Diplomová práce

Interactive exploration of a high-throughput drug screen

Bc. Pavel Růžička
Anotace

Poté, co laboratoř Stefana Kubicka ve Výzkumném centru pro molekulární medicínu Rakouské akademie věd (CeMM) v roce 2024 vyvinula novou metodu pro vysokokapacitní fluorescenční tagování proteinů lidského genomu, přešla od prototypu k aplikaci rozsáhlé knihovny více než 100 tisíc sloučenin na soubor sedmi různých buněčných klonů. Takový nárůst objemu výstupních dat si vyžádal novou vizualizaci zaměřenou …více

Abstract

After pioneering a novel method for high-throughput fluorescent tagging of human genome proteins called vpCells in 2024, the Kubicek Lab at CeMM, the Research Center for Molecular Medicine of the Austrian Academy of Sciences, has moved from a proof-of-concept screen to applying a large compound library of 105,000 entries to a pool of 7 different cell clones. Such an increase in output data volume warranted …více

Klíčová slova
high-throughput screening phenotypic profiling drug discovery protein localization chemical biology data visualization web application Three.js React TypeScript
Zadání práce
The goal of the thesis is to develop a web application for interactive exploration of a high-throughput drug screen with over 100,000 compounds tested in human cell lines with high-content microscopy readout. It should aim to provide the researcher using the tool with the abilities to view extensive datasets, browse them efficiently, compare relevant compounds as well as search for them in the plot, and export metadata subsets in well-defined formats. The thesis will include an analysis of similar tools for this purpose. The implementation will follow best practices of modern software development, including but not limited to automated testing, performance monitoring, and continuous deployment.

The project will be carried out in partnership with CeMM, the Research Center for Molecular Medicine of the Austrian Academy of Sciences in Vienna. It will complement a research paper released by the Kubicek lab.
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
17. 12. 2025 09:35, prof. RNDr. Tomáš Pitner, Ph.D.
Plný text práce
9,6 MB / soubor PDF
Přílohy (1)
Jazyk práce
angličtina angličtina
Termín obhajoby
2. 2. 2026
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

prof. RNDr. Tomáš Pitner, Ph.D.
abs FI MU

Oponent

doc. RNDr. Radek Ošlejšek, Ph.D., učo 3636
KPSK FI MU
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Fakulta informatiky
Studijní program
Plán
Návrh a vývoj softwarových systémů

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.