Diplomová práce

Development, modularization and tuning of a program for repetitive sequence detection in plant genomes

Bc. Ivan Vanát
Anotace

TE-greedy-nester je nástroj schopný identifikovať LTR retrotranspozóny, využívajúc de-novo prístup a hladný algoritmus. V porovnaní s konkurenciou vie identifikovať aj fragmentované elementy. V tejto práci, predstavujeme vylepšenú verziu nástroja, ktorá dokáže identifikovať viacero typov repetetívnych sekvencií. Nástroj je teraz možné jednoducho rozšíriť o nové moduly. Program disponuje štyrma predimplementovanými modulmi vyvinutými nami - TRF, MITE, nested-nester a SoloLTRs.

Abstract

TE-greedy-nester is a tool that is capable of identification of long terminal retrotransposons utilizing de-novo identification and a greedy algorithm. Compared to most of its competitors, it can also detect fragmented elements. In this work, we present an improved version of the tool that can now identify several types of repetitive sequences. It has undergone a complete redesign and can now be easily …více

Klíčová slova
TE-greedy-nester LTR retrotransposons nesting repetitive elements detection mite tandem repeat
Zadání práce
Cílem práce je zhodnotit stav vývoje nástroje TE-greedy-nester pro detekci repetitivních sekvencí v rostlinných genomech a navrhnout změny v algoritmu pro zvýšení modularity, univerzálnosti a přesnosti nástroje. Původní verze programu se soustředila na detekci zvláštní skupiny sekvencí a trpí nepřesnostmi hlavně typu falešně pozitivních sekvencí. Student se soustředí na možnosti doplnění vyhledávacího algoritmu (modularita) o spřesňující a rozšiřující prvky (univerzálnost) a jejich implementaci tak, aby se zlepšil ve všech tří parametrech a zároveň si zachoval uživatelskou jednoduchost a formát výstupu lehce zpracovatelný v dalších analýzách.
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
13. 12. 2022 13:22, doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D., učo 31298
Plný text práce
8,4 MB / soubor PDF
Přílohy (1)
Jazyk práce
angličtina angličtina
Termín obhajoby
26. 1. 2023
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D., učo 31298
KSUZD FI MU

Oponent

Mgr. Monika Čechová, Ph.D., učo 256590
KSUZD FI MU

Konzultant

Ing. Pavel Jedlička, Ph.D.
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Fakulta informatiky
Studijní program
Plán
Řízení vývoje služeb

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.