Bakalářská práce

GOLEM application back end

Jakub Plhal
Anotace

Tato práce si klade za cíl vylepšit webovou aplikaci GOLEM, která vizualizuje regulační prvky v rostlinných genomech. Původní klientská implementace založená na technologii Flutter byla přepracována s využitím backendu Django, aby se odstranila výkonnostní omezení při práci s většími datovými sadami a zároveň byly implementovány funkce požadované uživateli. Nová architektura přesouvá výpočty do serverového …více

Abstract

This thesis aims to enhance the GOLEM web application, which visualizes regulatory elements in plant genomes. The original Flutter-based client-side implementation was redesigned with a Django backend to address performance limitations with larger datasets and implement user-requested features. The new architecture offloads computation to a server environment, reducing client memory usage by 90% while …více

Klíčová slova
golem software software architecture web application backend development motifs genes
Zadání práce
Vzhledem k probíhajícím změnám klimatu je klíčové porozumět základním procesům rozmnožování rostlin, což má vliv na potravinovou bezpečnost. Pro úspěšné rozmnožování rostlin je nezbytná správná regulace genů. Program GOLEM (Gene regularOry ELeMents) pomáhá určit přesnou polohu krátkých úseků DNA v blízkosti genů, které se na této regulaci podílejí.

GOLEM je implementován jako frontendová aplikace v jazyce Dart. Veškeré výpočty běží na straně klienta ve webovém prohlížeči, což však limituje jeho použití pro větší datové sady.

Některá data, která by mohl GOLEM zpracovávat, jsou privátní dosud nepublikované datové sady, ke kterým je potřeba omezit přístup pouze na jejich majitele (např. skupinu výzkumníků z dané laboratoře). To v současné době není možné.

Cíle této bakalářské práce jsou tedy následující:
  • Nastudovat strukturu aplikace GOLEM.
  • Navrhnout a implementovat výpočetní backend a pokusit se optimalizovat jeho běh.
  • Přidat do aplikace přihlašování pro přístup k privátním datovým sadám.
  • Novou verzi aplikace nasadit v cloudovém prostředí MetaCentra.
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
23. 5. 2025 14:40, RNDr. Tomáš Raček, Ph.D., učo 324965
Plný text práce
1,5 MB / soubor PDF
Přílohy (1)
Jazyk práce
angličtina angličtina
Termín obhajoby
27. 6. 2025
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

RNDr. Tomáš Raček, Ph.D., učo 324965
NCBR PřF MU

Oponent

Mgr. Vladimír Horský, Ph.D., učo 358970
CF BioData CSB CEITEC MU

Konzultant

doc. Mgr. Petra Procházková Schrumpfová, Ph.D., učo 12987
NCBR PřF MU
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Fakulta informatiky
Studijní program
Plán
Programování a vývoj aplikací

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.