Nástroj CaSQ vznikol za účelom inferencie Booleovských sietí z tzv. interakčných sietí (resp. molekulárnych interakčných máp), ktoré schématicky znázorňujú vzťahy medzi biochemickými entitami. Pri tomto procese využíva informácie o známych interakciách na odvodenie Booleovskej funkcie pre každú z premenných systému.

Nie všetky interkačné mapy však obsahujú dostatok informácií na to, aby bolo možné takúto funkciu odvodiť exaktne, a je teda nutné vniesť do modelu dodatočné predpoklady, aby bolo možné funkciu určiť exaktne. Takúto neistotu (čiastočnú špecifikáciu) je však možné vyjadriť explicitne v nástroji AEON [2].

Cieľom tejto práce je teda naštudovať metódu, ktorú využíva nástroj CaSQ pri konverzii modelov. Následne je cieľom identifikovať možné scenáre vedúce k čiastočnej špecifikácií výsledných funkcií a upraviť nástroj CaSQ tak, aby vedel takúto čiastočnú špecifikáciu zohľadniť vo svojom výstupe. Tento by mal byť kompatibilný s niektorým z formátov dostupných v nástroji AEON.

[1] Aghamiri, Sara Sadat, et al. "Automated inference of Boolean models from molecular interaction maps using CaSQ." Bioinformatics 36.16 (2020): 4473-4482.

[2] Beneš, Nikola, et al. "AEON: attractor bifurcation analysis of parametrised Boolean networks." Computer Aided Verification: 32nd International Conference, CAV 2020, Los Angeles, CA, USA, July 21–24, 2020, Proceedings, Part I 32. Springer International Publishing, 2020.