Cílem disertační práce bude rozvoj techniky založené na rezonanci povrchového plasmonu. Půjde především o využití možnosti měřit relativní fázi elipticky polarizovaného světla. Budou posouzeny a testovány vhodné konfigurace a testovány na spolehlivě charakterizovaných vzorcích. Bude vyvinuta instrumentace spolu s modely pro spolehlivou interpretaci experimentálních dat. Dále bude tato technika využita, ve spoluprách s laboratoří dr. Štefla, pro studium interakcí mezi proteiny a mezi proteiny a nukleovými kyselinami. Očekávaný přínos je zejména v možnosti studia širokého rozsahu afinit od velmi slabých (v oblasti mM) až po silné (nM). Právě studium slabých interakcí současnými technikami jako je např. BiaCore (detekující povrchový plasmon reflexí) nebo FA a vyžaduje značné množství biologického materiálu při dosažení velmi nepřesných výsledků. Jako biologický systém budou studovány proteiny, tzv. faktory, které velmi slabě interagují s RNA polymerázou II. Studium těchto slabých interakcí nám umožní pochopit, jak jak je transkripce a RNA zpracování regulováno proteinovými faktory. Doktorand by v průběhu své disertační práce měl navrhnout a zkonstruovat experimentální vybavení pro TIRE, založené na komerčním elipsometru Wollam, a navrhnout vhodné modely ke spolehlivé interpretaci získaných experimentálních dat. Doplňkovými metodami k TIRE budou metody isotermální titrační kalorimetrie (ITC), fluorescenční anisotropie (FA), BiaCore, cirkulární dichroismus (CD) a vibrační spektroskopie. Cílem doktorské práce bude navrhnout teoretický i experimentální protokol při studiu biomolekul tak, aby bylo možné spolehlivě a reprodukovatelně určit vazebné konstanty, stechiometrii reakcí a termodynamické příspěvky studovaného systému.