Master's thesis

Signal for natural selection in genetic markers used for phylogenetic reconstruction in vertebrates

Detekce selekce v genetických markerech používaných pro fylogenetickou rekonstrukci u obratlovců

Bc. Michaela Havlíčková
Abstract

Metody a modely běžně využívané při fylogenetické rekonstrukci implicitně předpokládají evoluční neutralitu použitých fylogenetických markerů. Působení selekce však porušuje předpoklady substitučních modelů. Přesto se selekční signál markerů před samotnou fylogenetickou analýzou běžně netestuje. V této práci jsem zkoumala působení selekce na 11 nukleárních a 3 mitochondriální fylogenetické markery …more

Abstract

Methods and models commonly used in phylogenetic reconstruction implicitly assume the evolutionary neutrality of the utilized phylogenetic markers. However, the effect of selection violates the assumptions of substitution models. Despite this, selection signals in markers are rarely tested prior to phylogenetic analysis. In this thesis, I investigated the effects of selection on 11 nuclear and 3 mitochondrial …more

Keywords
Fylogenetická rekonstrukce Fylogenetický marker Selekce Přirozený výběr Pozitivní selekce Neutrální evoluce PAML Phylogenetic reconstruction Phylogenetic marker Selection Natural selection Positive selection Neutral evolution
Thesis description

Fylogenetická rekonstrukce vztahů taxonů předpokládá evoluční neutralitu použitého genetického markeru v rámci zkoumaného taxonu. Na základě literární rešerše student identifikuje geny běžně používané jako neutrální markery pro fylogenetickou rekonstrukci u obratlovců. Získá kódující sekvence těchto markerů reprezentující taxony obratlovců dostupné v nukleotidových databázích nebo celogenomových sekvencích. Otestuje selekční signál detekovatelný v rámci jednotlivých genů i taxonů a vyhodnotí vhodnost markerů pro fylogenetickou rekonstrukci u různých skupin obratlovců.

Literatura:

Thomson R. C., I. J. Wang, J. R. Johnson. 2010. Genome-enabled development of DNA markers for ecology, evolution and conservation. Molecular Ecology 19.11: 2184-2195

Yang Z. 2007. PAML 4: phylogenetic analysis by maximum likelihood. Molecular Biology and Evolution, 24.8: 1586-1591.

Administrative information
The thesis has been checked:
14/5/2025 09:42, Mgr. Markéta Harazim, Ph.D.
Full text of thesis
2 MB / file PDF
Language used
Czech Czech
Defence date
25/6/2025
The thesis was defended successfully

Supervisor

Mgr. Markéta Harazim, Ph.D.
RECETOX PřF MU

Reader

RNDr. Martin Těšický, Ph.D.
Ústav biologie obratlovců AV ČR, v. v. i.

Consultant

doc. Mgr. Natália Martínková, Ph.D., UČO 103641
RECETOX PřF MU
Cite this text
Masaryk University Faculty of Science
Programme
Plan
Biomedical bioinformatics

Theses on a related topic

List of theses with an identical keyword.

Similar documents

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.