Master's thesis

Genome-scale bioanalysis of clines

Bioanalýza klín na genomové úrovni

Bc. Nina Daley
Abstract

Genomová analýza umožňuje náhled do evolučních procesů jako jsou genový tok, adaptace na změnu prostředí a formování nových druhů. Tyto procesy ovlivňují hybridizaci, speciaci a genetickou rozmanitost mezi populacemi. Důležitým přístupem ke studiu těchto procesů je analýza klin, která nám umožňuje pochopení, jak se znaky a alely mění mezi geografickými oblastmi. Tato práce byla zaměřena na vývoj …more

Abstract

Genome-scale analysis enables an observation of evolutionary processes such as gene flow, adaptation to changing environments, and formation of new species. These processes influence hybridization, speciation and genetic diversity among populations. An important approach to studying these patterns is cline analysis, which helps us understand how traits or alleles change across geographical areas. …more

Keywords
klina hybridní zóna introgrese genomové vizualizace jadrové vyhlazování Python cline hybrid zone introgression genome visualization kernel smoothing
Thesis description

Human mediated biological introductions and range changes driven by the climate crisis have led to increased interest in analysing wavefronts and clines in traits observed in nature.

Previous softwares for model-based cline fitting are however either no longer supported or limited in the models they consider.

The student is going to study cline models, differentiate suitable models for a cline fitting package, construct those models using Python and test their properties.

The student is going to upload the cline fitting package to github. The student will compose a manual for basic use of the package.

The student will study kernel smoothing and genome scale visualisation. They will propose a visualisation tool in Python suited to presenting cline analyses at genome scale. They will evaluate the suitability of kernel smoothing of cline fits along chromosomes for these visualisations.

Literature:

Barton, N. H. and Baird, S. J. E. (1995). Analyse: an application for analysing hybrid zones. Freeware, Edinburgh, UK.

Gavrilets, S. (1997). Single locus clines. Evolution: 979-983.

Administrative information
The thesis has been checked:
3/6/2025 15:30, Dr. Stuart James Edmisti Baird
Full text of thesis
19,6 MB / file PDF
Attachments (2)
Language used
English English
Defence date
25/6/2025
The thesis was defended successfully

Supervisor

Dr. Stuart James Edmisti Baird
RECETOX PřF MU

Reader

prof. RNDr. Miloš Macholán, CSc., UČO 31702
VyzObr ÚBZ Biol PřF MU

Consultant

doc. Mgr. Natália Martínková, Ph.D., UČO 103641
RECETOX PřF MU
Cite this text
Masaryk University Faculty of Science
Programme
Plan
Biomedical bioinformatics

Theses on a related topic

List of theses with an identical keyword.

Similar documents

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.