V naší laboratoři se zabýváme výzkumem mechanismů, které zajišťují, že se v eukaryotických buňkách nehromadí vadné molekuly RNA. Jedním z faktorů, který v tomto procesu hraje klíčovou roli u kvasinek, je proteinový komplex TRAMP. TRAMP se skládá z poly(A) polymerázy Trf4 nebo Trf5, z malých proteinů se zinc-knucklovým motivem Air1 a Air2 a RNA helikázy Mtr4. V současné době se předpokládá, že Air proteiny napomáhají rozpoznat vadné RNA a navázat je, Trf proteiny přidají krátký poly(A) konec, který slouží jako značka pro destrukci takové RNA. Mtr4 pak rozvolňuje komplikovanější sekundární struktury RNA během její degradace. Cílem této diplomové práce je detailně prozkoumat doménovou organizaci proteinu Trf4. Student-ka bude mít za úkol připravit deleční formy tohoto proteinu, exprimovat je v kvasinkách S. cerevisiae a otestovat vliv chybějících proteinových částí na životaschopnost kvasinek, na procesování a degradaci vybraných typů RNA. Metody budou zahrnovat přípravu rekombinantní DNA, mutantních kmenů kvasinek, izolaci RNA, DNA, afinitní purifikaci proteinových komplexů, in vitro enzymatické eseje, metody southern, Northern a western blottingu atd. Toto bakalářské téma je vhodné pro studenty biochemie či biologie jež mají zájem o studium biologických pochodů na molekularní úrovni. Téma dává kandidátovi možnost se seznámit s moderními technikami molekulární biologie a biochemie.