Master's thesis

Detection of asymmetric tunnels in proteins using Voronoi diagram

Detekce asymetrických tunelů v proteinech pomocí Voroného diagramu

Bc. Jakub Vallo
Abstract

Proteíny sú obrovské makromolekuly, ktoré sa zúčastňujú na veľkom množstve katalytických reakcií v ľudskom tele. Funkcia proteínu je vo veľkej miere určená jeho štruktúrou a regiónom zvaným aktívne miesto. Tieto aktívne miesta sa obyčajne nachádzaju hlboko v molekule proteínu prístupné iba cez volné vstupy zvané tunely. V tejto práci preskúmame aktuálne dostupné algoritmy na detekciu tunelov v proteínoch …more

Abstract

Proteins are large macromolecules involved in a vast array of catalytic reactions in our bodies. The function of a protein is mainly determined by its structure and a special region called an active site. These active sites are usually buried deep inside the protein molecule accessible only by void paths, i.e., tunnels. In this thesis we examine currently available algorithms for the detection of tunnels …more

Keywords
protein active site tunnel asymmetric tunnel Voronoi diagram Voronoi face CAVER
Thesis description
Cílem práce je navrhnout a implementovat algoritmus pro detekci asymetrických tunelů v proteinech pomocí Voroného diagramu. Práce bude mít experimentální charakter, neboť problematika detekce asymetrických tunelů pomocí Voroného diagramu nebyla doposud dostatečně prozkoumána. V textu práce student popíše současný stav literatury zabývající se detekcí tunelů v proteinech. Dále student popíše návrh a implementaci vlastního algoritmu. Funkce algoritmu bude demonstrována na sadě několika proteinových struktur. Součástí textu práce bude také měření časové i paměťové náročnosti algoritmu.
Administrative information
The thesis has been checked:
4/1/2017 13:29, RNDr. Adam Jurčík, Ph.D.
Full text of thesis
8,5 MB / file PDF
Language used
English English
Defence date
9/2/2017
The thesis was defended successfully

Supervisor

RNDr. Adam Jurčík, Ph.D.
RECETOX PřF MU

Reader

doc. RNDr. Barbora Kozlíková, Ph.D., UČO 60850
KVI FI MU

Literature

  • JURČÍK, Adam; Jan BYŠKA; Jiří SOCHOR and Barbora KOZLÍKOVÁ. Visibility-Based Approach to Surface Detection of Tunnels in Proteins. In Joaquim Jorge, Luis Paulo Santos, Roman Ďurikovič. 31st Proceedings of Spring Conference on Computer Graphics. Bratislava, Slovakia: ACM, 2015, p. 65-72. ISBN 978-1-4503-3693-2. Available from: https://doi.org/10.1145/2788539.2788548.
  • PAVELKA, Antonín; Eva ŠEBESTOVÁ; Barbora KOZLÍKOVÁ; Jan BREZOVSKÝ; Jiří SOCHOR and Jiří DAMBORSKÝ. CAVER: Algorithms for Analyzing Dynamics of Tunnels in Macromolecules. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. IEEE Computer Society, 2016, vol. 13, No 3, p. 505 - 517. ISSN 1545-5963. Available from: https://doi.org/10.1109/TCBB.2015.2459680.
Cite this text
Masaryk University Faculty of Informatics
Programme
Applied Informatics
Field of Study

Theses on a related topic

List of theses with an identical keyword.

Similar documents

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.