Systémová biológia používa tzv. mechanistické modely (napr. Booleovské siete) na vysvetlenie správania komplexných biologických systémov. Výhoda takýchto modelov je, že formálne jednoznačným spôsobom popisujú správanie biologického sveta a dajú sa jednoducho skúmať pomocou simulácií a iných druhov výpočtovej analýzy (na rozdiel od "živého" systému ktorý vyžaduje laboratórium a komplikované experimenty).

Vedecká literatúra obsahuje množstvo článkov ktoré takéto modely popisujú a skúmajú. Aj keď pre samotné modely existujú dobre definované strojovo čitateľné formáty na ich zdieľanie, detailné správanie konkrétneho systému alebo význam jeho komponent je často popísaný len neformálne v texte článku. 

Cieľom tejto práce je pokúsiť sa využiť moderné jazykové modely (LLMs) na získanie formálneho popisu očakávaného správania modelu (napr. v podobe vhodne definovanej logickej formule) a dôležitých komponent modelu (napr. premenných ktoré určujú biologický fenotyp výsledného správania).

Zásadnou zložkou celej práce je aj to, že výstup LLM by mal byť čo najviac formálne a automatizovane overiteľný pomocou existujúcich nástrojov. Tým sa zaistí že nesprávne odvodené alebo halucinované výsledky budú automaticky zamietnuté alebo označené na manuálnu kontrolu.

Celkovo by mal v rámci práce študent navrhnút nástroj ktorý:
 - Dokáže ako vstup akceptovať vedecké publikácie vo vhodnom formáte (PDF, HTML, ...), vrátane obrázkov, tabuliek a iných multi-modálnych vstupov.
 - Predspracovať tieto údaje tak, aby boli vhodné ako vstup pre konkrétny jazykový model.
 - Pomocou jazykového modelu extrahovať v strojovo spracovateľnom formáte zoznam fenotypov (atraktorov) daného biologického systému.
 - Súčasťou výstupu by malo byť zdôvodnenie, resp. odkaz do zdrojových dokumentov ktoré dokladujú/diskutujú existenciu daného fenotypu.
 - Nástroj by mal obsahovať predpripravené inštrukcie pre jazykový model ktoré je ale zároveň možné konfigurovať užívateľom.
 - Taktiež musí byť možné konfigurovať použitý model a prípadne vyberať medzi viacerými poskytovateľmi modelov.
 - V prípade že užívateľ poskytne "logický model" (Booleovskú sieť) daného biologického systému, musí byť nástroj schopný validovať že takýto model spĺňa špecifikáciu extrahovanú pomocou jazykového modelu. 
 - Nástroj bude otestovaný na vhodne zvolenej vzorke logických modelov z Biodivine Boolean Models databáze, pričom hlavné testovacie kritériá sú (a) správnosť nájdených fenotypov a (b) pokrytie, teda akú časť fenotypov modelu nástroj skutočne extrahoval z literatúry.