Bakalářská práce

Rewriting complex biological models in stochastic process algebras: a case study

Andrej Tokarčík
Anotace

Cieľom bakalárskej práce je zanalyzovať efektivitu aplikácie operačných prístupov na problém modelovania dynamických biologických systémov, v protiklade s bežnými denotačnými technikami využívajúcimi sústavy obyčajných diferenciálnych rovníc. Jazyky tohto prístupu sa vyznačujú modularitou, stručnosťou zápisu a vhodnosťou k formálnej analýze. Uvádzam postup reformulácie konkrétneho modelu fluorescenčného …více

Abstract

The thesis objective is to analyse effectiveness of applying operational approaches to the problem of modelling dynamical biological systems, in contrast to conventional denotational techniques utilising systems of ordinary differential equations. The process-based languages are distinguished by modularity, succinctness and predisposition for formal analysis. Reformulation of a concrete model of chlorophyll …více

Klíčová slova
systems biology photosynthesis process algebras stochastic π-calculus SPiM model equivalence systémová biológia fotosyntéza algebra procesov stochastický π-kalkul ekvivalencia modelov
Zadání práce

The thesis objective is to analyze effectiveness of applying operational (executable) approaches to modeling biological dynamical systems, in contrast to traditional denotational techniques utilizing systems of ordinary differential equations usually specified in SBML standard language.

There are the following goals:

  1. to understand and briefly describe a mathematical model of chlorophyll a fluorescence rise (Lazár 2009);
  2. to reformulate and refine the model within the formalism of stochastic pi calculus;
  3. to compare the two modeling approaches by discussing validity, biological relevance and complexity (in terms of model elements number) of resulting models.

The thesis will also provide necessary background information from the fields of biology, mathematics and computer science. Especially, the author is encouraged to establish good readability at interdisciplinary level.

Administrativní informace
Práce zkontrolována:
24. 5. 2012 16:51, doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D., učo 3159
Plný text práce
1,6 MB / soubor PDF
Jazyk práce
angličtina angličtina
Termín obhajoby
21. 6. 2012
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D., učo 3159
KSUZD FI MU

Oponent

doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D., učo 31298
KSUZD FI MU

Literatura

  • LAISK, Agu; Ladislav NEDBAL a GOVINDJEE. Photosynthesis in silico Photosynthesis in silico. Springer-Verlag, 2009. ISBN 978-1-4020-9236-7.
  • ŠAFRÁNEK, David; Jan ČERVENÝ; Matej KLEMENT; Jana POSPÍŠILOVÁ; Luboš BRIM; Dušan LAZÁR a Ladislav NEDBAL. E-photosynthesis: Web-based platform for modeling of complex photosynthetic processes. BioSystems. Elsevier, 2011, roč. 103, č. 2, s. 115-124. ISSN 0303-2647. Dostupné z: https://doi.org/10.1016/j.biosystems.2010.10.013.
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Fakulta informatiky
Studijní program
Aplikovaná informatika
Obor

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce
 
Název
Vložil
Vloženo
Práva
Archiv závěrečné práce Andrej Tokarčík FI B-AP BcAP c7rc0/7
Drštková, E.
25. 4. 2012
Složky
Soubory
Anotace anglicky annotation_english.txt
Tokarčík, A.
22. 5. 2012
Anotace česky annotation.txt
Tokarčík, A.
22. 5. 2012
bc-thesis.pdf
Tokarčík, A.
22. 5. 2012
Klíčová slova keywords.txt
Tokarčík, A.
22. 5. 2012
posudek_oponenta_tokarcik.pdf
Lexa, M.
5. 6. 2012
supplementary.tar.gz
Tokarčík, A.
22. 5. 2012

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.