Master's thesis
Awards: Dean's Award for an Outstanding Final Thesis

Efficient parameter identification for gene regulatory networks

Efektivní identifikace parametrů genových regulačních sítí

Bc. Adam Streck, UČO 325017
Abstract

Účelem závěrečné práce je rozšířit předchozí výzkum provedený v laboratoři Sybila a publikovaný v článku "On Parameter Synthesis by Parallel Model Checking" [TCBB, vol.9, 2011]. Hlavním cílem výzkumu se stalo vytvoření algoritmů pro účinnou formální analýzu genových regulačních sítí (GRN) reprezentovaných pomocí diskrétního formalismu parametrizovaných Thomových sítí. V této práci by student měl uvést …more

Abstract

The objective of the thesis is to extend the research previously conducted in the Sybila laboratory and published in the paper "On Parameter Synthesis by Parallel Model Checking" [TCBB, vol.9, 2011]. Main goal of the research is development of algorithms for efficient formal analysis of gene regulatory networks (GRN) represented by means of a discrete formalism of parametrized Thomas networks. In the …more

Keywords
systems biology gene regulatory networks qualitative modeling param- eter identification discrete models biological models boolean networks Thomas networks time series model checking formal verification param- eter synthesis
Thesis description
The objective of the thesis is to extend the research previously conducted in the Sybila laboratory and published in the paper "On Parameter Synthesis by Parallel Model Checking" [TCBB, vol.9, 2011]. Main goal of the research is development of algorithms for efficient formal analysis of gene regulatory networks (GRN) represented by means of a discrete formalism of parametrized Thomas networks. In the thesis, the student should present new methodology for formal analysis of GRNs and develop new algorithms capable of efficient identification of parameters with respect to a temporal property. The algorithms will be prepared for distributed environment. The student is also required to implement these algorithms within a prototype tool.
Administrative information
The thesis has been checked:
8/1/2013 11:40, doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D., UČO 3159
Full text of thesis
1,1 MB / file PDF
Attachments (1)
Language used
English English
Defence date
14/2/2013
The thesis was defended successfully

Supervisor

doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D., UČO 3159
KSUZD FI MU

Reader

doc. RNDr. Milan Češka, Ph.D.
abs FI MU

Literature

  • GRUMBERG, Orna; Doron A. PELED and E. M. CLARKE. Model checking. Cambridge: MIT Press, 1999, xiv, 314. ISBN 0262032708.
  • BARNAT, Jiří; Luboš BRIM; Adam KREJČÍ; Adam STRECK; David ŠAFRÁNEK; Martin VEJNÁR and Tomáš VEJPUSTEK. On Parameter Synthesis by Parallel Model Checking. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. Los Alamitos: IEEE Computer Society, 2012, vol. 9, No 3, p. 693-705. ISSN 1545-5963. Available from: https://doi.org/10.1109/TCBB.2011.110.
Cite this text
Masaryk University Faculty of Informatics
Programme
Informatics
Field of Study

Theses on a related topic

List of theses with an identical keyword.

Similar documents

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.