Diplomová práce

Computational analysis and model integration of biorhythmic systems

Bc. Jakub Šalagovič, učo 410340
Anotace

Táto práca sa zaoberá integráciou modelu a analýzou modelu vytvoreného spojením mechanizmu cirkadiálnych rytmov a metabolizmu uhlíku a dusíku v prokaryotickom organizme – siniciach. Pre dosiahnutie toho bolo potrebné urobiť rešerš existujúcich matematických modelov pokrývajúcich daný fenomén. Po zvolení najvhodnejších modelov sme identifikovali a modelovali ich samotné spojenie. Spolu s novovytvoreným …více

Abstract

This thesis deals with model integration and an analysis of model created connecting a circadian clock and a carbon-nitrogen metabolism in the prokaryotic organisms of cyanobacteria. To do so, a review of existing mathematical models covering selected phenomena was needed. Once the most suitable models had been selected, we identified and modelled their possible connection. Together with a newly created …více

Klíčová slova
systems biology biorhythms circadian clock metabolism model integration formal analysis monitoring simulation systémová biológia biorytmy cirkadiálne hodinky metabolizmus integrácia modelu formálna analýza simulácia
Zadání práce
General goal of the thesis is to contribute to computational systems biology of cyanobacteria with special emphasis to modelling and analysis of oscillations phenomena emerging from interplay among several cellular mechanisms (photosynthesis, metabolism, gene regulation). Concrete tasks are the following:
  • to review existing mathematical models explaining oscillatory behaviour in cyanobacteria,
  • to reconstruct and implement selected models of cyanobacteria biorhythms on the platform e-cyanobacterium.org,
  • to integrate the most suitable model of circadian clock with relevant models of metabolism,
  • to analyse oscillatory behaviour of the integrated model in terms of simulation and formal methods.
In order to accomplish these tasks, the student is expected to implement several technical improvements of the e-cyanobacterium.org platform backend. Brief description of the relevant implementation work will make part of the thesis.
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
19. 1. 2018 13:44, doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D., učo 3159
Plný text práce
2,2 MB / soubor PDF
Přílohy (1)
Jazyk práce
angličtina angličtina
Termín obhajoby
5. 2. 2018
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D., učo 3159
KSUZD FI MU

Oponent

Ing. Jan Červený, Ph.D., učo 118661
ext ÚBioch Chem PřF MU
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Fakulta informatiky
Studijní program
Aplikovaná informatika
Obor

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.