAFFOUR, Martin JUHÁS, Vojtěch ZAPLETAL, Jakub STOŠEK, Lars A BRATHOLM a Jana PAVLÍKOVÁ PŘECECHTĚLOVÁ. Streamlining NMR Chemical Shift Predictions for Intrinsically Disordered Proteins: Design of Ensembles with Dimensionality Reduction and Clustering. Journal of Chemical Information and Modeling. 1549-960X: American Chemical Society, 2024, roč. 64, č. 16, s. 6542-6556. ISSN 1549-9596. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1021/acs.jcim.4c00809.
      angličtina. Spojené státy.
      Změnil: Mgr. Jakub Stošek, Ph.D., učo 379382. Změněno: 29. 8. 2024 23:13.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2426757/cs

    2023

    1. Detailed insight into dynamics of C-terminal domain of δ subunit of RNA polymerase from Bacillus subtilis using high-resolution relaxometry
      KADEŘÁVEK, Pavel, Vojtěch ZAPLETAL, Nicola SALVI, Zuzana JASEŇÁKOVÁ, Milan ZACHRDLA, Petr PADRTA, Subhash NARASIMHAN, Thorsten MARQUARDSEN, Jean-Max TYBURN, Lukáš ŽÍDEK, Martin BLACKLEDGE a Fabien FERRAGE. Detailed insight into dynamics of C-terminal domain of δ subunit of RNA polymerase from Bacillus subtilis using high-resolution relaxometry. In IDP Community F2F/hybrid meeting. 2023.
      URL
      angličtina. Slovensko.
      Klíčová slova anglicky: NMR; protein dynamics
      Druh účasti: vyžádaná přednáška
      Mezinárodní význam: ano
      Změnila: Mgr. Eva Dubská, učo 77638. Změněno: 23. 3. 2024 16:28.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2386899/cs
    2. Detailed insight into dynamics of intrinsically disordered proteins using high-resolution relaxometry
      ZAPLETAL, Vojtěch, Nicola SALVI, Andrea FLAMM, Zuzana JASEŇÁKOVÁ, Dennis KURZBACH, Mateos BORJA, Milan ZACHRDLA, Petr PADRTA, Subhash NARASIMHAN, Thorsten MARQUARDSEN, Jean-Max TYBURN, Jozef HRITZ, Robert KONRAT, Lukáš ŽÍDEK, Martin BLACKLEDGE, Fabien FERRAGE a Pavel KADEŘÁVEK. Detailed insight into dynamics of intrinsically disordered proteins using high-resolution relaxometry. 2023.
      URL
      angličtina. Slovensko.
      Klíčová slova anglicky: NMR; protein dynamics
      Druh účasti: aktivní účast
      Mezinárodní význam: ano
      Změnila: Mgr. Eva Dubská, učo 77638. Změněno: 23. 3. 2024 16:33.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2386900/cs
    3. Study of the Dynamics of Flexible Subunits of RNA Polymerase from Bacillus subtilis
      TUŽINČIN, Dávid, Nicola SALVI, Vojtěch ZAPLETAL, Zuzana JASEŇÁKOVÁ, Milan ZACHRDLA, Petr PADRTA, Subhash NARASIMHAN, Thorsten MARQUARDSEN, Jean-Max TYBURN, Hana ŠANDEROVÁ, Alžběta RABATINOVÁ, Kateřina BENDOVÁ, Libor KRÁSNÝ, Lukáš ŽÍDEK, Martin BLACKLEDGE, Fabien FERRAGE a Pavel KADEŘÁVEK. Study of the Dynamics of Flexible Subunits of RNA Polymerase from Bacillus subtilis. 2023.
      URL
      angličtina. Slovensko.
      Klíčová slova anglicky: NMR; protein dynamics
      Druh účasti: vyžádaná přednáška
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Eva Dubská, učo 77638. Změněno: 25. 3. 2024 08:55.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2386901/cs

    2022

    1. Convergent views on disordered protein dynamics from NMR and computational approaches
      SALVI, Nicola, Vojtěch ZAPLETAL, Zuzana JASEŇÁKOVÁ, Milan ZACHRDLA, Petr PADRTA, Subhash NARASIMHAN, Thorsten MARQUARDSEN, Jean-Max TYBURN, Lukáš ŽÍDEK, Martin BLACKLEDGE, Fabien FERRAGE a Pavel KADEŘÁVEK. Convergent views on disordered protein dynamics from NMR and computational approaches. BIOPHYSICAL JOURNAL. UNITED STATES: CELL PRESS, 2022, roč. 121, č. 20, s. 3785-3794. ISSN 0006-3495. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.bpj.2022.09.016.
      URL
      RIV/00216224:14740/22:00126947 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Zapletal, Vojtěch (203 Česká republika, domácí) -- Jaseňáková, Zuzana (703 Slovensko, domácí) -- Padrta, Petr (203 Česká republika, domácí) -- Narasimhan, Subhash (356 Indie, domácí) -- Žídek, Lukáš (203 Česká republika, domácí) -- Kadeřávek, Pavel (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: NMR; protein dynamics
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: prof. Mgr. Lukáš Žídek, Ph.D., učo 38990. Změněno: 25. 3. 2024 10:41.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2225678/cs
    2. Multiscale NMR calculations of spin-spin couplings and the phophprylation induced chemical shifts changes in disordered proteins
      GAFFOUR, Amina, Vojtěch ZAPLETAL, Krishnendu BERA a Jana PAVLÍKOVÁ PŘECECHTĚLOVÁ. Multiscale NMR calculations of spin-spin couplings and the phophprylation induced chemical shifts changes in disordered proteins. In International Society of Quantum Biology and Pharmacology (ISQBP). 2022.

      Druh účasti: aktivní účast
      Mezinárodní význam: ano
      Změnil: Krishnendu Bera, Ph.D., učo 490519. Změněno: 18. 9. 2022 20:47.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2217645/cs

    2020

    1. Boosting the resolution of low-field 15N relaxation experiments on intrinsically disordered proteins with triple-resonance NMR
      JASEŇÁKOVÁ, Zuzana, Vojtěch ZAPLETAL, Petr PADRTA, Milan ZACHRDLA, N. BOLIK-COULON, T. MARQUARDSEN, J.M. TYBURN, Lukáš ŽÍDEK, F. FERRAGE a Pavel KADEŘÁVEK. Boosting the resolution of low-field 15N relaxation experiments on intrinsically disordered proteins with triple-resonance NMR. Journal of biomolecular NMR. Dordrecht: Springer, 2020, roč. 74, 2-3, s. 139-145. ISSN 0925-2738. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/s10858-019-00298-6.
      URL
      RIV/00216224:14740/20:00114136 Článek v odborném periodiku. angličtina. Nizozemské království.
      Jaseňáková, Zuzana (703 Slovensko, domácí) -- Zapletal, Vojtěch (203 Česká republika, domácí) -- Padrta, Petr (203 Česká republika, domácí) -- Zachrdla, Milan (203 Česká republika) -- Žídek, Lukáš (203 Česká republika, domácí) -- Kadeřávek, Pavel (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Nuclear magnetic resonance; Relaxation; Dynamics; Intrinsically disordered proteins; High-resolution relaxometry; Non-uniform sampling
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Pavla Foltynová, Ph.D., učo 106624. Změněno: 19. 3. 2021 12:12.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1655339/cs
    2. Choice of Force Field for Proteins Containing Structured and Intrinsically Disordered Regions
      ZAPLETAL, Vojtěch, Arnošt MLÁDEK, Kateřina BENDOVÁ, Petr LOUŠA, Erik NOMILNER, Zuzana JASEŇÁKOVÁ, Vojtěch KUBÁŇ, Markéta MAKOVICKÁ, Alice LANÍKOVÁ, Lukáš ŽÍDEK a Jozef HRITZ. Choice of Force Field for Proteins Containing Structured and Intrinsically Disordered Regions. Biophysical Journal. Bethesda, USA: Biophysical Society, 2020, roč. 118, č. 7, s. 1621-1633. ISSN 0006-3495. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.bpj.2020.02.019.
      URL
      RIV/00216224:14740/20:00115635 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Zapletal, Vojtěch (203 Česká republika, domácí) -- Mládek, Arnošt (203 Česká republika, domácí) -- Bendová, Kateřina (203 Česká republika, domácí) -- Louša, Petr (203 Česká republika, domácí) -- Nomilner, Erik (703 Slovensko, domácí) -- Jaseňáková, Zuzana (703 Slovensko, domácí) -- Kubáň, Vojtěch (203 Česká republika, domácí) -- Makovická, Markéta (203 Česká republika, domácí) -- Laníková, Alice (203 Česká republika, domácí) -- Žídek, Lukáš (203 Česká republika, domácí) -- Hritz, Jozef (703 Slovensko, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: MOLECULAR-DYNAMICS; TYROSINE-HYDROXYLASE; NMR RELAXATION; RNA-POLYMERASE; DELTA-SUBUNIT; PREDICTION; PHOSPHORYLATION; RECOGNITION; ALIGNMENT; BIOLOGY
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 30. 4. 2021 18:28.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1655320/cs

    2019

    1. Quantum Chemical Calculations of NMR Chemical Shifts in Phosphorylated Intrinsically Disordered Proteins
      PAVLÍKOVÁ PŘECECHTĚLOVÁ, Jana, Arnošt MLÁDEK, Vojtěch ZAPLETAL a Jozef HRITZ. Quantum Chemical Calculations of NMR Chemical Shifts in Phosphorylated Intrinsically Disordered Proteins. Journal of Chemical Theory and Computation. Washington DC: American Chemical Society, 2019, roč. 15, č. 10, s. 5642-5658. ISSN 1549-9618. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1021/acs.jctc.8b00257.
      URL
      RIV/00216224:14740/19:00107747 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Pavlíková Přecechtělová, Jana (203 Česká republika, garant, domácí) -- Mládek, Arnošt (203 Česká republika, domácí) -- Zapletal, Vojtěch (203 Česká republika, domácí) -- Hritz, Jozef (703 Slovensko, domácí)
      Klíčová slova anglicky: DENSITY-FUNCTIONAL CALCULATIONS; MOLECULAR-ORBITAL METHODS; CORRELATION-ENERGY; BASIS-SET; MECHANICAL CALCULATION; PERTURBATION-THEORY; SHIELDING SCALE; AB-INITIO; P-31; N-15
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Pavla Foltynová, Ph.D., učo 106624. Změněno: 31. 3. 2020 21:50.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1574798/cs
    2. Structure and Functions of Microtubule Associated Proteins Tau and MAP2c: Similarities and Differences
      MELKOVÁ, Kateřina, Vojtěch ZAPLETAL, Subhash NARASIMHAN, Séverine JANSEN, Jozef HRITZ, R. SKRABANA, M. ZWECKSTETTER, M. RINGKJOBING JENSEN, M. BLACKLEDGE a Lukáš ŽÍDEK. Structure and Functions of Microtubule Associated Proteins Tau and MAP2c: Similarities and Differences. Biomolecules. Basel, Switzerland: MDPI AG, 2019, roč. 9, č. 3, s. 105-136. ISSN 2218-273X. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.3390/biom9030105.
      URL
      RIV/00216224:14740/19:00109608 Článek v odborném periodiku. angličtina. Švýcarsko.
      Melková, Kateřina (203 Česká republika, domácí) -- Zapletal, Vojtěch (203 Česká republika, domácí) -- Narasimhan, Subhash (356 Indie, domácí) -- Jansen, Séverine (250 Francie, domácí) -- Hritz, Jozef (703 Slovensko, domácí) -- Skrabana, R. (703 Slovensko) -- Zweckstetter, M. (276 Německo) -- Ringkjobing Jensen, M. (250 Francie) -- Blackledge, M. (250 Francie) -- Žídek, Lukáš (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: microtubule associated protein; tau; intrinsically disordered protein; phosphorylation; nuclear magnetic resonance
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Pavla Foltynová, Ph.D., učo 106624. Změněno: 5. 3. 2020 09:45.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1529019/cs

    2018

    1. Conformation and dynamics of intrinsically disordered microtubule associated protein 2c
      ZAPLETAL, Vojtěch, Kateřina MELKOVÁ, Séverine JANSEN, Erik NOMILNER, M.R. JENSEN, M. BLACKLEDGE a Lukáš ŽÍDEK. Conformation and dynamics of intrinsically disordered microtubule associated protein 2c. 2018. ISSN 2211-5463. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1002/2211-5463.12453.
      URL
      RIV/00216224:14740/18:00103544 Konferenční abstrakt. angličtina. Spojené státy.
      Zapletal, Vojtěch (203 Česká republika, domácí) -- Melková, Kateřina (203 Česká republika, domácí) -- Jansen, Séverine (250 Francie, domácí) -- Nomilner, Erik (703 Slovensko, domácí) -- Jensen, M.R. (250 Francie) -- Blackledge, M. (250 Francie) -- Žídek, Lukáš (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: protein 2c; MAP2c
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Pavla Foltynová, Ph.D., učo 106624. Změněno: 26. 3. 2019 15:24.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1431016/cs
    2. Functionally specific binding regions of microtubule-associated protein 2c exhibit distinct conformations and dynamics
      MELKOVÁ, Kateřina, Vojtěch ZAPLETAL, Séverine JANSEN, Erik NOMILNER, Milan ZACHRDLA, Jozef HRITZ, Jiří NOVÁČEK, M. ZWECKSTETTER, M.R. JENSEN, M. BLACKLEDGE a Lukáš ŽÍDEK. Functionally specific binding regions of microtubule-associated protein 2c exhibit distinct conformations and dynamics. Journal of Biological Chemistry. Bethesda, USA: Amer. Soc. Biochem. Mol. Biol., 2018, roč. 293, č. 34, s. 13297-13309. ISSN 0021-9258. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1074/jbc.RA118.001769.
      URL
      RIV/00216224:14740/18:00101098 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Melková, Kateřina (203 Česká republika, domácí) -- Zapletal, Vojtěch (203 Česká republika, domácí) -- Jansen, Séverine (250 Francie, domácí) -- Nomilner, Erik (703 Slovensko, domácí) -- Zachrdla, Milan (203 Česká republika, domácí) -- Hritz, Jozef (703 Slovensko, domácí) -- Nováček, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Zweckstetter, M. (276 Německo) -- Jensen, M.R. (250 Francie) -- Blackledge, M. (250 Francie) -- Žídek, Lukáš (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: NMR relaxation; Tau protein (Tau); microtubule-associated protein (MAP); nuclear magnetic resonance (NMR); paramagnetic relaxation enhancement (PRE); protein conformation; small-angle X-ray scattering (SAXS)
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Pavla Foltynová, Ph.D., učo 106624. Změněno: 13. 3. 2019 13:21.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1427578/cs

    2017

    1. Computational characterization of hybrid proteins containing ordered and intrinsically disordered regions
      ZAPLETAL, Vojtěch, Arnošt MLÁDEK, Jozef HRITZ a Lukáš ŽÍDEK. Computational characterization of hybrid proteins containing ordered and intrinsically disordered regions. In 42nd Congress of the Federation-of-European-Biochemical-Societies (FEBS) on From Molecules to Cells and Back. 2017. ISSN 1742-464X.
      URL
      Název anglicky: Computational characterization of hybrid proteins containing ordered and intrinsically disordered regions
      RIV/00216224:14740/17:00095560 Konferenční abstrakt. angličtina. Spojené státy.
      Zapletal, Vojtěch (203 Česká republika, domácí) -- Mládek, Arnošt (203 Česká republika, domácí) -- Hritz, Jozef (703 Slovensko, domácí) -- Žídek, Lukáš (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: NMR; hybrid proteins
      Druh účasti: aktivní účast
      Změnila: Mgr. Pavla Foltynová, Ph.D., učo 106624. Změněno: 9. 3. 2018 15:10.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1410473/cs

    2016

    1. Spectral density mapping at multiple magnetic fields suitable for C-13 NMR relaxation studies
      KADEŘÁVEK, Pavel, Vojtěch ZAPLETAL, Radovan FIALA, Pavel SRB, Petr PADRTA, Jana PAVLÍKOVÁ PŘECECHTĚLOVÁ, Mária ŠOLTÉSOVÁ, Jozef KOWALEWSKI, Göran WIDMALM, Josef CHMELÍK, Vladimír SKLENÁŘ a Lukáš ŽÍDEK. Spectral density mapping at multiple magnetic fields suitable for C-13 NMR relaxation studies. Journal of Magnetic Resonance. San Diego: Academic Press Inc. Elsevier Science, 2016, roč. 266, May, s. 23-40. ISSN 1090-7807. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.jmr.2016.02.016.
      URL
      RIV/00216224:14740/16:00090497 Článek v odborném periodiku. Biochemie. angličtina. Spojené státy.
      Kadeřávek, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Zapletal, Vojtěch (203 Česká republika, domácí) -- Fiala, Radovan (203 Česká republika, domácí) -- Srb, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Padrta, Petr (203 Česká republika, domácí) -- Pavlíková Přecechtělová, Jana (203 Česká republika, domácí) -- Šoltésová, Mária (703 Slovensko) -- Kowalewski, Jozef (752 Švédsko) -- Widmalm, Göran (752 Švédsko) -- Chmelík, Josef (203 Česká republika) -- Sklenář, Vladimír (203 Česká republika, domácí) -- Žídek, Lukáš (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Nuclear magnetic resonance; Relaxation; Spectral density function; Magnetic field; Nucleic acids; Carbohydrates
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Eva Špillingová, učo 110713. Změněno: 27. 4. 2017 13:36.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1350870/cs

    2014

    1. Spectral density mapping protocols for analysis of molecular motions in disordered proteins
      KADEŘÁVEK, Pavel, Vojtěch ZAPLETAL, Alžběta RABATINOVÁ, Libor KRÁSNÝ, Vladimír SKLENÁŘ a Lukáš ŽÍDEK. Spectral density mapping protocols for analysis of molecular motions in disordered proteins. Journal of Biomolecular NMR. Dordrecht: Springer, 2014, roč. 58, č. 3, s. 193-207. ISSN 0925-2738. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/s10858-014-9816-4.
      URL
      RIV/00216224:14740/14:00073529 Článek v odborném periodiku. Biochemie. angličtina. Nizozemské království.
      Kadeřávek, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Zapletal, Vojtěch (203 Česká republika, domácí) -- Rabatinová, Alžběta (203 Česká republika) -- Krásný, Libor (203 Česká republika) -- Sklenář, Vladimír (203 Česká republika, domácí) -- Žídek, Lukáš (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Nuclear magnecit resonance; Relaxation; Spectral density function; Intrinsically disordered proteins
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Martina Prášilová, učo 342282. Změněno: 10. 3. 2015 18:44.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1169199/cs

    2012

    1. Accurate Reduced Spectral Density Mapping for Analysis of 13C Relaxation Rates
      KADEŘÁVEK, Pavel, Vojtěch ZAPLETAL, Radovan FIALA, Vladimír SKLENÁŘ a Lukáš ŽÍDEK. Accurate Reduced Spectral Density Mapping for Analysis of 13C Relaxation Rates. In 53rd Experimental Nuclear Magnetic Resonance Conference. 2012.
      Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 8. 8. 2024 09:46.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1069054/cs
Zobrazeno: 20. 9. 2024 06:06