Bakalářská práce

Online repository for exploring Boolean networks

Matěj Zábojník, učo 493105
Anotace

V oblasti výpočetní biologie jsou vizualizace a interpretace booleovských sítí důležité pro pochopení složitých biologických procesů. V této práci je prezentován vývoj webové aplikace, jež výrazně usnadňuje interakci s Biodivine repozitářem booleovských modelů, a tím zlepšuje dostupnost a vizualizaci Booleovských sítí. Aplikace nabízí pokročilé možnosti vyhledávání, intuitivní design uživatelského …více

Abstract

In the field of computational biology, the visualization and interpretation of Boolean Networks (BNs) are important for understanding complex biological processes. This thesis presents the development of web application, that significantly improves interaction with Biodivine Boolean Models repository, thus enhancing the accessibility and visualization of BNs. The application features advanced search …více

Zadání práce

Boolean networks represent one of the main frameworks for modeling biochemical processes in systems biology. As such, there exist various repositories and datasets of known networks that can be used for testing and tool comparisons. One of such repositories is "Biodivine Boolean Models (BBM)" [1], which hosts more than 200 models at the time of writing

The BBM repository is currently available through git, such that each network is augmented with basic metadata (for example the source, including the publication DOI, number of variables and regulations, basic structural properties, ...). However, this format is mainly optimized for easy machine readability.

The goal of this thesis is to use (and possibly extend) the BBM repository to build a web application that can communicate these biological models more clearly:

  • The application should support search and filtering based on various criteria (search by model name, variable names, authors, sorting, or filtering by the variable count, input count, etc.)
  • The application should be able to visualize the regulatory network of the model or to open it directly in the AEON tool (it is expected that the visualization component will be adapted from AEON)
  • Data in the application will be automatically synchronized with the git repository.

[1] https://github.com/sybila/biodivine-boolean-models

Práce zkontrolována:
21. 12. 2023 15:53, RNDr. Samuel Pastva, Ph.D., učo 410286
Jazyk práce
angličtina angličtina
Termín obhajoby
16. 2. 2024
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

RNDr. Samuel Pastva, Ph.D., učo 410286
KSUZD FI MU

Oponent

RNDr. Eva Šmijáková, učo 433478
KSUZD FI MU

Masarykova univerzita Fakulta informatiky
Studijní program
Plán
Informatika
  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.
  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.
  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.
  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.
  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.