Diplomová práce

Strukturní podstata stabilizace proteinů

Structural base of protein stabilisation

Bc. Antonín Kunka
Anotace

Tato práce pojednává o stabilitě proteinů a experimentálních přístupech k jejímu měření. Vzhledem ke své vysoké specificitě a ekologičnosti jsou proteiny zajímavé pro různé biotechnologické aplikace. Jejich relativně malá stabilita, ovlivňující ekonomickou stránku procesu, však často brání jejich širšímu uplatnění. Stabilní proteiny, schopné delší dobu pracovat za extrémních podmínek, například při …více

Abstract

This Thesis is focused on protein stability and the experimental approaches for stability measurements. Due to their specific properties and low impact on the environment, proteins are used in various biotechnological applications. However, marginal stability of the proteins represents major limitation for the economical feasibility of their application. Therefore, protein engineering techniques aim …více

Zadání práce
Stabilita je nejčastější limitací proteinů pro jejich úspěšné využití v moderních biotechnologiích a je tak cílem intenzivního zájmu proteinového inženýrství. V rámci diplomové práce bude studována strukturní podstata stabilizace proteinů s cílem vyvinout nové strategie racionálního designu vícebodových stabilizujících mutací. Budou studovány efekty jednotlivých mutací navržených metodami molekulového modelování a bioinformatiky ke stabilizaci vybrané halogenalkandehalogenasy jako modelového proteinu. Efekty jednotlivých mutací i kombinací dvou, tří a vícebodových kumulativních mutací budou analyzovány na jejich možnou aditivitu, synergii nebo antagonismus. S využitím moderních biofyzikálních metod (diferenční skenovací kalorimetrie, cirkulární dichroismus, metody rychlého teplotního skoku) bude studován mechanismus a termodynamika denaturace přírodní a mutované formy modelového enzymu, budou hodnoceny příspěvky jednotlivých mutací i jejich kombinace na výslednou teplotní stabilitu modelového proteinu. Osnova: 1. Literární rešerše problematiky strukturní podstaty stability proteinů a problematiky racionální predikce vícebodových mutací ke zvýšení teplotní stability proteinů. 2. Zavedení nových metodik studia mechanismu a termodynamiky denaturace proteinů s využitím diferenční skenovací kalorimetrie, cirkulární dichroismus a rychlého teplotního skoku. 3. Konstrukce mutantních variant navržených metodami molekulového modelování a bioinformatiky ke stabilizaci modelového enzymu halogenalkandehalogenasy. 4. Studium stability zkonstruovaných variant (jedno, dvou, tří a vícebodových kumulativních mutací) metodami diferenční skenovací kalorimetrie, cirkulární dichroismus a rychlého teplotního skoku. 5. Identifikace a interpretace příspěvků jednotlivých substitucí a jejich kombinací s navržením nových strategií pro racionální stabilizaci proteinů vícenásobnými mutacemi.
Práce zkontrolována:
16. 5. 2016 15:16, prof. RNDr. Zbyněk Prokop, Ph.D., učo 23696
Jazyk práce
angličtina angličtina
Termín obhajoby
8. 6. 2016
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

prof. RNDr. Zbyněk Prokop, Ph.D., učo 23696
RECETOX PřF MU

Oponent

doc. Mgr. Ctirad Hofr, Ph.D., učo 7807

Konzultant

prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr., učo 1441
LosLab ÚEB Biol PřF MU

Masarykova univerzita Přírodovědecká fakulta
Studijní program
Biochemie
Obor
  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.
  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.
  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.
  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.
  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.