Bakalářská práce

Optimalizácia Rektangulárnej Abstrakcie v Nástroji Pithya

Optimising Rectangular Abstraction in Pithya

Jakub Raček
Anotace

Cieľ práce je optimalizovať nástroj Pithya, konkrétne tvorbu rektangulárnej abstrakcie (prechodového systému) na základe vstupného biologického modelu, zadaného pomocou diferenciálnych rovníc. Prvou optimalizáciou je odstránenie redundantného vyhodnocovania vrcholov v modeloch s riedkými závislosťami. Pre vyhodnotenie prechodu je nutné vypočítať derivácie vo všetkých vrcholoch daného facetu v rámci …více

Abstract

The goal of this thesis is to optimise the Pithya tool, specifically the generation of rectangular abstraction (transition system) based on input biological model expressed by differential equations. The first optimisation removes redundant evaluation of vertices in models with sparse dependencies. To decide if a transition exists, it is necessary to compute derivation values in every vertex of a given …více

Zadání práce
Nástroj Pithya [1] slúži na anlýzu spojitých dynamických systémov zadaných pomocou diferenciálnych rovníc. Za týmto účelom konštruuje zo spojitého systému diskrétnu rektangulárnu abstrakciu [2] ktorá over-approximuje jeho správanie. Súčasná implementácia abstrakcie však trpí niekoľkými nevýhodami. Odstránenie týchto nedostatkov je cieľom tejto bakalárskej práce: 1) Odstránenie redundantného vyhodnocovania nezávislých vertexov: pre vyhodnotenie existencie prechodu je nutné vypočítať deriváciu vo všetkých vertexoch daného facetu. V prípade že derivácia nezávisí na niektorých premenných systému, je možné tieto dimenzie úplne vynechať. 2) Just-in-time kompilácia modelov: Nástroj Pithya pracuje na platforme Java Virtual Machine, ktorá dovoľuje dynamicky načítať nový kód za behu programu. Vyhodnocovanie abstrakcie je teda možné výrazne zrýchliť kompilácou modelu priamo do natívneho java programu. V práci bude popísaná predchádzajúca implementácia abstrakcie s dôrazom na hore uvedené nedostatky, spôsob riešenia týchto nedostatkov a technické detaily novej implementácie. Nová implementácia bude porovnaná so starou na vhodnej sade testovacích modelov.
Práce zkontrolována:
27. 5. 2019 10:37, RNDr. Samuel Pastva, Ph.D., učo 410286
Jazyk práce
slovenština slovenština
Termín obhajoby
28. 6. 2019
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

RNDr. Samuel Pastva, Ph.D., učo 410286
KTP FI MU

Oponent

RNDr. Martin Demko, Ph.D., učo 325073
BioIT CMM CEITEC MU

Masarykova univerzita Fakulta informatiky
Studijní program
Informatika
Obor
  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.
  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.
  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.
  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.
  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.