Vámi zvolený výběr obsahuje 108 výsledků. Upravit výběr.
Filtrování publikací

    2024

    1. PROCHÁZKA, David, Terézia SLANINÁKOVÁ, Jaroslav OĽHA, Adrián ROŠINEC, Katarína GREŠOVÁ, Miriama JÁNOŠOVÁ, Jakub ČILLÍK, Jana PORUBSKÁ, Radka SVOBODOVÁ, Vlastislav DOHNAL a Matej ANTOL. AlphaFind: Discover structure similarity across the entire known proteome. bioRxiv, 2024.
      AlphaFind web application Pre-print
      Česká republika.
      Klíčová slova anglicky: Protein structure similarity;Learned metric index;Learned indexing;Protein structure search;AlphaFold DB
      Mezinárodní význam: ano

      Změnila: RNDr. Terézia Slanináková, učo 445526. Změněno: 19. 2. 2024 10:17.
    2. PROCHÁZKA, David, Terézia SLANINÁKOVÁ, Jaroslav OĽHA, Adrián ROŠINEC, Katarína GREŠOVÁ, Miriama JÁNOŠOVÁ, Jakub ČILLÍK, Jana PORUBSKÁ, Radka SVOBODOVÁ, Vlastislav DOHNAL a Matej ANTOL. AlphaFind: discover structure similarity across the proteome in AlphaFold DB. Nucleic acids research. Oxford: Oxford University Press, 2024, Neuveden, May 15, s. 1-5. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/nar/gkae397.
      URL
      angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Klíčová slova anglicky: AlphaFind;Protein similarity search;Structure-based retrieval;Protein tertiary structure;AlphaFold DB;Machine learning
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnil: doc. RNDr. Vlastislav Dohnal, Ph.D., učo 2952. Změněno: 18. 5. 2024 21:22.

    2023

    1. VOREL, Jiří, Nikol KMENTOVÁ, Christoph HAHN, Petr BUREŠ a Martin KAŠNÝ. An insight into the functional genomics and species classification of Eudiplozoon nipponicum (Monogenea, Diplozoidae), a haematophagous parasite of the common carp Cyprinus carpio. BMC Genomics. BioMed Central Ltd, 2023, roč. 24, č. 1, s. 1-20. ISSN 1471-2164. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1186/s12864-023-09461-8.
      URL
      RIV/00216224:14310/23:00131157 Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Vorel, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí) -- Kmentová, Nikol (203 Česká republika) -- Hahn, Christoph (40 Rakousko) -- Bureš, Petr (203 Česká republika, domácí) -- Kašný, Martin (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Helminths; monogenea; genome; mitochondrial genome; host-parasite interaction
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnil: prof. RNDr. Petr Bureš, Ph.D., učo 2635. Změněno: 6. 1. 2024 00:18.
    2. ŠREIBR, Sara, Jana ILGOVÁ, Pavel DOBEŠ, Jiří VOREL, Jacek MARCINIAK, Jana HURYCHOVÁ, Martin KAŠNÝ a Pavel HYRŠL. Bioactive molecules released by Heterorhabditis bacteriophora in response to various activation materials. In Virtual Nematology Conference 2023. 2023.
      Název česky: Bioaktivní molekuly uvolňované Heterorhabditis bacteriophora v reakci na různé aktivační materiály
      RIV/00216224:14310/23:00134270 Konferenční abstrakt. angličtina. Česká republika.
      Šreibr, Sara (276 Německo, domácí) -- Ilgová, Jana (703 Slovensko, domácí) -- Dobeš, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Vorel, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Marciniak, Jacek (203 Česká republika, domácí) -- Hurychová, Jana (203 Česká republika, domácí) -- Kašný, Martin (203 Česká republika, domácí) -- Hyršl, Pavel (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Bioactive molecules; Heterorhabditis bacteriophora; activation; activation materials
      Druh účasti: aktivní účast

      Změnila: Mgr. Sara Šreibr, učo 409310. Změněno: 1. 11. 2023 15:06.
    3. MACÁK, Martin, Tomáš REBOK, Matúš ŠTOVČIK, Mouzhi GE, Bruno ROSSI a Barbora BÜHNOVÁ. CopAS: A Big Data Forensic Analytics System. Online. In Proceedings of the 8th International Conference on Internet of Things, Big Data and Security IoTBDS - Volume 1. Setubal, Portugal: SciTePress, 2023, s. 150-161. ISBN 978-989-758-643-9. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.5220/0011929000003482.
      URL
      RIV/00216224:14330/23:00130487 Stať ve sborníku. angličtina. Portugalsko.
      Macák, Martin (703 Slovensko, garant, domácí) -- Rebok, Tomáš (203 Česká republika, domácí) -- Štovčik, Matúš (703 Slovensko, domácí) -- Ge, Mouzhi (156 Čína) -- Rossi, Bruno (380 Itálie, domácí) -- Bühnová, Barbora (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Network Security; Network Traffic Analysis; Forensics Analysis; Big Data; Insider Attack Detection
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 7. 4. 2024 22:54.
    4. REBOK, Tomáš a Ondřej MACHALA. CoPAS: the Modular Data Analytics Tool. 2023.
      Webové stránky výsledku
      RIV/00216224:14610/23:00131764 Software. angličtina. Česká republika.
      Rebok, Tomáš (203 Česká republika, garant, domácí) -- Machala, Ondřej (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: secured data analysis; secured data processing; modular toolkit; CoPAS; containers

      Změnil: RNDr. Tomáš Rebok, Ph.D., učo 39685. Změněno: 26. 1. 2024 10:06.
    5. BULLA, Lukas, Kristian HJORTH, Oskar KOHOUT, Jan LANG, Sebastian ECKER, Sebastian NEUMANN, Julius BITTERMANN, Robert KINDLER, Marcus HUBER, Martin BOHMANN, Rupert URSIN a Matej PIVOLUSKA. Distribution of genuine high-dimensional entanglement over 10.2 km of noisy metropolitan atmosphere. PHYSICAL REVIEW A. UNITED STATES: AMER PHYSICAL SOC, 2023, roč. 107, L050402, s. 1-5. ISSN 2469-9926. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1103/PhysRevA.107.L050402.
      URL
      Název anglicky: Distribution of genuine high-dimensional entanglement over 10.2 km of noisy metropolitan atmosphere
      angličtina. Spojené státy.
      Klíčová slova anglicky: non-locality; entanglement; high-dimensional quantum states
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnil: RNDr. Matej Pivoluska, Ph.D., učo 172459. Změněno: 21. 6. 2023 14:03.
    6. HERREROS, David, Roy R. LEDERMAN, James M. KRIEGER, Amaya JIMÉNEZ-MORENO, Marta MARTÍNEZ, David MYŠKA, David STŘELÁK, Jiří FILIPOVIČ, Carlos O. S. SORZANO a José M. CARAZO. Estimating conformational landscapes from Cryo-EM particles by 3D Zernike polynomials. Nature Communications. 2023, roč. 14, č. 1, s. 1-10. ISSN 2041-1723. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1038/s41467-023-35791-y.
      URL
      RIV/00216224:14610/23:00130195 Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Myška, David (203 Česká republika, domácí) -- Střelák, David (203 Česká republika, domácí) -- Filipovič, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: 3D reconstruction and image processing; single-particle cryo-EM; spherical harmonics; Zernike polynomials; conformations
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnila: Mgr. Alena Mokrá, učo 362754. Změněno: 20. 3. 2024 14:38.
    7. PETROVIČ, Filip a Jiří FILIPOVIČ. Kernel Tuning Toolkit. SoftwareX. Elsevier, 2023, roč. 22, neuveden, s. 1-6. ISSN 2352-7110. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.softx.2023.101385.
      URL
      RIV/00216224:14610/23:00130522 Článek v odborném periodiku. angličtina. Nizozemské království.
      Petrovič, Filip (703 Slovensko, domácí) -- Filipovič, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Autotuning; GPU optimization; CUDA; OpenCL; Vulkan
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnila: Mgr. Alena Mokrá, učo 362754. Změněno: 5. 4. 2024 11:07.
    8. BULLA, Lukas, Matej PIVOLUSKA, Kristian HJORTH, Oskar KOHOUT, Jan LANG, Sebastian ECKER, Sebastian P NEUMANN, Julius BITTERMANN, Robert KINDLER, Marcus HUBER, Martin BOHMANN a Rupert URSIN. Nonlocal Temporal Interferometry for Highly Resilient Free-Space Quantum Communication. Physical Review X. College Park: American Physical Society, 2023, roč. 13, č. 2, s. 1-12. ISSN 2160-3308. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1103/PhysRevX.13.021001.
      URL
      Název anglicky: Nonlocal Temporal Interferometry for Highly Resilient Free-Space Quantum Communication
      RIV/00216224:14610/23:00131028 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Pivoluska, Matej (703 Slovensko, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: KEY DISTRIBUTION;ENTANGLEMENT;LASER
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnila: Mgr. Alena Mokrá, učo 362754. Změněno: 20. 3. 2024 15:42.
    9. VÁVRA, Ondřej, Jakub BERANEK, Jan ŠTOURAČ, Martin SURKOVSKY, Jiří FILIPOVIČ, Jiří DAMBORSKÝ, Jan MARTINOVIC a David BEDNÁŘ. pyCaverDock: Python implementation of the popular tool for analysis of ligand transport with advanced caching and batch calculation support. Bioinformatics. Oxford: Oxford University Press, 2023, roč. 39, č. 8, s. 1-3. ISSN 1367-4803. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btad443.
      URL
      RIV/00216224:14310/23:00131665 Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Vávra, Ondřej (203 Česká republika, domácí) -- Štourač, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Filipovič, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: WEB SERVER
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnil: doc. RNDr. Jiří Filipovič, Ph.D., učo 72898. Změněno: 30. 11. 2023 12:39.
    10. ARAUJO, Mateus, Marcus HUBER, Miguel NAVASCUES, Matej PIVOLUSKA a Armin TAVAKOLI. Quantum key distribution rates from semidefinite programming. QUANTUM. WIEN: VEREIN FORDERUNG OPEN ACCESS PUBLIZIERENS QUANTENWISSENSCHAF, 2023, roč. 7, č. 1, s. 1-18. ISSN 2521-327X. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.22331/Q-2023-05-24-1019.
      URL
      RIV/00216224:14610/23:00131033 Článek v odborném periodiku. angličtina. Rakousko.
      Pivoluska, Matej (703 Slovensko, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: quantum key distribution; semi-definite programming
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnila: Mgr. Alena Mokrá, učo 362754. Změněno: 5. 4. 2024 12:48.
    11. SLANINÁKOVÁ, Terézia, Matej ANTOL, Jaroslav OĽHA, Vlastislav DOHNAL, Susana LADRA a Miguel A. MARTÍNEZ-PRIETO. Reproducible experiments with Learned Metric Index Framework. Information systems. Elsevier, 2023, roč. 118, č. 1, s. 102255-102270. ISSN 0306-4379. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.is.2023.102255.
      URL
      RIV/00216224:14330/23:00131386 Článek v odborném periodiku. angličtina. Nizozemské království.
      Slanináková, Terézia (703 Slovensko, domácí) -- Antol, Matej (703 Slovensko, domácí) -- Oľha, Jaroslav (703 Slovensko, domácí) -- Dohnal, Vlastislav (203 Česká republika, garant, domácí) -- Ladra, Susana (724 Španělsko) -- Martínez-Prieto, Miguel A. (724 Španělsko)
      Klíčová slova anglicky: Reproducible paper;Index structures;Learned index;Unstructured data;Content-based search;Metric space
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 7. 4. 2024 23:08.
    12. SLANINÁKOVÁ, Terézia, David PROCHÁZKA, Matej ANTOL, Jaroslav OĽHA a Vlastislav DOHNAL. SISAP 2023 Indexing Challenge – Learned Metric Index. In Pedreira, O., Estivill-Castro, V. Similarity Search and Applications. SISAP 2023. Lecture Notes in Computer Science, vol 14289. Cham: Springer, 2023, s. 282-290. ISBN 978-3-031-46993-0. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-031-46994-7_24.
      RIV/00216224:14330/23:00132045 Stať ve sborníku. angličtina. Švýcarsko.
      Slanináková, Terézia (703 Slovensko, domácí) -- Procházka, David (203 Česká republika, domácí) -- Antol, Matej (703 Slovensko, domácí) -- Oľha, Jaroslav (703 Slovensko, domácí) -- Dohnal, Vlastislav (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: sisap indexing challenge; learned metric index; similarity search; machine learning for indexing; performance benchmarking
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 7. 4. 2024 23:35.
    13. MESSINA, Nicola, Jan SEDMIDUBSKÝ, Falchi FABRIZIO a Tomáš REBOK. Text-to-Motion Retrieval: Towards Joint Understanding of Human Motion Data and Natural Language. Online. In 46th International Conference on Research and Development in Information Retrieval (SIGIR). New York, NY, USA: Association for Computing Machinery, 2023, s. 2420-2425. ISBN 978-1-4503-9408-6. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1145/3539618.3592069.
      URL
      RIV/00216224:14330/23:00130552 Stať ve sborníku. angličtina. Česká republika.
      Messina, Nicola (380 Itálie) -- Sedmidubský, Jan (203 Česká republika, garant, domácí) -- Fabrizio, Falchi (380 Itálie) -- Rebok, Tomáš (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: human motion data;skeleton sequences;CLIP;BERT;deep language models;ViViT;motion retrieval;cross-modal retrieval
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnil: doc. RNDr. Jan Sedmidubský, Ph.D., učo 60474. Změněno: 14. 3. 2024 13:10.
    14. TØRRING, Jacob O, van Werkhoven BEN, Filip PETROVIČ, Floris-Jan WILLEMSEN, Jiří FILIPOVIČ a Anne C ELSTER. Towards a Benchmarking Suite for Kernel Tuners. Online. In 2023 IEEE International Parallel and Distributed Processing Symposium Workshops (IPDPSW). neuveden: IEEE, 2023, s. 724-733. ISBN 979-8-3503-1199-0. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/IPDPSW59300.2023.00124.
      URL
      RIV/00216224:14610/23:00131587 Stať ve sborníku. angličtina. Spojené státy.
      Tørring, Jacob O (578 Norsko) -- Ben, van Werkhoven (528 Nizozemské království) -- Petrovič, Filip (703 Slovensko, domácí) -- Willemsen, Floris-Jan (528 Nizozemské království) -- Filipovič, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí) -- Elster, Anne C (578 Norsko)
      Klíčová slova anglicky: autotuning; benchmarking
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnila: Mgr. Alena Mokrá, učo 362754. Změněno: 20. 3. 2024 14:59.
    15. STŘELÁK, David, David MYŠKA, Filip PETROVIČ, Jan POLÁK, Jaroslav OĽHA a Jiří FILIPOVIČ. Umpalumpa: a framework for efficient execution of complex image processing workloads on heterogeneous nodes. Computing. Springer, 2023, roč. 105, č. 11, s. 2389-2417. ISSN 0010-485X. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/s00607-023-01190-w.
      URL
      RIV/00216224:14610/23:00131054 Článek v odborném periodiku. angličtina. Rakousko.
      Střelák, David (203 Česká republika, domácí) -- Myška, David (203 Česká republika, domácí) -- Petrovič, Filip (703 Slovensko, domácí) -- Polák, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Oľha, Jaroslav (703 Slovensko, domácí) -- Filipovič, Jiří (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Image processing; task-based systems; auto-tuning; data-aware architecture; CUDA
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnil: doc. RNDr. Jiří Filipovič, Ph.D., učo 72898. Změněno: 21. 3. 2024 08:53.
    16. HERREROS, David, Jakub KISKA, Erney RAMÍREZ-APORTELA, Jiří FILIPOVIČ, José María CARAZO a Carlos Oscar SORZANO. ZART: A Novel Multiresolution Reconstruction Algorithm with Motion-blur Correction for Single Particle Analysis. Journal of Molecular Biology. Elsevier, 2023, roč. 435, č. 9, s. 1-14. ISSN 0022-2836. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.jmb.2023.168088.
      URL
      RIV/00216224:14610/23:00130611 Článek v odborném periodiku. angličtina. Nizozemské království.
      Herreros, David (724 Španělsko) -- Kiska, Jakub (703 Slovensko, domácí) -- Ramírez-Aportela, Erney (724 Španělsko) -- Filipovič, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí) -- Carazo, José María (724 Španělsko) -- Sorzano, Carlos Oscar (724 Španělsko)
      Klíčová slova anglicky: Cryo-Electron Microscopy (CryoEM); spherical harmonics; Zernike polynomials; map reconstruction; Zernike3D-based Algebraic Reconstruction Technique (ZART)
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnila: Mgr. Alena Mokrá, učo 362754. Změněno: 20. 3. 2024 15:09.

    2022

    1. MIHÁLIKOVÁ, Ivana, Martin FRIÁK, Matej PIVOLUSKA, Martin PLESCH, Martin SAIP a Mojmír ŠOB. Best-Practice Aspects of Quantum-Computer Calculations: A Case Study of the Hydrogen Molecule. MOLECULES. SWITZERLAND: MDPI, 2022, roč. 27, č. 3, s. 1-15. ISSN 1420-3049. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.3390/molecules27030597.
      URL
      RIV/00216224:14310/22:00125831 Článek v odborném periodiku. angličtina. Švýcarsko.
      Miháliková, Ivana (703 Slovensko, domácí) -- Friák, Martin (203 Česká republika, domácí) -- Pivoluska, Matej (703 Slovensko, domácí) -- Plesch, Martin (703 Slovensko, domácí) -- Saip, Martin (203 Česká republika, domácí) -- Šob, Mojmír (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: quantum computers; hydrogen molecule; variational quantum eigensolver; circuit architecture; quantum computing; quantum chemistry; COBYLA; SPSA
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 22. 3. 2023 16:01.
    2. APPEL, Paul, Alexander J. HEILMAN, Ezekiel W. WERTZ, David W. LYONS, Marcus HUBER, Matej PIVOLUSKA a Giuseppe VITAGLIANO. Finite-Function-Encoding Quantum States. QUANTUM. WIEN: VEREIN FORDERUNG OPEN ACCESS PUBLIZIERENS QUANTENWISSENSCHAF, 2022, roč. 6, č. 708, s. 1-34. ISSN 2521-327X. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.22331/q-2022-05-09-708.
      URL
      RIV/00216224:14610/22:00125965 Článek v odborném periodiku. angličtina. Rakousko.
      Appel, Paul (276 Německo) -- Pivoluska, Matej (703 Slovensko, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: non-locality; entanglement; high-dimensional quantum states
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnila: Mgr. Alena Mokrá, učo 362754. Změněno: 15. 3. 2023 18:14.
    3. PIVOLUSKA, Matej a Martin PLESCH. Implementation of quantum compression on IBM quantum computers. Nature Scientific Reports. USA: NATURE PUBLISHING GROUP, 2022, roč. 12, č. 1, s. 5841-5849. ISSN 2045-2322. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1038/s41598-022-09881-8.
      URL
      RIV/00216224:14610/22:00125784 Článek v odborném periodiku. angličtina. Německo.
      Pivoluska, Matej (703 Slovensko, garant, domácí) -- Plesch, Martin (703 Slovensko, domácí)
      Klíčová slova anglicky: quantum computing; compression
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnil: RNDr. Matej Pivoluska, Ph.D., učo 172459. Změněno: 9. 5. 2022 16:54.
    4. NĚMCOVÁ, Petra, Jana HOZZOVÁ a Jiří FILIPOVIČ. Improving ligand transport trajectory within flexible receptor in CaverDock. Online. In SAC '22: Proceedings of the 37th ACM/SIGAPP Symposium on Applied Computing. USA: Association for Computing Machinery, 2022, s. 619-626. ISBN 978-1-4503-8713-2. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1145/3477314.3506988.
      URL
      RIV/00216224:14610/22:00125815 Stať ve sborníku. angličtina. Spojené státy.
      Němcová, Petra (203 Česká republika, domácí) -- Hozzová, Jana (703 Slovensko, domácí) -- Filipovič, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: CaverDock; ligand transport; flexible receptor; molecular docking; search heuristic; continuous space search
      Druh sborníku: předkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 7. 2. 2024 16:11.
    5. SORZANO, Carlos, Amaya JIMÉNEZ-MORENO, David MALUENDA, Marta MARTÍNEZ, Erney RAMÍREZ-APORTELA, James KRIEGER, Roberto MELERO, Ana CUERVO, Javier CONESA, Jiří FILIPOVIČ, Pablo CONESA, Laura del CAÑO, Yunior FONSECA, Jorge Jiménez-de LA MORENA, Patricia LOSANA, Ruben SÁNCHEZ-GARCÍA, David STŘELÁK, Estrella FERNÁNDEZ-GIMÉNEZ, Federico DE ISIDRO-GÓMEZ, David HERREROS, Jose Luis VILAS, Roberto MARABINI a Jose Maria CARAZO. On bias, variance, overfitting, gold standard and consensus in single-particle analysis by cryo-electron microscopy. Acta Crystallographica Section D: Structural Biology. Chester: International Union of Crystallography, 2022, roč. 78, č. 4, s. 410-423. ISSN 2059-7983. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1107/S2059798322001978.
      URL
      RIV/00216224:14330/22:00125553 Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Filipovič, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Střelák, David (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: single-particle analysis; cryo-electron microscopy; parameter estimation; image processing; bias; variance; overfitting; gold standard
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 28. 3. 2023 10:10.
    6. TRAPL, Dalibor, MArtin KRUPIČKA, Vladimír VIŠŇOVSKÝ, Jana HOZZOVÁ, Jaroslav OĽHA, Aleš KŘENEK a Vojtěch SPIWOK. Property Map Collective Variable as a Useful Tool for a Force Field Correction. Journal of Chemical Information and Modeling. American Chemical Society, 2022, roč. 62, č. 3, s. 567-576. ISSN 1549-9596. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1021/acs.jcim.1c00651.
      URL
      Název česky: Property Map Collective Variable as a Useful Tool for a Force Field Correction
      Název anglicky: Property Map Collective Variable as a Useful Tool for a Force Field Correction
      RIV/00216224:14610/22:00129035 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Trapl, Dalibor (203 Česká republika) -- Krupička, MArtin (203 Česká republika) -- Višňovský, Vladimír (703 Slovensko, domácí) -- Hozzová, Jana (703 Slovensko, domácí) -- Oľha, Jaroslav (703 Slovensko, domácí) -- Křenek, Aleš (203 Česká republika, garant, domácí) -- Spiwok, Vojtěch (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: collective variable; biased potential; force field
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnila: Mgr. Alena Mokrá, učo 362754. Změněno: 14. 3. 2023 15:51.
    7. RAI, Ashutosh, Matej PIVOLUSKA, Souradeep SASMAL, Manik BANIK, Sibasish GHOSH a Martin PLESCH. Self-testing quantum states via nonmaximal violation in Hardy's test of nonlocality. PHYSICAL REVIEW A. UNITED STATES: AMER PHYSICAL SOC, 2022, roč. 105, č. 5, s. 1-8. ISSN 2469-9926. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1103/PhysRevA.105.052227.
      URL
      RIV/00216224:14610/22:00125966 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Pivoluska, Matej (703 Slovensko, garant, domácí) -- Plesch, Martin (703 Slovensko, domácí)
      Klíčová slova anglicky: non-locality; entanglement; Hardy non-locality; self-testing; device-independence
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnil: RNDr. Matej Pivoluska, Ph.D., učo 172459. Změněno: 28. 3. 2023 21:52.
    8. MIHÁLIKOVÁ, Ivana, Matej PIVOLUSKA, Martin PLESCH, Martin FRIÁK, Daniel NAGAJ a Mojmír ŠOB. The Cost of Improving the Precision of the Variational Quantum Eigensolver for Quantum Chemistry. Nanomaterials. London: MDPI, 2022, roč. 12, č. 2, s. 1-22. ISSN 2079-4991. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.3390/nano12020243.
      URL
      Název anglicky: The Cost of Improving the Precision of the Variational Quantum Eigensolver for Quantum Chemistry
      RIV/00216224:14610/22:00125538 Článek v odborném periodiku. angličtina. Švýcarsko.
      Miháliková, Ivana (703 Slovensko, domácí) -- Pivoluska, Matej (703 Slovensko, domácí) -- Plesch, Martin (703 Slovensko, domácí) -- Friák, Martin (203 Česká republika, domácí) -- Nagaj, Daniel (703 Slovensko, domácí) -- Šob, Mojmír (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: noisy quantum processors; variational quantum eigensolver; quantum chemistry
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 17. 5. 2022 12:44.
    9. FILIPOVIČ, Jiří, Jana HOZZOVÁ, Amin NEZARAT, Jaroslav OĽHA a Filip PETROVIČ. Using hardware performance counters to speed up autotuning convergence on GPUs. Journal of Parallel and Distributed Computing. Elsevier, 2022, roč. 160, February, s. 16-35. ISSN 0743-7315. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.jpdc.2021.10.003.
      URL
      RIV/00216224:14610/22:00125022 Článek v odborném periodiku. angličtina. Nizozemské království.
      Filipovič, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí) -- Hozzová, Jana (703 Slovensko, domácí) -- Nezarat, Amin (364 Írán, domácí) -- Oľha, Jaroslav (703 Slovensko, domácí) -- Petrovič, Filip (703 Slovensko, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Auto-tuning; Search method; Performance counters; CUDA
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnil: doc. RNDr. Jiří Filipovič, Ph.D., učo 72898. Změněno: 20. 3. 2023 12:40.

    2021

    1. STŘELÁK, David, Amaya JIMÉNEZ-MORENO, José VILAS, Erney RAMÍREZ-APORTELA, Ruben SÁNCHEZ-GARCÍA, David MALUENDA, Javier VARGAS, David HERREROS, Estrella FERNÁNDEZ-GIMÉNEZ, Federico DE ISIDRO-GÓMEZ, Jan HORÁČEK, David MYŠKA, Martin HORÁČEK, Pablo CONESA, Yunior FONSECA-REYNA, Jorge JIMÉNEZ, Marta MARTÍNEZ, Mohamad HARASTANI, Slavica JONIĆ, Jiří FILIPOVIČ, Roberto MARABINI, José CARAZO a Carlos SORZANO. Advances in Xmipp for Cryo–Electron Microscopy: From Xmipp to Scipion. Molecules. Mayer und Muller, 2021, roč. 26, č. 20, s. 1-14. ISSN 1420-3049. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.3390/molecules26206224.
      URL
      RIV/00216224:14330/21:00122593 Článek v odborném periodiku. angličtina. Švýcarsko.
      Střelák, David (203 Česká republika, garant, domácí) -- Jiménez-Moreno, Amaya (724 Španělsko) -- Vilas, José (724 Španělsko) -- Ramírez-Aportela, Erney (724 Španělsko) -- Sánchez-García, Ruben (724 Španělsko) -- Maluenda, David (724 Španělsko) -- Vargas, Javier (724 Španělsko) -- Herreros, David (724 Španělsko) -- Fernández-Giménez, Estrella (724 Španělsko) -- de Isidro-Gómez, Federico (724 Španělsko) -- Horáček, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Myška, David (203 Česká republika, domácí) -- Horáček, Martin (203 Česká republika, domácí) -- Conesa, Pablo (724 Španělsko) -- Fonseca-Reyna, Yunior (724 Španělsko) -- Martínez, Marta (724 Španělsko) -- Harastani, Mohamad (250 Francie) -- Jonić, Slavica (250 Francie) -- Filipovič, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Marabini, Roberto (724 Španělsko) -- Carazo, José (724 Španělsko) -- Sorzano, Carlos (724 Španělsko)
      Klíčová slova anglicky: Xmipp; Cryo-EM; Scipion; single-particle analysis
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnil: RNDr. David Střelák, Ph.D., učo 373911. Změněno: 24. 1. 2022 18:04.
    2. HERREROS, David, Roy R LEDERMAN, James KRIEGER, Amaya JIMENEZ-MORENO, Marta MARTINEZ, David MYŠKA, David STŘELÁK, Jiří FILIPOVIČ, Ivet BAHAR, Jose Maria CARAZO a Carlos Oscar S SANCHEZ. Approximating deformation fields for the analysis of continuous heterogeneity of biological macromolecules by 3D Zernike polynomials. International Union of Crystallography Journals. online, 2021, roč. 8, č. 6, s. 992-1005. ISSN 2052-2525. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1107/S2052252521008903.
      URL
      RIV/00216224:14610/21:00122595 Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Herreros, David (724 Španělsko) -- Lederman, Roy R (724 Španělsko) -- Krieger, James (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Jimenez-Moreno, Amaya (724 Španělsko) -- Martinez, Marta (724 Španělsko) -- Myška, David (203 Česká republika, garant, domácí) -- Střelák, David (203 Česká republika, domácí) -- Filipovič, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Carazo, Jose Maria (724 Španělsko) -- Sanchez, Carlos Oscar S (724 Španělsko)
      Klíčová slova anglicky: multi-dimensional scaling (MDS); 3D reconstruction and image processing; single-particle cryo-EM; spherical harmonics; Zernike polynomials; conformations
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnila: Mgr. Alena Mokrá, učo 362754. Změněno: 16. 5. 2022 15:08.
    3. VIŠŇOVSKÝ, Vladimír, Viktória SPIŠAKOVÁ, Jana HOZZOVÁ, Jaroslav OĽHA, Dalibor TRAPL, Vojtěch SPIWOK, Lukáš HEJTMÁNEK a Aleš KŘENEK. Complex simulation workflows in containerized high-performance environment. In Armenia S., Geril P. Proc. ESM 2021. Brusel: EUROSIS, 2021, s. 42-45. ISBN 978-94-92859-18-1.
      Název anglicky: Complex simulation workflows in containerized high-performance environment
      RIV/00216224:14610/21:00119698 Stať ve sborníku. angličtina. Belgie.
      Višňovský, Vladimír (703 Slovensko, domácí) -- Spišaková, Viktória (703 Slovensko, domácí) -- Hozzová, Jana (703 Slovensko, domácí) -- Oľha, Jaroslav (703 Slovensko, domácí) -- Trapl, Dalibor (203 Česká republika) -- Spiwok, Vojtěch (203 Česká republika) -- Hejtmánek, Lukáš (203 Česká republika, domácí) -- Křenek, Aleš (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Docker; Jupyter notebook; Kubernetes; Molecular force field; Protein folding; Reproducibility; Workflow
      Druh sborníku: předkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnila: Mgr. Alena Mokrá, učo 362754. Změněno: 30. 3. 2023 14:31.
    4. DAMBORSKÝ, Jiří, David BEDNÁŘ, Zbyněk PROKOP, Martin MAREK, Stanislav MAZURENKO, Jan ŠTOURAČ, Sérgio Manuel MARQUES, Gabriela Filipa FONSECA PINTO, Joan PLANAS IGLESIAS, Miloš MUSIL, Jiří HON, Ondřej VÁVRA, Rayyan Tariq KHAN, Jiří FILIPOVIČ a Barbora KOZLÍKOVÁ. Computational enzyme design for metabolic engineering. In The 45th FEBS Congress. 2021. ISSN 2211-5463.
      URL
      angličtina.
      Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 26. 7. 2022 11:11.
    5. JIMÉNEZ-MORENO, Amaya, David STŘELÁK, Jiří FILIPOVIČ, José María CARAZO a Carlos Óscar S. SORZANO. DeepAlign, a 3D Alignment Method based on Regionalized Deep Learning for Cryo-EM. Journal of Structural Biology. San Diego,USA: Academic Press, 2021, roč. 213, č. 2, s. "107712", 14 s. ISSN 1047-8477. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.jsb.2021.107712.
      URL
      RIV/00216224:14610/21:00121351 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Jiménez-Moreno, Amaya (724 Španělsko) -- Střelák, David (203 Česká republika, domácí) -- Filipovič, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: 3D alignment; 3D reconstruction; Cryo-EM; Deep learning; Machine learning
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnila: Mgr. Alena Mokrá, učo 362754. Změněno: 12. 4. 2022 16:50.
    6. RAI, A., Matej PIVOLUSKA, Martin PLESCH, S. SASMAL, M. BANIK a S. GHOSH. Device-independent bounds from Cabello's nonlocality argument. Physical review A. New York: The American Physical Society, 2021, roč. 103, č. 6, s. 1-7. ISSN 2469-9926. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1103/PhysRevA.103.062219.
      URL
      RIV/00216224:14610/21:00121949 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Pivoluska, Matej (703 Slovensko, domácí) -- Plesch, Martin (703 Slovensko, domácí)
      Klíčová slova anglicky: non-locality; entanglement
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnil: RNDr. Matej Pivoluska, Ph.D., učo 172459. Změněno: 6. 5. 2022 11:51.
    7. DODA, M., Matej PIVOLUSKA a Martin PLESCH. Choice of mutually unbiased bases and outcome labeling affecting measurement outcome secrecy. Physical review A. New York: The American Physical Society, 2021, roč. 103, č. 3, s. 032206-32213. ISSN 2469-9926. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1103/PhysRevA.103.032206.
      URL
      RIV/00216224:14610/21:00121423 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Pivoluska, Matej (703 Slovensko, garant, domácí) -- Plesch, Martin (703 Slovensko, domácí)
      Klíčová slova anglicky: quantum measurement incompatibility; guessing game
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnil: RNDr. Matej Pivoluska, Ph.D., učo 172459. Změněno: 28. 4. 2022 13:45.
    8. S. SORZANO, Carlos Oscar, Amaya JIMÉNEZ-MORENO, David MALUENDA, Erney RAMÍREZ-APORTELA, Marta MARTÍNEZ, Ana CUERVO, Roberto MELERO, Jose Javier CONESA, Ruben SÁNCHEZ-GARCÍA, David STŘELÁK, Jiří FILIPOVIČ, Estrella FERNÁNDEZ-GIMÉNEZ, Federico DE ISIDRO-GÓMEZ, David HERREROS, Pablo CONESA, Laura DEL CAÑO, Yunior FONSECA, Jorge JIMÉNEZ DE LA MORENA, Jose Ramon MACÍAS, Patricia LOSANA, Roberto MARABINI a Jose-Maria CARAZO. Image Processing in Cryo-Electron Microscopy of Single Particles: The Power of Combining Methods. In Structural Proteomics. Clifton, N.J.: Springer US, 2021, s. 257-289. Methods in Molecular Biology. ISBN 978-1-0716-1405-1. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-1-0716-1406-8_13.
      RIV/00216224:14330/21:00122290 Kapitola resp. kapitoly v odborné knize. angličtina. Spojené státy.
      Střelák, David (203 Česká republika, domácí) -- Filipovič, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Cryo-electron microscopy; Image processing; Scipion; Single particle
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 23. 5. 2022 14:58.
    9. PETROVIČ, Filip, Jiří FILIPOVIČ, David STŘELÁK, Jana HOZZOVÁ a Richard TREMBECKÝ. Kernel Tuning Toolkit 2.0. 2021.
      Kernel Tuning Toolkit
      RIV/00216224:14610/21:00122282 Software. angličtina. Česká republika.
      Petrovič, Filip (703 Slovensko, domácí) -- Filipovič, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí) -- Střelák, David (203 Česká republika, domácí) -- Hozzová, Jana (703 Slovensko, domácí) -- Trembecký, Richard (703 Slovensko, domácí)
      Klíčová slova anglicky: autotuning; OpenCL; CUDA; global optimization

      Změnil: doc. RNDr. Jiří Filipovič, Ph.D., učo 72898. Změněno: 7. 9. 2021 14:29.
    10. NEUMANN, S.P., T. SCHEIDL, M. SELIMOVIC, Matej PIVOLUSKA, B. LIU, M. BOHMANN a R. URSIN. Model for optimizing quantum key distribution with continuous-wave pumped entangled-photon sources. Physical review A. New York: The American Physical Society, 2021, roč. 104, č. 2, s. 022406-22416. ISSN 2469-9926. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1103/PhysRevA.104.022406.
      URL
      RIV/00216224:14610/21:00122150 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Pivoluska, Matej (703 Slovensko, domácí)
      Klíčová slova anglicky: quantum key distribution; entanglement; continuous wave sources
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnila: Mgr. Alena Mokrá, učo 362754. Změněno: 28. 4. 2022 11:16.
    11. HU, X.M., C. ZHANG, Y. GUO, F.X. WANG, W.B. XING, C.X. HUANG, B.H. LIU, Y.F. HUANG, C.F. LI, G.C. GUO, X.Q. GAO, Matej PIVOLUSKA a M. HUBER. Pathways for Entanglement-Based Quantum Communication in the Face of High Noise. Physical Review Letters. COLLEGE PK: The American Physical Society, 2021, roč. 127, č. 11, s. 1-7. ISSN 0031-9007. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1103/PhysRevLett.127.110505.
      URL
      RIV/00216224:14610/21:00122861 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Pivoluska, Matej (703 Slovensko, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: quantum key distribution; entanglement; qudits
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnil: RNDr. Matej Pivoluska, Ph.D., učo 172459. Změněno: 28. 4. 2022 13:45.
    12. DODA, M., M. HUBER, G. MURTA, Matej PIVOLUSKA, Martin PLESCH a C. VLACHOU. Quantum Key Distribution Overcoming Extreme Noise: Simultaneous Subspace Coding Using High-Dimensional Entanglement. PHYSICAL REVIEW APPLIED. COLLEGE PK: AMER PHYSICAL SOC, 2021, roč. 15, č. 3, s. 034003-34017. ISSN 2331-7019. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1103/PhysRevApplied.15.034003.
      URL
      RIV/00216224:14610/21:00121422 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Pivoluska, Matej (703 Slovensko, garant, domácí) -- Plesch, Martin (703 Slovensko, domácí)
      Klíčová slova anglicky: quantum key distribution; qudits
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnil: RNDr. Matej Pivoluska, Ph.D., učo 172459. Změněno: 13. 4. 2022 13:40.
    13. RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO, José Gaspar, Ondřej VÁVRA, Sérgio Manuel MARQUES, Jiří FILIPOVIČ, David BEDNÁŘ a Jiří DAMBORSKÝ. Screening of world approved drugs against highly dynamical spike glycoprotein of SARS-CoV-2 using CaverDock and machine learning. Computational and Structural Biotechnology Journal. Amsterdam: Elsevier, 2021, roč. 19, May, s. 3187-3197. ISSN 2001-0370. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.csbj.2021.05.043.
      URL
      RIV/00216224:14310/21:00119270 Článek v odborném periodiku. angličtina. Nizozemské království.
      Rangel Pamplona Pizarro Pinto, José Gaspar (620 Portugalsko, domácí) -- Vávra, Ondřej (203 Česká republika, domácí) -- Marques, Sérgio Manuel (620 Portugalsko, domácí) -- Filipovič, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: CaverDock; CaverWeb; Protein dynamics; Machine learning; Tunnel; Virtual screening
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 15. 2. 2023 23:29.
    14. HOZZOVÁ, Jana, Jiří FILIPOVIČ, Amin NEZARAT, Jaroslav OĽHA a Filip PETROVIČ. Searching CUDA code autotuning spaces with hardware performance counters: data from benchmarks running on various GPU architectures. Data in Brief. Elsevier, 2021, roč. 39, December, s. 1-12. ISSN 2352-3409. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.dib.2021.107631.
      URL
      RIV/00216224:14610/21:00123013 Článek v odborném periodiku. angličtina. Nizozemské království.
      Hozzová, Jana (703 Slovensko, domácí) -- Filipovič, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí) -- Nezarat, Amin (364 Írán, domácí) -- Oľha, Jaroslav (703 Slovensko, domácí) -- Petrovič, Filip (703 Slovensko, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Auto-tuning; Tuning spaces; Performance counters; CUDA
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnil: doc. RNDr. Jiří Filipovič, Ph.D., učo 72898. Změněno: 2. 2. 2022 14:05.
    15. PIVOLUSKA, Matej, Martin PLESCH, M. FARKAS, Natália RUŽIČKOVÁ, C. FLEGEL, N.H. VALENCIA, W. MCCUTCHEON, M. MALIK a EA AGUILAR. Semi-device-independent random number generation with flexible assumptions. NPJ QUANTUM INFORMATION. BERLIN: NATURE RESEARCH, 2021, roč. 7, č. 1, s. 1-12. ISSN 2056-6387. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1038/s41534-021-00387-1.
      URL
      RIV/00216224:14610/21:00118911 Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Pivoluska, Matej (703 Slovensko, garant, domácí) -- Plesch, Martin (703 Slovensko, domácí) -- Ružičková, Natália (703 Slovensko)
      Klíčová slova anglicky: random number generation; QRNG
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnil: RNDr. Matej Pivoluska, Ph.D., učo 172459. Změněno: 1. 4. 2021 10:25.
    16. HOZZOVÁ, Jana, Ondřej VÁVRA, David BEDNÁŘ a Jiří FILIPOVIČ. Simulation of Ligand Transport in Receptors Using CaverDock. In Flavio Ballante. Protein-Ligand Interactions and Drug Design. New York: Humana, New York, NY, 2021, s. 105-124. Methods in Molecular Biology, vol 2266. ISBN 978-1-0716-1208-8. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-1-0716-1209-5_6.
      URL
      RIV/00216224:14610/21:00118914 Kapitola resp. kapitoly v odborné knize. angličtina. Spojené státy.
      Hozzová, Jana (703 Slovensko, domácí) -- Vávra, Ondřej (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Filipovič, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Tunnel analysis; Ligand transport; Molecular docking; Drug design; Enzyme engineering; Ligand screening
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 9. 9. 2021 15:31.
    17. 4D-GRAPHS (software)
      BRÁZDIL, Tomáš, David PORTEŠ, Jiří FILIPOVIČ, Jana HOZZOVÁ, Thomas EVANGELIDIS a Konstantinos TRIPSIANES. 4D-GRAPHS. 2021.
      URL
      Název česky: 4D-GRAPHS
      RIV/00216224:14330/21:00121312 Software. angličtina. Česká republika.
      Brázdil, Tomáš (203 Česká republika, garant, domácí) -- Porteš, David (203 Česká republika, domácí) -- Filipovič, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Hozzová, Jana (703 Slovensko, domácí) -- Evangelidis, Thomas (300 Řecko, domácí) -- Tripsianes, Konstantinos (300 Řecko, domácí)
      Klíčová slova anglicky: NMR; NOESY; assignment
      Mezinárodní význam: ano

      Změnil: doc. RNDr. Jiří Filipovič, Ph.D., učo 72898. Změněno: 8. 6. 2021 15:15.

    2020

    1. PETROVIČ, Filip, David STŘELÁK, Jana HOZZOVÁ, Jaroslav OĽHA, Richard TREMBECKÝ, Siegfried BENKNER a Jiří FILIPOVIČ. A benchmark set of highly-efficient CUDA and OpenCL kernels and its dynamic autotuning with Kernel Tuning Toolkit. Future Generation Computer Systems. Elsevier, 2020, roč. 108, July, s. 161-177. ISSN 0167-739X. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.future.2020.02.069.
      URL
      Název česky: Sada benchmarků vysoce efektivních CUDA a OpenCL kernelů a její dynamický autotuning za pomocí Kernel Tuning Toolkit
      RIV/00216224:14610/20:00115375 Článek v odborném periodiku. angličtina. Nizozemské království.
      Petrovič, Filip (703 Slovensko, domácí) -- Střelák, David (203 Česká republika, domácí) -- Hozzová, Jana (703 Slovensko, domácí) -- Oľha, Jaroslav (703 Slovensko, domácí) -- Trembecký, Richard (703 Slovensko, domácí) -- Benkner, Siegfried (40 Rakousko) -- Filipovič, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Dynamic autotuning; OpenCL; CUDA; Performance optimization; Autotuning benchmark set
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnila: Mgr. Alena Mokrá, učo 362754. Změněno: 25. 3. 2021 10:45.
    2. REBOK, Tomáš, Michal BATKO, Milan ČERMÁK, Martin DRAŠAR, Daniel TOVARŇÁK, Pavel ZEZULA, Martin MACÁK, Matúš GUOTH, Matej BABEJ, Dávid BRILLA a Martin KAŽIMÍR. ANALYZA – Datový sklad. 2020.
      ANALYZA – Datový sklad
      Název anglicky: ANALYZA – Dara Warehouse
      RIV/00216224:14610/20:00114823 Software. čeština. Česká republika.
      Rebok, Tomáš (203 Česká republika, garant, domácí) -- Batko, Michal (203 Česká republika, domácí) -- Čermák, Milan (203 Česká republika, domácí) -- Drašar, Martin (203 Česká republika, domácí) -- Tovarňák, Daniel (203 Česká republika, domácí) -- Zezula, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Macák, Martin (703 Slovensko, domácí) -- Guoth, Matúš (703 Slovensko) -- Babej, Matej (703 Slovensko, domácí) -- Brilla, Dávid (703 Slovensko, domácí) -- Kažimír, Martin (703 Slovensko, domácí)
      Klíčová slova anglicky: data warehouse; ANALYZA
      Mezinárodní význam: ano

      Změnil: Bc. Vít Eichler, učo 481109. Změněno: 3. 6. 2021 07:18.
    3. REBOK, Tomáš, Michal BATKO, Milan ČERMÁK, Martin DRAŠAR, Jarešová MIROSLAVA, Barbora KOZLÍKOVÁ, Kristína ZÁKOPČANOVÁ, Pavel ZEZULA, Katarína FURMANOVÁ, Marko ŘEHÁČEK, Jozef BÁTRNA a Daniel PLAKINGER. ANALYZA – Vizualizační komponenta – Visilant. 2020.
      ANALYZA – Vizualizační komponenta – Visilant
      Název anglicky: ANALYZA – Visualization Component – Visilant
      RIV/00216224:14610/20:00114825 Software. čeština. Česká republika.
      Rebok, Tomáš (203 Česká republika, garant, domácí) -- Batko, Michal (203 Česká republika, domácí) -- Čermák, Milan (203 Česká republika, domácí) -- Drašar, Martin (203 Česká republika, domácí) -- Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, domácí) -- Zákopčanová, Kristína (203 Česká republika, domácí) -- Zezula, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Furmanová, Katarína (703 Slovensko, domácí) -- Řeháček, Marko (703 Slovensko, domácí) -- Bátrna, Jozef (703 Slovensko, domácí) -- Plakinger, Daniel (703 Slovensko, domácí)
      Klíčová slova anglicky: visualization; ANALYZA; Visilant

      Změnil: RNDr. Tomáš Rebok, Ph.D., učo 39685. Změněno: 29. 4. 2021 14:17.
    4. REBOK, Tomáš, Michal BATKO, Milan ČERMÁK, Barbora KOZLÍKOVÁ, Vladimír MÍČ, Filip NÁLEPA, David NOVÁK, Daniel TOVARŇÁK, Pavel ZEZULA, Jakub PESCHEL, Kasanič DENIS, Denisa ŠRÁMKOVÁ, Erik HRICIŠÁK, Vladimír LAZÁRIK a Kristián GUTIČ. ANALYZA – Výpočetní a orchestrační subsystém. 2020.
      ANALYZA – Výpočetní a orchestrační subsystém
      Název anglicky: ANALYZA – Computation and Orchestration Subsystem
      RIV/00216224:14610/20:00114824 Software. čeština. Česká republika.
      Rebok, Tomáš (203 Česká republika, garant, domácí) -- Batko, Michal (203 Česká republika, domácí) -- Čermák, Milan (203 Česká republika, domácí) -- Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, domácí) -- Míč, Vladimír (203 Česká republika, domácí) -- Nálepa, Filip (203 Česká republika) -- Novák, David (203 Česká republika) -- Tovarňák, Daniel (203 Česká republika, domácí) -- Zezula, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Peschel, Jakub (203 Česká republika, domácí) -- Denis, Kasanič (703 Slovensko) -- Šrámková, Denisa (203 Česká republika, domácí) -- Hricišák, Erik (703 Slovensko, domácí) -- Lazárik, Vladimír (703 Slovensko, domácí) -- Gutič, Kristián (703 Slovensko, domácí)
      Klíčová slova anglicky: orchestrator; ANALYZA

      Změnil: RNDr. Vladimír Míč, Ph.D., učo 359890. Změněno: 11. 3. 2021 03:09.
    5. FILIPOVIČ, Jiří, Ondřej VÁVRA, Jan PLHÁK, David BEDNÁŘ, Sérgio Manuel MARQUES, Jan BREZOVSKÝ, Luděk MATYSKA a Jiří DAMBORSKÝ. CaverDock: A Novel Method for the Fast Analysis of Ligand Transport. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. Los Alamitos: IEEE Computer Society, 2020, roč. 17, č. 5, s. 1625-1638. ISSN 1545-5963. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/TCBB.2019.2907492.
      URL
      Název česky: CaverDock: nová metoda pro rychlou analýzu transportu ligandu
      RIV/00216224:14610/20:00115044 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Filipovič, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí) -- Vávra, Ondřej (203 Česká republika, domácí) -- Plhák, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Marques, Sérgio Manuel (620 Portugalsko, domácí) -- Brezovský, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Matyska, Luděk (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: molecular docking; tunnel analysis; ligand transport; drug design; numerical optimization; restrained force field; volume discretization
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 17. 2. 2023 20:52.
    6. HU, Xiao-Min, WB. XING, C. ZHANG, BH. LIU, Matej PIVOLUSKA, M. HUBER, YF. HUANG, CF. LI a GC. GUO. Experimental creation of multi-photon high-dimensional layered quantum states. NPJ QUANTUM INFORMATION. BERLIN: NATURE RESEARCH, 2020, roč. 6, č. 1, s. 1-5. ISSN 2056-6387. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1038/s41534-020-00318-6.
      article web page
      RIV/00216224:14610/20:00114454 Článek v odborném periodiku. angličtina. Německo.
      Pivoluska, Matej (703 Slovensko, domácí)
      Klíčová slova anglicky: layered quantum key distribution; quantum optics
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnil: RNDr. Matej Pivoluska, Ph.D., učo 172459. Změněno: 26. 3. 2021 14:57.
    7. OĽHA, Jaroslav, Jana HOZZOVÁ, Jan FOUSEK a Jiří FILIPOVIČ. Exploiting historical data: Pruning autotuning spaces and estimating the number of tuning steps. CONCURRENCY AND COMPUTATION-PRACTICE & EXPERIENCE. HOBOKEN: WILEY, 2020, roč. 32, č. 21, s. 1-15. ISSN 1532-0626. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1002/cpe.5962.
      URL
      RIV/00216224:14610/20:00116267 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Oľha, Jaroslav (703 Slovensko, garant, domácí) -- Hozzová, Jana (703 Slovensko, domácí) -- Fousek, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Filipovič, Jiří (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: autotuning; prediction of tuning cost; sensitivity analysis; tuning space pruning
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnil: Mgr. Michal Petr, učo 65024. Změněno: 30. 8. 2022 14:20.
    8. KŘENEK, Aleš, Jana HOZZOVÁ, Jaroslav OĽHA, Dalibor TRAPL a Vojtěch SPIWOK. Exploring Protein Folding Space with Neural Network Guided Simulations. In Alexandre Nketsa. MODELLING AND SIMULATION 2020. Brusel: EUROSIS-ETI, 2020, s. 305-309. ISBN 978-94-92859-12-9.
      program konference
      Název česky: Prohledávání prostoru foldování proteinů simulacemí řízenými neuronovou sítí
      Název anglicky: Exploring Protein Folding Space with Neural Network Guided Simulations
      RIV/00216224:14610/20:00114384 Stať ve sborníku. angličtina. Belgie.
      Křenek, Aleš (203 Česká republika, garant, domácí) -- Hozzová, Jana (703 Slovensko, domácí) -- Oľha, Jaroslav (703 Slovensko, domácí)
      Klíčová slova anglicky: metadyamic; protein folding; netural network
      Druh sborníku: předkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnila: Mgr. Alena Mokrá, učo 362754. Změněno: 29. 4. 2021 10:58.
    9. STŘELÁK, David, Jiří FILIPOVIČ, Amaya JIMÉNEZ-MORENO, Jose María CARAZO a Carlos Óscar SÁNCHEZ SORZANO. FlexAlign: An Accurate and Fast Algorithm for Movie Alignment in Cryo-Electron Microscopy. Electronics. Switzerland: MDPI, 2020, roč. 9, č. 6, s. 1-25. ISSN 2079-9292. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.3390/electronics9061040.
      URL
      RIV/00216224:14610/20:00116269 Článek v odborném periodiku. angličtina. Švýcarsko.
      Střelák, David (203 Česká republika, garant, domácí) -- Filipovič, Jiří (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: cryo-em; movie alignment; acceleration; gpu; flexalign; cuda; autotuning; cufft; cufftadvisor
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnil: RNDr. David Střelák, Ph.D., učo 373911. Změněno: 13. 11. 2020 12:14.
    10. VALENCIA, N.H., V. SRIVASTAV, Matej PIVOLUSKA, M. HUBER, N. FRIIS, W. MCCUTCHEON a M. MALIK. High-Dimensional Pixel Entanglement: Efficient Generation and Certification. QUANTUM. WIEN: VEREIN FORDERUNG OPEN ACCESS PUBLIZIERENS QUANTENWISSENSCHAF, 2020, roč. 4, December, s. 376-394. ISSN 2521-327X. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.22331/q-2020-12-24-376.
      URL
      RIV/00216224:14610/20:00118176 Článek v odborném periodiku. angličtina. Rakousko.
      Pivoluska, Matej (703 Slovensko, domácí)
      Klíčová slova anglicky: entanglement; qudits
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnil: RNDr. Matej Pivoluska, Ph.D., učo 172459. Změněno: 19. 4. 2021 22:18.
    11. FRIÁK, Martin, Dušan LAGO, Nikola KOUTNÁ, David HOLEC, Tomáš REBOK a Mojmír ŠOB. Multi-phase ELAStic Aggregates (MELASA) software tool for modeling anisotropic elastic properties of lamellar composites. Computer Physics Communications. Amsterdam: Elsevier, 2020, roč. 247, FEB 2020, s. 1-9. ISSN 0010-4655. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.cpc.2019.106863.
      URL URL
      RIV/00216224:14610/20:00113974 Článek v odborném periodiku. angličtina. Nizozemské království.
      Friák, Martin (203 Česká republika, garant) -- Lago, Dušan (703 Slovensko, domácí) -- Koutná, Nikola (203 Česká republika, domácí) -- Holec, David (203 Česká republika) -- Rebok, Tomáš (203 Česká republika, domácí) -- Šob, Mojmír (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: composites; elasticity; anisotropy; superlattices; coherency; web application
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 10. 8. 2023 09:57.

    2019

    1. VODÁK, Rostislav, Michal BÍL, Tomáš SVOBODA, Zuzana KŘIVÁNKOVÁ, Jan KUBEČEK, Tomáš REBOK a Petr HLINĚNÝ. A deterministic approach for rapid identification of the critical links in networks. PLOS ONE. United States: Public Library of Science, 2019, roč. 14, č. 7, s. 1-18. ISSN 1932-6203. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0219658.
      URL URL
      RIV/00216224:14610/19:00110256 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Vodák, Rostislav (203 Česká republika) -- Bíl, Michal (203 Česká republika, garant) -- Svoboda, Tomáš (203 Česká republika, domácí) -- Křivánková, Zuzana (203 Česká republika) -- Kubeček, Jan (203 Česká republika) -- Rebok, Tomáš (203 Česká republika, domácí) -- Hliněný, Petr (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: road networks; road network disruptions; road traffic collisions; transportation; graph algorithms
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnil: RNDr. Tomáš Rebok, Ph.D., učo 39685. Změněno: 23. 8. 2022 15:24.
    2. STŘELÁK, David, Carlos Óscar S. SORZANO, José María CARAZO a Jiří FILIPOVIČ. A GPU acceleration of 3-D Fourier reconstruction in cryo-EM. The International Journal of High Performance Computing Applications. SAGE Publishing, 2019, roč. 33, č. 5, s. 948-959. ISSN 1094-3420. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1177/1094342019832958.
      URL
      Název česky: GPU akcelerace 3D Fourierovy rekonstrukce v cryo-EM
      RIV/00216224:14610/19:00109272 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Střelák, David (203 Česká republika, domácí) -- Filipovič, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Cryo-EM; GPU; CUDA; 3-D Fourier reconstruction; auto-tuning
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnil: doc. RNDr. Jiří Filipovič, Ph.D., učo 72898. Změněno: 6. 4. 2020 20:44.
    3. REBOK, Tomáš. Big Data - overview, basic concepts and practical use in research. In Alliance4Life 5th project meeting. 2019.
      Název česky: Big Data - přehled, základní koncepty a praktické využití ve výzkumu
      RIV/00216224:14610/19:00110866 Vyžádané přednášky. angličtina. Litva.
      Rebok, Tomáš (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Big Data
      Druh účasti: vyžádaná přednáška
      Mezinárodní význam: ano

      Změnil: RNDr. Tomáš Rebok, Ph.D., učo 39685. Změněno: 3. 10. 2019 13:12.
    4. ŠTOURAČ, Jan, O. VAVRA, Piia Pauliina KOKKONEN, Jiří FILIPOVIČ, Gabriela Filipa FONSECA PINTO, Andrea SCHENKMAYEROVÁ, Jiří DAMBORSKÝ a David BEDNÁŘ. Caver web: identification of tunnels and channels in proteins and analysis of ligand transport. In European Biotechnology Congress. 2019. ISSN 0168-1656. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.jbiotec.2019.05.251.
      URL
      RIV/00216224:14310/19:00113698 Konferenční abstrakt. angličtina. Nizozemské království.
      Štourač, Jan (203 Česká republika, garant, domácí) -- Kokkonen, Piia Pauliina (246 Finsko, domácí) -- Filipovič, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Fonseca Pinto, Gabriela Filipa (620 Portugalsko) -- Schenkmayerová, Andrea (703 Slovensko) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Caver web

      Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 20. 4. 2020 19:44.
    5. ŠTOURAČ, Jan, Ondřej VÁVRA, Piia Pauliina KOKKONEN, Jiří FILIPOVIČ, José Gaspar RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO, Jan BREZOVSKÝ, Jiří DAMBORSKÝ a David BEDNÁŘ. Caver Web 1.0: identification of tunnels and channels in proteins and analysis of ligand transport. Nucleic acids research. Oxford: Oxford University Press, 2019, roč. 47, W1, s. 414-422. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/nar/gkz378.
      Full Text
      Název česky: Caver Web 1.0: identifikace tunelů a kanálů v proteinech a analýza transportu ligandu
      RIV/00216224:14310/19:00110115 Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Štourač, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Vávra, Ondřej (203 Česká republika, domácí) -- Kokkonen, Piia Pauliina (246 Finsko, domácí) -- Filipovič, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Rangel Pamplona Pizarro Pinto, José Gaspar (620 Portugalsko, domácí) -- Brezovský, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: BINDING; STABILITY; MECHANISM; MYOGLOBIN; MIGRATION; DYNAMICS; KINETICS; PATHWAY; ENZYMES; SERVER
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 15. 2. 2023 22:14.
    6. VÁVRA, Ondřej, Jiří FILIPOVIČ, Jan PLHÁK, David BEDNÁŘ, Sérgio Manuel MARQUES, Jan BREZOVSKÝ, Jan ŠTOURAČ, Luděk MATYSKA a Jiří DAMBORSKÝ. CaverDock: a molecular docking-based tool to analyse ligand transport through protein tunnels and channels. Bioinformatics. Oxford: Oxford University Press, 2019, roč. 35, č. 23, s. 4986-4993. ISSN 1367-4803. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btz386.
      Full Text
      Název česky: CaverDock: na molekulovém dokingu založený nástroj k analýze transportu ligandu skrz tunely a kanály v proteinech
      RIV/00216224:14310/19:00110114 Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Vávra, Ondřej (203 Česká republika, domácí) -- Filipovič, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí) -- Plhák, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Marques, Sérgio Manuel (620 Portugalsko, domácí) -- Brezovský, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Štourač, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Matyska, Luděk (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: HALOALKANE DEHALOGENASE LINB; ENERGY LANDSCAPE; ACTIVE-SITE; DYNAMICS; MECHANISM; BINDING; RECOGNITION; KINETICS
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 15. 2. 2023 22:12.
    7. OĽHA, Jaroslav, Jana HOZZOVÁ, Jan FOUSEK a Jiří FILIPOVIČ. Exploiting historical data: pruning autotuning spaces and estimating the number of tuning steps. In Ulrich Schwardmann, Christian Boehme, Dora B. Heras, Valeria Cardellini, Emmanuel Jeannot, Antonio Salis, Claudio Schifanella, Ravi Reddy Manumachu, Dieter Schwamborn, Laura Ricci, Oh Sangyoon, Thomas Gruber, Laura Antonelli, Stephen L. Scott. Lecture Notes in Computer Science. Cham, Switzerland: Springer, Cham, 2019, s. 295-307. ISBN 978-3-030-48339-5. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-030-48340-1_23.
      Název česky: Využití historických dat: prořezávání prostorů v autotuningu a odhad počtu tunících kroků
      RIV/00216224:14610/19:00115100 Stať ve sborníku. angličtina. Švýcarsko.
      Oľha, Jaroslav (703 Slovensko, domácí) -- Hozzová, Jana (703 Slovensko, domácí) -- Fousek, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Filipovič, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Autotuning; prediction of tuning cost; tuning space pruning; sensitivity analysis
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 16. 8. 2023 15:53.
    8. RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO, José Gaspar, Ondřej VÁVRA, Jiří FILIPOVIČ, Jan ŠTOURAČ, David BEDNÁŘ a Jiří DAMBORSKÝ. Fast Screening of Inhibitor Binding/Unbinding using Novel Software Tool CaverDock. FRONTIERS IN CHEMISTRY. LAUSANNE: FRONTIERS MEDIA SA, 2019, roč. 7, OCT 29 2019, s. 1-14. ISSN 2296-2646. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.3389/fchem.2019.00709.
      Full Text
      RIV/00216224:14310/19:00111903 Článek v odborném periodiku. angličtina. Švýcarsko.
      Rangel Pamplona Pizarro Pinto, José Gaspar (620 Portugalsko, domácí) -- Vávra, Ondřej (203 Česká republika, domácí) -- Filipovič, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Štourač, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: binding; docking; channel; unbinding; virtual screening; inhibitors; substrates; tunnel
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 15. 2. 2023 22:25.
    9. ČELEDA, Pavel, Jakub ČEGAN, Martin DRAŠAR, Ivo NUTÁR, Jiří RÁJA, Tomáš REBOK, Andrej TOMČI a Daniel TOVARŇÁK. Nástroje pro ověřování bezpečnosti SW/HW a simulaci útoků na prvky kritické informační infrastruktury. 2019.
      Tools for verification of SW/HW security and simulation of attacks on critical information infrastructure
      Název anglicky: Tools for verification of SW/HW security and simulation of attacks on critical information infrastructure
      RIV/00216224:14610/19:00108318 Software. angličtina. Česká republika.
      Čeleda, Pavel (203 Česká republika, garant, domácí) -- Čegan, Jakub (203 Česká republika, domácí) -- Drašar, Martin (203 Česká republika, domácí) -- Nutár, Ivo (703 Slovensko, domácí) -- Rája, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Rebok, Tomáš (203 Česká republika) -- Tomči, Andrej (703 Slovensko, domácí) -- Tovarňák, Daniel (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: attack scenario; automation; red team; cryton; cyber defense exercise; breach and attack simulation

      Změnil: Mgr. Ing. Jakub Čegan, učo 208114. Změněno: 16. 3. 2020 15:23.
    10. ČELEDA, Pavel, Jakub ČEGAN, Kamil ANDONIADIS, Milan ČERMÁK, Jan DUDA, Vlastimil HOLER, Ľuboš HYŽÁK, Boris JADUŠ, Jakub KADAŠI, David LEŠKA, Martin MACHÁČ, Ivo NUTÁR, Radek OŠLEJŠEK, Dominik PILÁR, Tomáš PLESNÍK, Michal PROCHÁZKA, Tomáš REBOK, Vít RUSŇÁK, Miloslav STANĚK, Pavel ŠEDA, Valdemar ŠVÁBENSKÝ, Daniel TOVARŇÁK, Petr VELAN, Martin VIZVÁRY, Jan VYKOPAL a Tatiana ZBONČÁKOVÁ. Software pro simulaci obecných i kritických informačních infrastruktur. 2019.
      Software for simulation of generic and critical information infrastructures
      Název anglicky: Software for simulation of generic and critical information infrastructures
      RIV/00216224:14610/19:00108316 Software. angličtina. Česká republika.
      Čeleda, Pavel (203 Česká republika, garant, domácí) -- Čegan, Jakub (203 Česká republika, domácí) -- Andoniadis, Kamil (203 Česká republika, domácí) -- Čermák, Milan (203 Česká republika, domácí) -- Duda, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Holer, Vlastimil (203 Česká republika, domácí) -- Hyžák, Ľuboš (703 Slovensko, domácí) -- Jaduš, Boris (703 Slovensko, domácí) -- Kadaši, Jakub (703 Slovensko, domácí) -- Leška, David (203 Česká republika, domácí) -- Macháč, Martin (203 Česká republika, domácí) -- Nutár, Ivo (703 Slovensko, domácí) -- Ošlejšek, Radek (203 Česká republika, domácí) -- Pilár, Dominik (703 Slovensko, domácí) -- Plesník, Tomáš (203 Česká republika, domácí) -- Procházka, Michal (203 Česká republika, domácí) -- Rebok, Tomáš (203 Česká republika, domácí) -- Rusňák, Vít (203 Česká republika, domácí) -- Staněk, Miloslav (203 Česká republika, domácí) -- Šeda, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Švábenský, Valdemar (703 Slovensko, domácí) -- Tovarňák, Daniel (203 Česká republika, domácí) -- Velan, Petr (203 Česká republika, domácí) -- Vizváry, Martin (703 Slovensko, domácí) -- Vykopal, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Zbončáková, Tatiana (703 Slovensko, domácí)
      Klíčová slova anglicky: OpenNebula; OpenStack; cyber defense excercise; cyber training; cloud; cyber range; cyber range platform

      Změnil: Mgr. Ing. Jakub Čegan, učo 208114. Změněno: 20. 3. 2020 09:52.

    2018

    1. PAZÚRIKOVÁ, Jana, Jaroslav OĽHA, Aleš KŘENEK a Vojtěch SPIWOK. Acceleration of Mean Square Distance Calculations with Floating Close Structure in Metadynamics Simulations. arXiv, 2018, 22 s. arXiv:1801.02362.
      URL
      Název česky: Zrychlení výpočtů průměrných čtvercových vzdáleností s pohyblivou blízkou strukturou v metydynamických simulacích

      Klíčová slova anglicky: approximation, acceleration, molecular dynamics simulation, metadynamics
      Mezinárodní význam: ano

      Změnila: Ing. Jana Hozzová, Ph.D., učo 411498. Změněno: 28. 1. 2019 09:55.
    2. cuFFTAdvisor (software)
      STŘELÁK, David a Jiří FILIPOVIČ. cuFFTAdvisor. 2018.
      URL
      Název česky: cuFFTAdvisor
      Název anglicky: cuFFTAdvisor
      RIV/00216224:14610/18:00103881 Software. angličtina. Česká republika.
      Střelák, David (203 Česká republika, domácí) -- Filipovič, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: cuFFT; autotuning
      Mezinárodní význam: ano

      Změnil: doc. RNDr. Jiří Filipovič, Ph.D., učo 72898. Změněno: 28. 1. 2019 10:01.
    3. PETROVIČ, Filip, Jiří FILIPOVIČ, David STŘELÁK a Jana PAZÚRIKOVÁ. Kernel Tuning Toolkit. 2018.
      Kernel Tuning Toolkit
      Název česky: Kernel Tuning Toolkit
      Název anglicky: Kernel Tuning Toolkit
      RIV/00216224:14610/18:00102106 Software. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Petrovič, Filip (703 Slovensko, domácí) -- Filipovič, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí) -- Střelák, David (203 Česká republika, domácí) -- Pazúriková, Jana (703 Slovensko, domácí)
      Klíčová slova anglicky: autotuning; OpenCL; CUDA; global optimization
      Mezinárodní význam: ano

      Změnila: Ing. Jana Hozzová, Ph.D., učo 411498. Změněno: 28. 1. 2019 09:55.
    4. PIVOLUSKA, Matej, Marcus HUBER a Mehul MALIK. Layered quantum key distribution. Physical Review A. 2018, roč. 97, č. 3, s. "032312:1"-"032312:10", 10 s. ISSN 2469-9926. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1103/PhysRevA.97.032312.
      URL
      Název anglicky: Layered quantum key distribution
      RIV/00216224:14610/18:00100863 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Pivoluska, Matej (703 Slovensko, garant, domácí) -- Huber, Marcus (40 Rakousko) -- Malik, Mehul (356 Indie)
      Klíčová slova anglicky: quantum key distribution; high dimensional entanglement
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnil: RNDr. Matej Pivoluska, Ph.D., učo 172459. Změněno: 9. 4. 2019 16:48.
    5. PLESCH, Martin a Matej PIVOLUSKA. Loss of information in quantum guessing game. New Journal of Physics. IOP publishing, 2018, roč. 20, 07 02 2018, s. "023018:1"-"023018:10", 10 s. ISSN 1367-2630. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1088/1367-2630/aaa5f8.
      URL
      Název anglicky: Loss of information in quantum guessing game
      RIV/00216224:14610/18:00100814 Článek v odborném periodiku. angličtina. Německo.
      Plesch, Martin (703 Slovensko, garant, domácí) -- Pivoluska, Matej (703 Slovensko, domácí)
      Klíčová slova anglicky: measurement problem; quantum guessing game; measurement incompatibility
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnila: Mgr. Alena Mokrá, učo 362754. Změněno: 10. 4. 2019 13:41.
    6. BAVARESCO, Jessica, Natalia Herrera VALENCIA, Claude KLÖCKL, Matej PIVOLUSKA, Paul ERKER, Nicolai FRIIS, Mehul MALIK a Marcus HUBER. Measurements in two bases are sufficient for certifying high-dimensional entanglement. Nature Physics. Nature Publishing Group, 2018, roč. 14, č. 10, s. 1032-1040. ISSN 1745-2473. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1038/s41567-018-0203-z.
      URL
      Název anglicky: Measurements in two bases are sufficient for certifying high-dimensional entanglement
      RIV/00216224:14610/18:00101275 Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Klöckl, Claude (40 Rakousko, domácí) -- Pivoluska, Matej (703 Slovensko, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: QUANTUM; GENERATION; STATE; 2-PHOTON; THEOREM
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnila: Mgr. Alena Mokrá, učo 362754. Změněno: 14. 2. 2019 15:49.
    7. STŘELÁK, David a Jiří FILIPOVIČ. Performance analysis and autotuning setup of the cuFFT library. Online. In ACM International Conference Proceeding Series. Limassol, Cyprus: ACM, 2018, s. nestránkováno, 6 s. ISBN 978-1-4503-6591-8. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1145/3295816.3295817.
      URL
      Název česky: Analýza výkonu a autotuning nastavení knihovny cuFFT
      Název anglicky: Performance analysis and autotuning setup of the cuFFT library
      RIV/00216224:14610/18:00106596 Stať ve sborníku. angličtina. Spojené státy.
      Střelák, David (203 Česká republika, domácí) -- Filipovič, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: cuFFT; GPU; autotuning; performance analysis; cuFFTAdvisor
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnil: Mgr. Michal Petr, učo 65024. Změněno: 27. 4. 2020 22:59.

    2017

    1. FILIPOVIČ, Jiří, Filip PETROVIČ a Siegfried BENKNER. Autotuning of OpenCL Kernels with Global Optimizations. Online. In 1st Workshop on Autotuning and Adaptivity Approaches for Energy Efficient HPC Systems (ANDARE'2017). Portland (USA): ACM, 2017, s. nestránkováno, 6 s. ISBN 978-1-4503-5363-2. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1145/3152821.3152877.
      URL
      Název česky: Autotuning OpenCL kernelů s globálními optimalizacemi
      Název anglicky: Autotuning of OpenCL Kernels with Global Optimizations
      RIV/00216224:14610/17:00098442 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Spojené státy.
      Filipovič, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí) -- Petrovič, Filip (703 Slovensko, domácí) -- Benkner, Siegfried (40 Rakousko)
      Klíčová slova anglicky: autotuning; OpenCL; CUDA; global optimization
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnil: doc. RNDr. Jiří Filipovič, Ph.D., učo 72898. Změněno: 5. 4. 2018 17:51.
    2. CaverDock 1.0 (software)
      URL
      Název česky: CaverDock 1.0
      Název anglicky: CaverDock 1.0
      RIV/00216224:14610/17:00098438 Software. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Filipovič, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Vávra, Ondřej (203 Česká republika, domácí) -- Plhák, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Marques, Sérgio Manuel (620 Portugalsko, domácí) -- Brezovský, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Matyska, Luděk (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: CaverDock;transport processes in proteins
      Mezinárodní význam: ano

      Změnil: prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr., učo 1441. Změněno: 1. 3. 2019 11:24.
    3. PAZÚRIKOVÁ, Jana, Aleš KŘENEK, Vojtěch SPIWOK a Mária ŠIMKOVÁ. Reducing the number of mean-square deviation calculations with floating close structure in metadynamics. Journal of Chemical Physics. Melville: American Institute of Physics, 2017, roč. 146, č. 11, s. "115101:1"-"115101:8", 8 s. ISSN 0021-9606. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1063/1.4978296.
      URL
      RIV/00216224:14610/17:00094853 Článek v odborném periodiku. Informatika. angličtina. Spojené státy.
      Pazúriková, Jana (703 Slovensko, garant, domácí) -- Křenek, Aleš (203 Česká republika, domácí) -- Spiwok, Vojtěch (203 Česká republika) -- Šimková, Mária (703 Slovensko, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Conformational dynamics; Free energy; Eigenvalues; Low dimensional topology; Biomolecular conformation;Approximation
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnila: Ing. Jana Hozzová, Ph.D., učo 411498. Změněno: 6. 4. 2018 18:06.

    2016

    1. FILIPOVIČ, Jiří, Jana PAZÚRIKOVÁ, Aleš KŘENEK a Vojtěch SPIWOK. Accelerated RMSD Calculation for Molecular Metadynamics. In José Évora-Gómez and José Juan Hernandéz-Cabrera. Proceedings of the 2016 European Simulation and Modelling Conference. Ghent, Belgie: EUROSIS - ETI, 2016, s. 278-280. ISBN 978-90-77381-95-3.
      Název anglicky: Accelerated RMSD Calculation for Molecular Metadynamics
      RIV/00216224:14610/16:00088323 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Belgie.
      Filipovič, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí) -- Pazúriková, Jana (703 Slovensko, domácí) -- Křenek, Aleš (203 Česká republika, domácí) -- Spiwok, Vojtěch (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: molecular metadynamics; RMSD; GPU acceleration
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnil: doc. RNDr. Jiří Filipovič, Ph.D., učo 72898. Změněno: 15. 2. 2017 12:16.
    2. KŘENEK, Aleš, Tomáš RAČEK a Jana PAZÚRIKOVÁ. Direct SAXS Curve Fitting with an Ensable of Conformations. In Molecular Machines 2016. 2016.
      Název česky: Přímé fitování křivek SAXS na ansámbl konformací
      Název anglicky: Direct SAXS Curve Fitting with an Ensable of Conformations

      Klíčová slova anglicky: SAXS; ensamble fit
      Druh účasti: aktivní účast

      Změnil: Mgr. Aleš Křenek, Ph.D., učo 3086. Změněno: 23. 8. 2017 13:18.
    3. PAZÚRIKOVÁ, Jana, Aleš KŘENEK a Luděk MATYSKA. Guided Optimization Method for Fast and Accurate Atomic Charges Computation. In José Évora-Gómez and José Juan Hernandéz-Cabrera. Proceedings of the 2016 European Simulation and Modelling Conference. Ghent, Belgicko: EUROSIS - ETI, 2016, s. 267-274. ISBN 978-90-77381-95-3.
      Název anglicky: Guided Optimization Method for Fast and Accurate Atomic Charges Computation
      RIV/00216224:14330/16:00091643 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Belgie.
      Pazúriková, Jana (703 Slovensko, garant, domácí) -- Křenek, Aleš (203 Česká republika, domácí) -- Matyska, Luděk (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: optimization problem; computational chemistry; atomic charges; local vs. global optimization
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnil: Mgr. Aleš Křenek, Ph.D., učo 3086. Změněno: 30. 11. 2016 10:54.
    4. RAČEK, Tomáš, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Aleš KŘENEK, Jana PAZÚRIKOVÁ, Stanislav GEIDL a Jaroslav KOČA. NEEMP – nástroj pro parametrizaci EEM. In ENBIK2016. 2016. ISBN 978-80-7080-960-0.
      URL
      čeština. Česká republika.
      Klíčová slova anglicky: EEM, parameterization, atomic charges

      Změnil: RNDr. Tomáš Raček, Ph.D., učo 324965. Změněno: 18. 10. 2016 11:28.
    5. RAČEK, Tomáš, Jana PAZÚRIKOVÁ, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Stanislav GEIDL, Aleš KŘENEK, Francesco Luca FALGINELLA, Vladimír HORSKÝ, Václav HEJRET a Jaroslav KOČA. NEEMP: software for validation, accurate calculation and fast parameterization of EEM charges. Journal of Cheminformatics. London: BIOMED CENTRAL LTD, 2016, roč. 8, October, s. nestránkováno, 14 s. ISSN 1758-2946. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1186/s13321-016-0171-1.
      URL
      RIV/00216224:14740/16:00091249 Článek v odborném periodiku. Fyzikální chemie a teoretická chemie. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Raček, Tomáš (203 Česká republika, domácí) -- Pazúriková, Jana (703 Slovensko, domácí) -- Svobodová Vařeková, Radka (203 Česká republika, domácí) -- Geidl, Stanislav (203 Česká republika, domácí) -- Křenek, Aleš (203 Česká republika, domácí) -- Falginella, Francesco Luca (380 Itálie, domácí) -- Horský, Vladimír (203 Česká republika, domácí) -- Hejret, Václav (203 Česká republika, domácí) -- Koča, Jaroslav (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Partial atomic charges; Electronegativity equalization method; EEM; EEM parameterization; wwPDB CCD database
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnila: Mgr. Eva Špillingová, učo 110713. Změněno: 22. 2. 2017 10:46.
    6. SEDLÁŘ, Milan, Bin JI, Tomáš KRÁTKÝ, Tomáš REBOK a Rostislav HUZLÍK. Numerical and experimental investigation of three-dimensional cavitating flow around the straight NACA2412 hydrofoil. Ocean Engineering. Elsevier Ltd., 2016, roč. 123, č. 123, s. 357-382. ISSN 0029-8018. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.oceaneng.2016.07.030.
      URL
      RIV/00216224:14610/16:00090480 Článek v odborném periodiku. Mechanika tekutin. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Sedlář, Milan (203 Česká republika) -- Ji, Bin (156 Čína) -- Krátký, Tomáš (203 Česká republika) -- Rebok, Tomáš (203 Česká republika, domácí) -- Huzlík, Rostislav (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: Cavitation; Vortex structures; 3D effects; LES; DES; SAS-SST
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnila: Mgr. Alena Mokrá, učo 362754. Změněno: 28. 4. 2020 16:06.
    7. PAZÚRIKOVÁ, Jana, Tomáš RAČEK, Stanislav GEIDL, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ a Aleš KŘENEK. Parametrizace ekvalizace elektronegativity metodou diferenciální evoluce. In ENBIK 2016. 2016.
      Název česky: Parametrizace ekvalizace elektronegativity metodou diferenciální evoluce
      Název anglicky: Parametrization of Electronegativity Equalization Method through Differential Evolution
      Počítačový hardware a software. čeština. Česká republika.
      Klíčová slova anglicky: atomic charges; EEM; differential evolution
      Druh účasti: aktivní účast

      Změnila: Ing. Jana Hozzová, Ph.D., učo 411498. Změněno: 3. 8. 2016 09:31.

    2015

    1. FILIPOVIČ, Jiří, Jan PLHÁK a David STŘELÁK. Acceleration of dRMSD Calculation and Efficient Usage of GPU Caches. In Waleed Smari. Proceedings of IEEE International Conference on High Performance Computing & Simulation. neuveden: IEEE, 2015, s. 47-54. ISBN 978-1-4673-7812-3. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/HPCSim.2015.7237020.
      Název česky: Akcelerace dRMSD výpočtu a efektivní užití GPU cache
      RIV/00216224:14330/15:00083460 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Nizozemské království.
      Filipovič, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí) -- Plhák, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Střelák, David (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: RMSD; GPU; code optimization; cache
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnil: doc. RNDr. Jiří Filipovič, Ph.D., učo 72898. Změněno: 13. 7. 2016 11:10.
    2. KŘENEK, Aleš, Karel KUBÍČEK, Richard ŠTEFL a Jiří FILIPOVIČ. Accurate Fitting SAXS Curves with NMR Structure Ensembles. Online. In Simon Lin, Vicky Huang. Proceedings of International Symposium on Grids and Clouds 2015. Pissa: Proceedings of Science, 2015, s. nestránkováno, 9 s. ISSN 1824-8039.
      URL
      Název anglicky: Accurate Fitting SAXS Curves with NMR Structure Ensembles
      RIV/00216224:14610/15:00083645 Stať ve sborníku. Biochemie. angličtina.
      Křenek, Aleš (203 Česká republika, garant, domácí) -- Kubíček, Karel (203 Česká republika, domácí) -- Štefl, Richard (203 Česká republika, domácí) -- Filipovič, Jiří (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: saxs; nmr; ensamble fit
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnila: Mgr. Alena Mokrá, učo 362754. Změněno: 27. 4. 2018 14:31.
    3. TOMÁŠ, Martin, Tomáš REBOK a Christos EFSTATHIOU. Iterative Optimization of a Multi-compartmental Air Quality Modelling System. In Jan Kofroň and Tomáš Vojnar. Tenth Doctoral Workshop on Mathematical and Engineering Methods in Computer Science (MEMICS 2015). první. Brno: MEMICS 2015, 2015, s. 70-81. ISBN 978-80-214-5254-1.
      URL
      Název česky: Iterativní optimalizace systému pro modelování kvality ovzduší
      RIV/00216224:14610/15:00087331 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Tomáš, Martin (203 Česká republika, garant, domácí) -- Rebok, Tomáš (203 Česká republika, domácí) -- Efstathiou, Christos (300 Řecko, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Persistent Organic Pollutants;POP;CMAQ iterative optimization;neural networks; BaP concentrations in soil
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnil: RNDr. Tomáš Rebok, Ph.D., učo 39685. Změněno: 20. 4. 2016 16:42.
    4. ČEGAN, Jakub, Pavel ČELEDA, Tomáš JIRSÍK, Tomáš PLESNÍK, Michal PROCHÁZKA, Petr VELAN, Jan VYKOPAL, Martin VIZVÁRY, Radek OŠLEJŠEK, Zdenek EICHLER, Dalibor TOTH, Milan ČERMÁK, Jan SOUKAL, Tomáš REBOK, Václav RAČANSKÝ, Ivo NUTÁR a Dušan LAGO. KYPO - Kybernetický polygon. 2015.
      KYPO - Cybernetic Proving Ground description & information
      Název anglicky: KYPO - Cybernetic Proving Ground
      RIV/00216224:14610/15:00080536 Technicky realizované výsledky (prototyp, funkční vzorek). Informatika. angličtina. Česká republika.
      Čegan, Jakub (203 Česká republika, domácí) -- Čeleda, Pavel (203 Česká republika, garant, domácí) -- Jirsík, Tomáš (203 Česká republika, domácí) -- Plesník, Tomáš (203 Česká republika, domácí) -- Procházka, Michal (203 Česká republika, domácí) -- Velan, Petr (203 Česká republika, domácí) -- Vykopal, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Vizváry, Martin (703 Slovensko, domácí) -- Ošlejšek, Radek (203 Česká republika, domácí) -- Eichler, Zdenek (203 Česká republika, domácí) -- Toth, Dalibor (203 Česká republika, domácí) -- Čermák, Milan (203 Česká republika, domácí) -- Soukal, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Rebok, Tomáš (203 Česká republika, domácí) -- Račanský, Václav (203 Česká republika, domácí) -- Nutár, Ivo (703 Slovensko, domácí) -- Lago, Dušan (703 Slovensko, domácí)
      Klíčová slova anglicky: cyber security; cyber threats; cyber exercise; security experiments; virtualization; visualization; cloud

      Změnil: doc. Ing. Pavel Čeleda, Ph.D., učo 206086. Změněno: 2. 10. 2017 15:32.
    5. SPIWOK, Vojtěch, Pavel OBORSKÝ, Jana PAZÚRIKOVÁ, Aleš KŘENEK a Blanka KRÁLOVÁ. Nonlinear vs. linear biasing in Trp-cage folding simulations. Journal of the chemical society. Faraday transactions II, Journal of chemical physics. London: Chemical society, 2015, roč. 142, č. 11, s. nestránkováno, 8 s. ISSN 0021-9606. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1063/1.4914828.
      URL
      Název česky: Vnesení lineárního a nelineárního šumu v simulacích proteinu Trp-cage
      Název anglicky: Nonlinear vs. linear biasing in Trp-cage folding simulations
      RIV/00216224:14610/15:00080979 Článek v odborném periodiku. Biochemie. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Spiwok, Vojtěch (203 Česká republika) -- Oborský, Pavel (203 Česká republika) -- Pazúriková, Jana (703 Slovensko, domácí) -- Křenek, Aleš (203 Česká republika, domácí) -- Králová, Blanka (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: molecular metadynamics; protein folding
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnila: Mgr. Alena Mokrá, učo 362754. Změněno: 27. 4. 2018 10:31.
    6. FILIPOVIČ, Jiří a Siegfried BENKNER. OpenCL Kernel Fusion for GPU, Xeon Phi and CPU. In Proceedings of IEEE International Symposium on Computer Architecture and High Performance Computing. Florianópolis: IEEE, 2015, s. 98-105. ISSN 1550-6533. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/SBAC-PAD.2015.29.
      Název česky: Fúze OpenCL kernelů pro GPU, Xeon Phi a CPU
      RIV/00216224:14330/15:00083464 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Brazílie.
      Filipovič, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí) -- Benkner, Siegfried (40 Rakousko)
      Klíčová slova anglicky: OpenCL; kernel fusion; GPU; Xeon Phi; MIC; CPU
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 27. 8. 2019 11:57.
    7. FILIPOVIČ, Jiří, Matúš MADZIN, Jan FOUSEK a Luděk MATYSKA. Optimizing CUDA code by kernel fusion: application on BLAS. The Journal of Supercomputing. Springer US, 2015, roč. 71, č. 10, s. 3934-3957. ISSN 0920-8542. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/s11227-015-1483-z.
      URL
      Název česky: Optimalizace CUDA kódu pomocí fúzí kernelů: aplikace na BLAS
      RIV/00216224:14330/15:00083436 Článek v odborném periodiku. Informatika. angličtina. Spojené státy.
      Filipovič, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí) -- Madzin, Matúš (703 Slovensko, domácí) -- Fousek, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Matyska, Luděk (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: GPU; CUDA; BLAS; Kernel fusion; Code generation
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnil: doc. RNDr. Jiří Filipovič, Ph.D., učo 72898. Změněno: 9. 7. 2019 13:16.
    8. PROCHÁZKA, Filip, Tomáš REBOK a Aleš FARDA. První návrh cílové infrastruktury pro provoz systému IRIS. 2015.
      URL
      Název anglicky: First draft of the target infrastructure for the IRIS system operation
      RIV/00216224:14610/15:00080463 Technicky realizované výsledky (prototyp, funkční vzorek). Informatika. čeština. Česká republika. obsah podléhá obchodnímu tajemství.
      Procházka, Filip (203 Česká republika, garant) -- Rebok, Tomáš (203 Česká republika, domácí) -- Farda, Aleš (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: meteorology; energy sector; solar power plants; electricity consumption;numerical weather prediction; numerical weather prediction models; deterministic and ensemble forecasting

      Změnila: Mgr. Marta Novotná Buršíková, učo 15689. Změněno: 12. 4. 2016 08:19.
    9. NGUYEN, Filip, Tomáš REBOK, Richard LUDVIGH a Václav TUNKA. Ruby Benchmark Suite using Docker. Online. In M. Ganzha, L. Maciaszek, M. Paprzycki. Annals of Computer Science and Information Systems, Volume 5. 2015. vyd. Poland: IEEE, 2015, s. 947-952. ISBN 978-83-60810-66-8. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.15439/2015F99.
      URL
      Název anglicky: Ruby Benchmark Suite using Docker
      RIV/00216224:14330/15:00085023 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Polsko.
      Nguyen, Filip (203 Česká republika, garant, domácí) -- Rebok, Tomáš (203 Česká republika, domácí) -- Ludvigh, Richard (703 Slovensko, domácí) -- Tunka, Václav (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: Ruby;Benchmark;Compiler
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 13. 5. 2020 20:52.
    10. ČEGAN, Jakub, Pavel ČELEDA, Tomáš JIRSÍK, Tomáš PLESNÍK, Michal PROCHÁZKA, Petr VELAN, Jan VYKOPAL, Martin VIZVÁRY, Milan ČERMÁK, Jan SOUKAL, Tomáš REBOK, Ivo NUTÁR a Dušan LAGO. Software pro konfiguraci a monitorování virtuálního prostředí KYPO. 2015.
      Software for configuration and monitoring of KYPO environment description & information
      Název anglicky: Software for configuration and monitoring of KYPO environment
      RIV/00216224:14610/15:00080537 Software. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Čegan, Jakub (203 Česká republika, domácí) -- Čeleda, Pavel (203 Česká republika, garant, domácí) -- Jirsík, Tomáš (203 Česká republika, domácí) -- Plesník, Tomáš (203 Česká republika, domácí) -- Procházka, Michal (203 Česká republika, domácí) -- Velan, Petr (203 Česká republika, domácí) -- Vykopal, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Vizváry, Martin (703 Slovensko, domácí) -- Čermák, Milan (203 Česká republika, domácí) -- Soukal, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Rebok, Tomáš (203 Česká republika, domácí) -- Nutár, Ivo (703 Slovensko, domácí) -- Lago, Dušan (703 Slovensko, domácí)
      Klíčová slova anglicky: API; cloud; virtualization; host monitoring; network monitoring; NetFlow; IPFIX; pcap

      Změnila: Mgr. Marta Novotná Buršíková, učo 15689. Změněno: 8. 4. 2016 13:40.

    2014

    1. KOUŘIL, Daniel, Tomáš REBOK, Tomáš JIRSÍK, Jakub ČEGAN, Martin DRAŠAR, Martin VIZVÁRY a Jan VYKOPAL. Cloud-based Testbed for Simulation of Cyber Attacks. In Hanan Lutfiyya and Piotr Cholda. Proceedings of the Network Operations and Management Symposium (NOMS 2014). Krakow, Poland: IEEE Xplore Digital Library, 2014, s. 1-6. ISBN 978-1-4799-0913-1. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/NOMS.2014.6838298.
      URL
      Název česky: Cloudové prostředí pro simulaci kybernetických útoků
      Název anglicky: Cloud-based Testbed for Simulation of Cyber Attacks
      RIV/00216224:14610/14:00073216 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Spojené státy.
      Kouřil, Daniel (203 Česká republika, garant, domácí) -- Rebok, Tomáš (203 Česká republika, domácí) -- Jirsík, Tomáš (203 Česká republika, domácí) -- Čegan, Jakub (203 Česká republika, domácí) -- Drašar, Martin (203 Česká republika, domácí) -- Vizváry, Martin (703 Slovensko, domácí) -- Vykopal, Jan (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: cyber attack; simulation; cloud; measurement; testbed; security; training
      Druh sborníku: předkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnil: RNDr. Daniel Kouřil, Ph.D., učo 1388. Změněno: 13. 1. 2017 00:33.
    2. PAZÚRIKOVÁ, Jana a Luděk MATYSKA. Convergence of Parareal Algorithm Applied on Molecular Dynamics Simulations. In Petr Hliněný, Zdeněk Dvořák, Jiří Jaroš, Jan Kofroň, Jan Kořenek, Petr Matula, Karel Pala. MEMICS 2014. Brno: NOVPRESS, 2014, s. 101-111. ISBN 978-80-214-5022-6.
      URL
      Název česky: Konvergence Parareal Algoritmu Aplikovaného na Simulace Molekulové Dynamiky
      RIV/00216224:14330/14:00077292 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Pazúriková, Jana (703 Slovensko, garant, domácí) -- Matyska, Luděk (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: strong scaling; parareal; molecular dynamics
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Recenzováno: ano

      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 27. 4. 2015 15:20.
    3. BÍL, Michal, Rostislav VODÁK, Jan KUBEČEK, Tomáš REBOK, Tomáš SVOBODA a Petr HLINĚNÝ. Vulnerability analysis methods for road networks. In European Geosciences Union General Assembly 2014 (EGU 2014). 2014.

      Druh účasti: aktivní účast
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnil: RNDr. Tomáš Rebok, Ph.D., učo 39685. Změněno: 28. 5. 2014 10:36.

    2013

    1. SLOUP, Petr a Tomáš REBOK. Automatic reconstruction of Norway spruce tree models from LiDAR data. In ISPRS2013-SSG. 2013.

      Druh účasti: aktivní účast
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnil: Mgr. Petr Sloup, učo 325196. Změněno: 22. 1. 2014 14:35.
    2. SLOUP, Petr, Tomáš REBOK a Jan HANUŠ. Automatic Tree Reconstruction from its Laser Scan [poster]. In Global Change and Resilience. 2013.
      Změnil: Mgr. Petr Sloup, učo 325196. Změněno: 13. 1. 2014 18:34.
    3. PAZÚRIKOVÁ, Jana a Luděk MATYSKA. Electrostatics' calculation parallel in time. In CECAM workshop on Fast Methods for Long Range Interactions in Complex Particle Systems. 2013.
      Název česky: Výpočet elektrostatických interakcií paralelne v čase
      RIV/00216224:14330/13:00070601 Prezentace na konferencích. Informatika. angličtina. Německo.
      Pazúriková, Jana (703 Slovensko, garant, domácí) -- Matyska, Luděk (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: molecular dynamics; long-range interaction; parallel in time
      Druh účasti: aktivní účast

      Změnila: Ing. Jana Hozzová, Ph.D., učo 411498. Změněno: 18. 12. 2013 10:17.
    4. SLOUP, Petr, Tomáš REBOK a Jan HANUŠ. Fully-automated Occlusion-insensitive Norway Spruce Tree Reconstructions from 3D Point Cloud Data [poster]. In ISPRS2013-SSG. 2013.

      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnil: Mgr. Petr Sloup, učo 325196. Změněno: 22. 1. 2014 14:35.
    5. PAZÚRIKOVÁ, Jana a Luděk MATYSKA. Parallel methods for calculation of long-range electrostatic interactions. arXiv, 2013, 18 s.
      URL
      Název česky: Paralelné metódy pre výpočet ďaleko-dosahových elektrostatických interakcií
      RIV/00216224:14330/13:00070602 Účelové publikace. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Pazúriková, Jana (703 Slovensko, garant, domácí) -- Matyska, Luděk (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: molecular dynamics; long-range interaction; parallel in time

      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 17. 4. 2014 10:53.
    6. REBOK, Tomáš, Petr SLOUP, Jan HANUŠ a Věroslav KAPLAN. Three-dimensional Tree Reconstructions from Terrestrial LiDAR Scans. In National Grid Infrastructure Yearbook 2011-12. 2013, s. 91-95. ISBN 978-80-904689-7-9.
      Změnil: Mgr. Petr Sloup, učo 325196. Změněno: 22. 1. 2014 14:34.

    2011

    1. ANTOŠ, David, Petr HOLUB a Ivana KŘENKOVÁ. Kterak posluchárny spojovati a ještě záznam poříditi aneb audiovizuální technika na MU. ÚVT MU, 2011, 5 s. Zpravodaj ÚVT MU, roč. XXI, č. 3. ISSN 1212-0901.
      URL
      Změnil: doc. RNDr. Petr Holub, Ph.D., učo 3248. Změněno: 29. 8. 2013 14:44.

    2010

    1. KŘENKOVÁ, Ivana, David ANTOŠ a Luděk MATYSKA. MetaCentrum Yearbook 2009. first. Prague: CESNET, z. s. p. o., 2010, 172 s. ISBN 978-80-904173-7-3.
      URL
      Název česky: Ročenka MetaCentra 2009
      Využití počítačů, robotika a její aplikace. angličtina. Česká republika.
      Klíčová slova anglicky: MetaCentrum; National Grid Initiative

      Změnil: RNDr. David Antoš, Ph.D., učo 3077. Změněno: 27. 8. 2010 13:49.
    2. KMUNÍČEK, Jan, Martin KUBA, Ivana KŘENKOVÁ a David ANTOŠ. MetaCentrum—e-Infrastructure for Computational and Data Challenges. Nové Hrady, 2010.
      URL
      Název česky: MetaCentrum -- e-Infrastruktura pro výpočetně a datově náročné úlohy
      Využití počítačů, robotika a její aplikace. angličtina. Česká republika.
      Klíčová slova anglicky: MetaCentrum; e-Infrastructure

      Změnil: RNDr. David Antoš, Ph.D., učo 3077. Změněno: 8. 12. 2010 11:14.
    3. HRBATÝ, Dušan, Jakub MAREČEK, Michal VÁVRA, Tomáš REBOK, Eva HLADKÁ, Jan DOLEČEK, Martin JANTOŠOVIČ, František KOBZÍK, Michal KOHUT, Vít RUSŇÁK, Martin SKALA, Daniel STIBOR a Jiří ŠKROBÁK. Testy softwarových VoIP klientů. Brno: Laboratoř pokročilých síťových technologií FI MU, 2010.
      URL
      Název anglicky: Evaluation of Software VoIP clients
      Informatika. čeština. Česká republika.
      Klíčová slova anglicky: VoIP, SW clients, communication quality, evaluation, comparison

      Změnil: RNDr. Tomáš Rebok, Ph.D., učo 39685. Změněno: 22. 4. 2010 13:00.

    2009

    1. REBOK, Tomáš. DiProNN: Distributed Programmable Network Node. Brno: Faculty of Informatics, Masaryk University, 2009, 200 s. Ph.D. Thesis.
      Název česky: DiProNN: Distribuovaný programovatelný síťový prvek
      angličtina.
      Klíčová slova anglicky: DiProNN, Distributed Programmable Network Node, active networks, programmable networks, virtualization, virtual machines, VM-aware architecture, parallel processing, distributed processing, component-based programming, programming model
      Mezinárodní význam: ano

      Změnil: RNDr. Tomáš Rebok, Ph.D., učo 39685. Změněno: 7. 1. 2011 14:33.
    2. PÚDELKA, Ivan a Tomáš REBOK. Enhanced UDP Packet Reflector -- Erum. 2009.
      URL
      Název česky: Rozšířený UDP Packet Reflector -- Erum
      Informatika. angličtina. Česká republika.
      Klíčová slova anglicky: Erum; enhanced UDP packet reflector; 2D full-mesh; peer-to-peer reflector network; Erum's scalability
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnil: RNDr. Tomáš Rebok, Ph.D., učo 39685. Změněno: 5. 1. 2010 09:21.
    3. REBOK, Tomáš, Martin BENEŠ a Milan KABÁT. Robust Audio Tool (RAT) Supporting Separate Recording and Playback Audio Devices Selection. 2009.
      URL
      Název česky: Robust Audio Tool (RAT) podporující oddělený výběr nahrávacího a přehrávacího audiozařízení
      Informatika. angličtina. Česká republika.
      Klíčová slova anglicky: RAT-HD; RAT; half-duplex devices; separate audio devices; separate recording and playback audio devices
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnil: RNDr. Tomáš Rebok, Ph.D., učo 39685. Změněno: 4. 1. 2010 10:32.
Zobrazeno: 27. 7. 2024 14:06