Hlavním cílem práce je vytvořit novou verzi implementace rychlých a flexibilních simulací pro přibližné bayesiánské výpočty s porovnáváním simulací a pozorovaných sumárních statistik smíšených genomů.

Implementace bude vytvořena v C++, potenciálně s objektovou reprezentací genomů pomocí řídkých polí. Student porovná výkonnost nové implementace s původním programem v jazyce Pascal. Nahradí existující model epistatické selekce modelem sítě malého světa (sítě, které vznikly evolučními procesy mají tendency být sítěmi malých světů). Změní kód tak, aby modeloval reálné konfigurace genomů - počty chromozomů, jejich fyzická délka, a pod.

Diplomovou práci povede Dr. Stuart Baird, Ústav biologie obratlovců AV ČR, Brno a bude vypracována v anglickém jazyce.

The main goal of the thesis is software implementation of fast flexible simulations for approximate Bayesian computation - comparing simulations to observations of admixed genomes.

The student will re-implement the software in C++, potentially using sparse array objects to represent genomes, compare output with original software written in Pascal, and replace the existing model of epistatic selection with a small-world network model (networks that are the outcome of evolutionary process tend to be small-world networks). He/she will adapt the code to model real-world genome configurations - number of chromosomes, physical lengths, etc.

The supervisor of the thesis is Dr. Stuart Baird, Institute of Vertebrate Biology AS CR, Brno. The thesis will be written in English.

Literatura:

• BAIRD, Stuart J.E. A simulation study of multilocus clines. Evolution,1995, roč. 49, s. 1038-1045.